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万見
- PDB-6yir: Crystal structure of Bacillus subtilis MsmX ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yir
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis MsmX ATPase
要素Oligosaccharides import ATP-binding protein MsmX
キーワードHYDROLASE / ATPase / Polysaccharide import / Multitask
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / polysaccharide transport / ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / MalK, OB fold domain / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / MalK, OB fold domain / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Oligosaccharides import ATP-binding protein MsmX
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Leisico, F. / Santos-Silva, T. / Romao, M.J.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BIA-MIC/30696/2017 ポルトガル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Multitask ATPases (NBDs) of bacterial ABC importers type I and their interspecies exchangeability.
著者: Leisico, F. / Godinho, L.M. / Goncalves, I.C. / Silva, S.P. / Carneiro, B. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T. / de Sa-Nogueira, I.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligosaccharides import ATP-binding protein MsmX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6863
ポリマ－42,4401
非ポリマー2462
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.758, 94.247, 132.263
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Oligosaccharides import ATP-binding protein MsmX / Maltodextrin import ATP-binding protein MsmX / Melibiose/raffinose/stachyose import ATP-binding protein MsmX


分子量: 42439.988 Da / 分子数: 1 / 変異: K43A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: msmX, yxkG, BSU38810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P94360, トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES pH 7.5 and 30% (w/v) polyethylene glycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→45.93 Å / Num. obs: 41647 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.67→1.8 Å / Num. unique obs: 2082 / CC1/2: 0.518

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V43, 1Q12

1v43

1q12


解像度: 1.68→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.926 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.143
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2495 2135 5.3 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.1997 38380 65.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.84 Å2 / Biso mean: 42.441 Å2 / Biso min: 19.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2912 0 15 257 3184
Biso mean--61.78 49.7 -
残基数----366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193032
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9561.9754083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03236959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8875379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9923.944142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.1215580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5541524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02679
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.722 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 9 -
Rwork0.305 94 -
obs--2.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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