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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yje | |||||||||
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タイトル | Plasmoodium vivax phosphoglycerate kinase bound to nitrofuran inhibitor from PEG3350 and ammonium acetate at pH 5.5 | |||||||||
![]() | Phosphoglycerate kinase | |||||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / phosphoglycerate kinase / metabolic enzyme / kinase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / glycolytic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Blaszczyk, B.K. / Hyvonen, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Phosphoglycerate Kinase as a potential target for antimalarial therapy 著者: Bilsland, E. / Costa, F. / Blaszczyk, B.K. / Hyvonen, M. / Sunnerhagen, P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 764.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 764.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45199.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PVC01_070025900, PVP01_0721000, PVT01_070026100 / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-OTQ / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 % / Mosaicity: 0.1 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M NH4 Acet, 25 % w/v PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS 5.5 pH |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.62→68.01 Å / Num. obs: 54681 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 33.06 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 1099791 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6Y3A 解像度: 1.62→23.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.097
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原子変位パラメータ | Biso max: 97.37 Å2 / Biso mean: 35.66 Å2 / Biso min: 19.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.62→23.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.62→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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