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- PDB-6yg9: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SERUM ALBUMIN (HSA) IN COMPLEX WITH GN-07. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yg9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SERUM ALBUMIN (HSA) IN COMPLEX WITH GN-07.
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / drug Transport / fatty acid binding / liver Imaging / NASH / human serum albumin
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Chem-OQ5 / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Schreuder, H.A. / Liesum, A.
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2020
タイトル: Triantennary GalNAc Molecular Imaging Probes for Monitoring Hepatocyte Function in a Rat Model of Nonalcoholic Steatohepatitis.
著者: Mishra, A. / Castaneda, T.R. / Bader, E. / Elshorst, B. / Cummings, S. / Scherer, P. / Bangari, D.S. / Loewe, C. / Schreuder, H. / Poverlein, C. / Helms, M. / Jones, S. / Zech, G. / Licher, T. ...著者: Mishra, A. / Castaneda, T.R. / Bader, E. / Elshorst, B. / Cummings, S. / Scherer, P. / Bangari, D.S. / Loewe, C. / Schreuder, H. / Poverlein, C. / Helms, M. / Jones, S. / Zech, G. / Licher, T. / Wagner, M. / Schudok, M. / de Hoop, M. / Plowright, A.T. / Atzrodt, J. / Kannt, A. / Laitinen, I. / Derdau, V.
履歴
登録2020年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7598
ポリマ－66,5711
非ポリマー2,1877
水11,926662
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint33 kcal/mol
Surface area28610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.722, 38.141, 95.372
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1353-

HOH

21A-1354-

HOH

31A-1362-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物 ChemComp-OQ5 / 20-[[(2~{S})-5-[2-[2-[2-[2-[2-[2-(diethylamino)-2-oxidanylidene-ethoxy]ethoxy]ethylamino]-2-oxidanylidene-ethoxy]ethoxy]ethylamino]-1-oxidanyl-1,5-bis(oxidanylidene)pentan-2-yl]amino]-20-oxidanylidene-icosanoic acid


分子量: 817.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H76N4O12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Essentially defatted human serum albumin from Sigma was purified by size exclusion chromatography to obtain pure monomeric protein. The purified HSA was dissolved in 20 mM potassium phosphate ...詳細: Essentially defatted human serum albumin from Sigma was purified by size exclusion chromatography to obtain pure monomeric protein. The purified HSA was dissolved in 20 mM potassium phosphate (pH 7.0) and concentrated to 120 mg/mL. To the HSA solution we added 10 mM cpdX and 3 mM myristate, dissolved DMSO. The final concentration of DMSO was 5% (v/v). The crystal was grown by the hanging drop vapor diffusion method using a reservoir solution containing 50 mM sodium-potassium-phosphate (pH 7.0), and 30% polyethylene glycol 3350. For crystallization 1 uL of HSA/cpdX solution was equilibrated against 1 uL of reservoir solution. After about one-week, colorless crystals appeared.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→58.51 Å / Num. obs: 53533 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 31.56 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 156458 / Scaling rejects: 12
反射 シェル解像度: 1.89→1.897 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured all: 20574 / Num. unique obs: 7654 / CC1/2: 0.735 / Rpim(I) all: 0.344 / Rrim(I) all: 0.62 / Net I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 91.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house structure

解像度: 1.89→58.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.188
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 2690 5.03 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.243 53531 96.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 112.86 Å2 / Biso mean: 36.59 Å2 / Biso min: 6.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.477 Å20 Å2-4.0171 Å2
2--0.6185 Å20 Å2
3---3.8586 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→58.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4479 0 144 662 5285
Biso mean--42.23 39.71 -
残基数----568
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1753SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes127HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes667HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4735HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion594SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6502SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4735HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6360HARMONIC21.2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.99
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 215 5.6 %
Rwork0.245 3621 -
all0.25 3836 -
obs--94.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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