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- PDB-6ykg: Structure-based exploration of selectivity for ATM inhibitors in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ykg
タイトルStructure-based exploration of selectivity for ATM inhibitors in Huntingtons disease
要素Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
キーワードLYASE / Huntingtons disease / VPS34 / ATM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein lipidation / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / postsynaptic endosome / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / presynaptic endosome / host-mediated activation of viral genome replication ...positive regulation of protein lipidation / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / postsynaptic endosome / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / presynaptic endosome / host-mediated activation of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / response to L-leucine / protein localization to phagophore assembly site / protein targeting to lysosome / endosome organization / early endosome to late endosome transport / pexophagy / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Macroautophagy / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autolysosome / synaptic vesicle endocytosis / PI3K Cascade / axoneme / autophagosome assembly / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / autophagosome maturation / regulation of macroautophagy / cellular response to glucose starvation / autophagosome / regulation of cytokinesis / GABA-ergic synapse / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / macroautophagy / protein processing / autophagy / phagocytic vesicle membrane / endocytosis / late endosome / peroxisome / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / midbody / endosome / protein kinase activity / regulation of autophagy / cell division / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / glutamatergic synapse / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase ...Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OZ8 / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Van de Poel, A. / Leonard, P.M. / Lamers, M.B.A.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Exploration of Selectivity for ATM Inhibitors in Huntington's Disease.
著者: Van de Poel, A. / Toledo-Sherman, L. / Breccia, P. / Cachope, R. / Bate, J.R. / Angulo-Herrera, I. / Wishart, G. / Matthews, K.L. / Martin, S.L. / Peacock, M. / Barnard, A. / Cox, H.C. / ...著者: Van de Poel, A. / Toledo-Sherman, L. / Breccia, P. / Cachope, R. / Bate, J.R. / Angulo-Herrera, I. / Wishart, G. / Matthews, K.L. / Martin, S.L. / Peacock, M. / Barnard, A. / Cox, H.C. / Jones, G. / McAllister, G. / Vater, H. / Esmieu, W. / Clissold, C. / Lamers, M. / Leonard, P. / Jarvis, R.E. / Blackaby, W. / Eznarriaga, M. / Lazari, O. / Yates, D. / Rose, M. / Jang, S.W. / Munoz-Sanjuan, I. / Dominguez, C.
履歴
登録2020年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9322
ポリマ－72,5931
非ポリマー3391
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area24010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.864, 168.115, 61.692
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit / Phosphoinositide-3-kinase ...PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit / Phosphoinositide-3-kinase class 3 / hVps34


分子量: 72592.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3C3, VPS34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NEB9, phosphatidylinositol 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-OZ8 / 4-morpholin-4-yl-6-[(2~{R})-2-(phenylmethyl)pyrrolidin-1-yl]-1~{H}-pyridin-2-one


分子量: 339.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.4 M sodium malonate pH 7.0, 0.1 M BIS-TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→49.73 Å / Num. obs: 15383 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 3.12→3.34 Å / Num. unique obs: 2732 / CC1/2: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I3U

6i3u


解像度: 3.12→49.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.46 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 815 5.298 %
Rwork0.2147 --
all0.217 --
obs-15383 99.676 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.468 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.539 Å20 Å20 Å2
2---1.223 Å20 Å2
3----6.316 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→49.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4442 0 25 1 4468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0134558
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0174240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.6456177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2881.5799843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4475556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.42922.845239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.78815805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4031528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02918
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.2939
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1810.23921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1610.22206
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0680.22250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1060.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1610.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2940.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3986.1142233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3946.1142232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1389.1652786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1389.1652787
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3156.2892325
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3146.2882326
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1119.353391
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1119.3493392
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.57270.1264972
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.57270.1184973
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.12-3.2010.386630.381053X-RAY DIFFRACTION99.554
3.201-3.2890.356520.3461029X-RAY DIFFRACTION100
3.289-3.3840.377670.299988X-RAY DIFFRACTION99.7164
3.384-3.4880.327500.275979X-RAY DIFFRACTION99.6128
3.488-3.6020.279600.248950X-RAY DIFFRACTION99.5074
3.602-3.7290.316480.248902X-RAY DIFFRACTION99.5807
3.729-3.8690.263570.223887X-RAY DIFFRACTION99.5781
3.869-4.0270.258430.208846X-RAY DIFFRACTION99.8876
4.027-4.2060.242410.178836X-RAY DIFFRACTION99.3205
4.206-4.4110.228290.175796X-RAY DIFFRACTION100
4.411-4.650.236410.162749X-RAY DIFFRACTION100
4.65-4.9320.222440.164701X-RAY DIFFRACTION99.7323
4.932-5.2720.244420.167681X-RAY DIFFRACTION100
5.272-5.6940.239370.191632X-RAY DIFFRACTION100
5.694-6.2360.252300.197589X-RAY DIFFRACTION99.8387
6.236-6.9710.312250.202537X-RAY DIFFRACTION100
6.971-8.0470.209280.155476X-RAY DIFFRACTION100
8.047-9.850.17240.125412X-RAY DIFFRACTION99.7712
9.85-13.9070.171240.144325X-RAY DIFFRACTION99.7143
13.907-49.730.24100.444200X-RAY DIFFRACTION97.6744

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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