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- PDB-6yfi: Bacteriophage EMS014 coat protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yfi
タイトルBacteriophage EMS014 coat protein
要素coat protein
キーワードVIRAL PROTEIN / virus / structural protein
生物種Leviviridae sp. (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.248 Å
データ登録者Rumnieks, J. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Lieknina, I. / Tars, K.
資金援助 Latvia, 1件
組織認可番号国
European Regional Development Fund1.1.1.1/16/A/104 Latvia
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Three-dimensional structure of 22 uncultured ssRNA bacteriophages: Flexibility of the coat protein fold and variations in particle shapes.
著者: Rumnieks, J. / Lieknina, I. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Akopjana, I. / Bogans, J. / Tars, K.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: coat protein
B: coat protein
C: coat protein
D: coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2044
ポリマ－66,2044
非ポリマー00
水19,3841076
1
A: coat protein
B: coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1022
ポリマ－33,1022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7960 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area12640 Å2
手法PISA
2
C: coat protein
D: coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1022
ポリマ－33,1022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.558, 92.699, 94.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
coat protein


分子量: 16550.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leviviridae sp. (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1076 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 10% PEG 8000, 0.1 M sodium chloride, 0.05 M phosphate/citrate pH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月9日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.248→48.615 Å / Num. obs: 173301 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.405 % / Biso Wilson estimate: 21.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.146 / Net I/σ(I): 8.51
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.25-1.326.0371.0541.0316014528026265270.8251.15294.7
1.32-1.416.7310.711.6617742426366263590.920.77100
1.41-1.536.4660.4272.7315887224614245710.9650.46499.8
1.53-1.676.6470.2365.1615063022677226610.9880.25699.9
1.67-1.876.6640.1518.5613683220548205320.9940.16499.9
1.87-2.166.3360.09614.5911541918230182150.9960.10499.9
2.16-2.646.2310.07919.69633615473154610.9960.08699.9
2.64-3.736.0390.06924.147282112078120590.9970.07599.8
3.73-48.6155.9960.05826.6241468693769160.9980.06399.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Poly(Ala) model of ESE021 CP dimer

解像度: 1.248→42.21 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1974 8618 4.99 %
Rwork0.1753 --
obs0.1764 172802 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.42 Å2 / Biso mean: 24.3684 Å2 / Biso min: 11.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.248→42.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4450 0 0 1076 5526
Biso mean---33.61 -
残基数----592
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.2481-1.26220.42752010.4086396772
1.2622-1.27710.34762720.36215492100
1.2771-1.29270.38073030.3488541399
1.2927-1.3090.34922690.3381548899
1.309-1.32630.35632930.3187546299
1.3263-1.34440.31912830.29145478100
1.3444-1.36360.31542770.27745481100
1.3636-1.3840.25782910.255475100
1.384-1.40560.26623000.2385464100
1.4056-1.42870.27022730.2271550699
1.4287-1.45330.2552930.21365442100
1.4533-1.47970.24272940.20995484100
1.4797-1.50820.21913040.19125490100
1.5082-1.5390.24012910.1849545599
1.539-1.57240.2012790.1575483100
1.5724-1.6090.19172940.15245511100
1.609-1.64930.20682820.1545506100
1.6493-1.69380.19322850.155532100
1.6938-1.74370.17213000.1425503100
1.7437-1.80.18382840.15435515100
1.8-1.86430.18022860.15645514100
1.8643-1.93890.19542900.1635534100
1.9389-2.02720.1873040.15695519100
2.0272-2.13410.18392820.15835574100
2.1341-2.26780.1792980.15475563100
2.2678-2.44280.19132910.16565582100
2.4428-2.68860.19612940.17395586100
2.6886-3.07760.1972960.17295627100
3.0776-3.8770.17532940.165670100
3.877-42.210.16543150.16065868100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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