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- PDB-6yio: CRYSTAL STRUCTURE OF FAB RG6292 IN COMPLEX WITH CD25 ECD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yio
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FAB RG6292 IN COMPLEX WITH CD25 ECD
要素
  • FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
  • FAB FRGAMENT LIGHT CHAIN
  • Interleukin-2 receptor subunit alpha
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / CD25 ECD / FAB RG6292 / IL2Ra
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of T cell tolerance induction / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-2 binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus ...regulation of T cell tolerance induction / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-2 binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / Interleukin-2 signaling / positive regulation of T cell differentiation / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of activated T cell proliferation / Interleukin receptor SHC signaling / negative regulation of T cell proliferation / Notch signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / RAF/MAP kinase cascade / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 receptor alpha / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-2 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Benz, J. / Koll, H. / Leibrock, L.
引用ジャーナル: Nat Cancer / 年: 2020
タイトル: CD25-T reg -depleting antibodies preserving IL-2 signaling on effector T cells enhance effector activation and antitumor immunity.
著者: Solomon, I. / Amann, M. / Goubier, A. / Vargas, F.A. / Zervas, D. / Qing, C. / Henry, J.Y. / Ghorani, E. / Akarca, A.U. / Marafioti, T. / Sledzinska, A. / Sunderland, M.W. / Demane, D.F. / ...著者: Solomon, I. / Amann, M. / Goubier, A. / Vargas, F.A. / Zervas, D. / Qing, C. / Henry, J.Y. / Ghorani, E. / Akarca, A.U. / Marafioti, T. / Sledzinska, A. / Sunderland, M.W. / Demane, D.F. / Clancy, J.R. / Georgiou, A. / Salimu, J. / Merchiers, P. / Brown, M.A. / Flury, R. / Eckmann, J. / Murgia, C. / Sam, J. / Jacobsen, B. / Marrer-Berger, E. / Boetsch, C. / Belli, S. / Leibrock, L. / Benz, J. / Koll, H. / Sutmuller, R. / Peggs, K.S. / Quezada, S.A.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Interleukin-2 receptor subunit alpha
H: FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
L: FAB FRGAMENT LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2643
ポリマ－70,2643
非ポリマー00
水10,611589
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area26980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.381, 44.321, 140.085
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.410, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-2 receptor subunit alpha / IL2-RA / TAC antigen / p55


分子量: 23219.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RA / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01589
#2: 抗体 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN


分子量: 23646.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 FAB FRGAMENT LIGHT CHAIN


分子量: 23397.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 25% v/v PEG Smear Medium (12.5% w/v PEG 3350, 12.5% w/v PEG 4000, 12.5% w/v PEG 2000, 12.5% w/v PEG 5000 MME) 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99982 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99982 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→69.98 Å / Num. obs: 56064 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.39 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.83→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 7407 / CC1/2: 0.656

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (6-FEB-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B5I

2b5i


解像度: 1.83→69.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.125
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2309 2888 5.15 %RANDOM
Rwork0.2025 ---
obs0.2039 56041 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 95.02 Å2 / Biso mean: 33.89 Å2 / Biso min: 16.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6253 Å20 Å22.1963 Å2
2---6.3522 Å20 Å2
3---1.727 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→69.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4289 0 0 589 4878
Biso mean---42.25 -
残基数----563
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1496SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes748HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4451HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion592SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3945SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4451HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6060HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.98
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3161 60 5.35 %
Rwork0.2736 1061 -
all0.2757 1121 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8223-1.85110.34683.1519-0.08191.48030.03660.03180.01210.0311-0.07970.2003-0.0355-0.16280.043-0.056-0.0158-0.0304-0.08940.0137-0.1547-26.666812.03748.4757
21.3568-0.03491.00850.32110.13561.2669-0.0575-0.07090.0466-0.07780.0221-0.0326-0.0923-0.0060.0354-0.06320.00290.0108-0.07640.0002-0.0539-0.80390.68441.8246
30.7396-0.02780.71340.1829-0.12561.13190.08740.026-0.1618-0.04180.02080.0220.15910.138-0.1082-0.06480.0252-0.0009-0.0688-0.025-0.03848.464-14.910940.3837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|* }B1 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|* }H1 - 223
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|* }L1 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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