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万見
- PDB-6yjf: Plasmoodium vivax phosphoglycerate kinase bound to nitrofuran inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yjf
タイトルPlasmoodium vivax phosphoglycerate kinase bound to nitrofuran inhibitor from PEGSmear at pH 6.5
要素Phosphoglycerate kinase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / phosphoglycerate kinase / metabolic enzyme / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase, N-terminal / Phosphoglycerate kinase, conserved site / Phosphoglycerate kinase superfamily / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OTQ / Phosphoglycerate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Hyvonen, M. / Brear, P. / Blaszczyk, B.K.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Phosphoglycerate Kinase as a potential target for antimalarial therapy
著者: King, L. / Brear, P. / Bourgard, C. / Cassiano, C. / Mota, D. / Blaszczyk, B.K. / Tomaz, K. / Khedim, M. / Furlan, M. / Ramos, P. / Andresen, E. / Tarczykowska, A. / Tiburcio, L. / Kurowska, ...著者: King, L. / Brear, P. / Bourgard, C. / Cassiano, C. / Mota, D. / Blaszczyk, B.K. / Tomaz, K. / Khedim, M. / Furlan, M. / Ramos, P. / Andresen, E. / Tarczykowska, A. / Tiburcio, L. / Kurowska, A. / Sulskis, D. / Oliver, S. / Grotli, M. / Massirer, K. / Saphire, E. / Burmann, B. / Witkowski, B. / Costa, F. / Sunnerhagen, P. / Hyvonen, M. / Bilsland, E.
履歴
登録2020年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年5月11日Group: Database references / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoglycerate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6103
ポリマ－45,1991
非ポリマー4112
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.594, 82.315, 124.495
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphoglycerate kinase


分子量: 45199.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: PVC01_070025900, PVP01_0721000, PVT01_070026100 / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1G4HAR7, phosphoglycerate kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-OTQ / (2~{S})-2-(5-nitrofuran-2-yl)-2,3,5,6,7,8-hexahydro-1~{H}-[1]benzothiolo[2,3-d]pyrimidin-4-one


分子量: 319.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13N3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25 %v/v PEGSM, 0.1 M MES 6.5 pH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→68.66 Å / Num. obs: 34744 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 38.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 448345
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.85-1.956.52.7272229034530.4661.1142.9690.663.9
5.86-68.6612.30.0431674513620.9990.0120.04545.5100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y3A

6y3a


解像度: 1.85→25.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.16 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.138
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1665 4.87 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.193 34166 89.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 125.09 Å2 / Biso mean: 45.79 Å2 / Biso min: 27.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.3692 Å20 Å20 Å2
2---2.353 Å20 Å2
3---15.7223 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→25.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3168 0 28 247 3443
Biso mean--53.86 53.67 -
残基数----416
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1213SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes96HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes481HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3286HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion434SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4003SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3286HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4428HARMONIC21.16
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.6
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3633 84 4.86 %
Rwork0.3302 1643 -
all0.3318 1727 -
obs--53.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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