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- PDB-6yie: Structure of a Borealin-INCENP-Survivin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yie
タイトルStructure of a Borealin-INCENP-Survivin complex
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
  • Borealin
  • Inner centromere protein
キーワードCELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


central element / meiotic spindle midzone / survivin complex / meiotic spindle midzone assembly / : / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of exit from mitosis ...central element / meiotic spindle midzone / survivin complex / meiotic spindle midzone assembly / : / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of exit from mitosis / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / interphase microtubule organizing center / lateral element / chromosome passenger complex / protein-containing complex localization / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cobalt ion binding / mitotic metaphase chromosome alignment / nuclear chromosome / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / spindle midzone / pericentric heterochromatin / mitotic cytokinesis / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / mitotic sister chromatid segregation / SUMOylation of DNA replication proteins / chromosome, centromeric region / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / mitotic spindle assembly / chromosome organization / intercellular bridge / cytoplasmic microtubule / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / centriole / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / tubulin binding / positive regulation of mitotic cell cycle / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / molecular function activator activity / mitotic spindle organization / spindle microtubule / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / sensory perception of sound / kinetochore / small GTPase binding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / Separation of Sister Chromatids / Neddylation / mitotic cell cycle / protein-folding chaperone binding / microtubule cytoskeleton / midbody / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / microtubule binding / microtubule / nuclear body / protein heterodimerization activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1900 / Borealin, N-terminal / Cell division protein borealin / Borealin, C-terminal / Nbl1 / Borealin N terminal / Cell division cycle-associated protein 8 / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1900 / Borealin, N-terminal / Cell division protein borealin / Borealin, C-terminal / Nbl1 / Borealin N terminal / Cell division cycle-associated protein 8 / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / : / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / Borealin / Inner centromere protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Serena, M. / Elliott, P.R. / Barr, F.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC20079/A15940 英国
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2020
タイトル: Molecular basis of MKLP2-dependent Aurora B transport from chromatin to the anaphase central spindle.
著者: Serena, M. / Bastos, R.N. / Elliott, P.R. / Barr, F.A.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
B: Borealin
C: Inner centromere protein
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
E: Borealin
F: Inner centromere protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5398
ポリマ－70,4096
非ポリマー1312
水00
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
B: Borealin
C: Inner centromere protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2704
ポリマ－35,2043
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
2
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
E: Borealin
F: Inner centromere protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2704
ポリマ－35,2043
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.536, 78.824, 125.173
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRGLNGLN(chain 'A' and (resid 5 through 23 or (resid 24...AA5 - 1377 - 139
221THRTHRGLNGLN(chain 'D' and (resid 5 through 15 or (resid 16...DD5 - 1377 - 139
132ARGARGLEULEU(chain 'B' and ((resid 17 through 22 and (name N...BB17 - 768 - 67
242ARGARGLEULEU(chain 'E' and ((resid 17 through 22 and (name N...EE17 - 768 - 67
153GLYGLYPHEPHE(chain 'C' and (resid 7 through 42 or (resid 43...CC7 - 459 - 47
263GLYGLYPHEPHE(chain 'F' and (resid 7 through 34 or (resid 35...FF7 - 459 - 47

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / Apoptosis inhibitor 4 / Apoptosis inhibitor survivin


分子量: 16568.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC5, API4, IAP4 / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (RIL) / 参照: UniProt: O15392
#2: タンパク質 Borealin / Cell division cycle-associated protein 8 / Dasra-B / hDasra-B / Pluripotent embryonic stem cell- ...Cell division cycle-associated protein 8 / Dasra-B / hDasra-B / Pluripotent embryonic stem cell-related gene 3 protein


分子量: 11617.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDCA8, PESCRG3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (RIL) / 参照: UniProt: Q53HL2
#3: タンパク質 Inner centromere protein


分子量: 7018.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INCENP / プラスミド: PFAT2-His6-GST / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus (RIL) / 参照: UniProt: Q9NQS7
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 5 % (w/v) PEG 3,350, 50 mM MES pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.49→78.82 Å / Num. obs: 6947 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 65.27 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル解像度: 3.49→3.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1644 / CC1/2: 0.902

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimlessデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QFA

2qfa


解像度: 3.49→66.7 Å / SU ML: 0.4279 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.3698
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3243 337 4.9 %
Rwork0.2686 --
obs0.2714 6882 87.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 64.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.49→66.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3583 0 2 0 3585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00423666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81024990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0429561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061656
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.55742190
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.49-4.40.32291620.26763242X-RAY DIFFRACTION88.46
4.4-66.70.32521750.26933303X-RAY DIFFRACTION86.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9047604594620.01907341304450.8478580138910.1999777753740.1466403628141.87747193601-0.1340231265640.2404855289880.100825372603-0.07886665714820.1303832911240.3052663676130.5182039676620.57058988580.04628683750910.602281575280.006808735182020.1046140453170.0948705363937-0.01311226723260.327144478568-12.099799603821.4226293156-7.39132609556
20.536133570531-0.01141755447180.1641122574891.73217675518-0.4485803095020.872308761174-0.1843011209050.1373225286330.0239523264086-0.2701558164480.177632640736-0.09879812128870.3318174176390.06457464963610.1602639457281.14686666443-0.123729875284-0.1566303570230.162383691241-0.006810294452210.322843358939-19.433076175313.2581286366-22.9870933163
31.396273966880.529192678321-0.7559467636662.03932484946-1.283677413351.62987185451-0.287282810439-0.06844431289980.1702358306150.0747458544912-0.264942820331-0.698655495632-0.04606352488280.2439639039290.5697327013761.083858380770.09860748671820.05059567963360.2921756951110.1614385456770.39627285857-9.8410035529715.9357223823-31.8805902407
40.704322486143-0.1818187619240.3320631652491.84491939136-0.5769790000690.4979274271040.06639477045030.18214156308-0.127923736723-0.443450993371-0.148858346555-0.1651834786770.473827643619-0.0511214881870.04404783120731.311579763280.1927240732380.05083426965040.1760796795550.01625046106530.540145315432-14.615113467618.1684896852-82.3073492346
50.936729771135-0.300331146487-0.04538627912330.599591725314-0.02420894488670.461211811552-0.204998903153-0.2112391812790.0343729551467-0.0179095022860.1853785224730.132244103077-0.34240006355-0.1715879057980.072300097240.4002262030690.04439010401390.03759564947220.1336683952070.2879241821180.391794036384-23.179734756327.6232105005-68.1831937084
60.8462588391130.134019621565-0.2358606259661.32647990785-0.3365238991190.486170641971-0.0324821418523-0.4424056300310.1565414815430.385636570033-0.252515344434-0.338658361761-0.07256492431510.03816808552420.06492032965361.25902903095-0.132825253847-0.1494326996420.25501457971-0.1199276624220.433226998859-13.487549054325.2454075373-58.9069608798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 5 through 139)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 15 through 76)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 7 through 46)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 5 through 137)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 17 through 76)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 3 through 45)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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