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- PDB-6yf3: FKBP12 in complex with the BMP potentiator compound 10 at 1.00A r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yf3
タイトルFKBP12 in complex with the BMP potentiator compound 10 at 1.00A resolution
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
キーワードISOMERASE / IMMUNOSUPPRESSION / IMMUNOSUPPRESSANT / BMP ENHANCER PROGRAM
機能・相同性
機能・相同性情報


macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding ...macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding / signaling receptor inhibitor activity / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / 'de novo' protein folding / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / FK506 binding / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / mTORC1-mediated signalling / Calcineurin activates NFAT / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of immune response / heart morphogenesis / supramolecular fiber organization / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel regulator activity / protein maturation / T cell activation / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / sarcoplasmic reticulum / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Z disc / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / protein folding / regulation of protein localization / protein refolding / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-OOZ / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Kallen, J.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Phenotypic screen identifies calcineurin-sparing FK506 analogs as BMP potentiators for treatment of acute kidney injury.
著者: Larraufie, M.H. / Gao, X. / Xia, X. / Devine, P.J. / Kallen, J. / Liu, D. / Michaud, G. / Harsch, A. / Savage, N. / Ding, J. / Tan, K. / Mihalic, M. / Roggo, S. / Canham, S.M. / Bushell, S.M. ...著者: Larraufie, M.H. / Gao, X. / Xia, X. / Devine, P.J. / Kallen, J. / Liu, D. / Michaud, G. / Harsch, A. / Savage, N. / Ding, J. / Tan, K. / Mihalic, M. / Roggo, S. / Canham, S.M. / Bushell, S.M. / Krastel, P. / Gao, J. / Izaac, A. / Altinoglu, E. / Lustenberger, P. / Salcius, M. / Harbinski, F. / Williams, E.T. / Zeng, L. / Loureiro, J. / Cong, F. / Fryer, C.J. / Klickstein, L. / Tallarico, J.A. / Jain, R.K. / Rothman, D.M. / Wang, S.
履歴
登録2020年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9756
ポリマ－11,9911
非ポリマー9845
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area6030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.279, 57.279, 54.296
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

CL

21A-205-

NA

31A-399-

HOH

41A-408-

HOH

51A-423-

HOH

61A-436-

HOH

71A-438-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / ...PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / FKBP-1A / Immunophilin FKBP12 / Rotamase


分子量: 11990.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A, FKBP1, FKBP12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 5種, 147分子

#2: 化合物 ChemComp-OOZ / (1~{R},9~{S},12~{S},13~{R},14~{S},17~{R},18~{E},21~{S},23~{S},24~{R},25~{S},27~{R})-17-ethyl-25-methoxy-12-[(~{E})-1-[(1~{R},3~{R},4~{R})-3-methoxy-4-oxidanyl-cyclohexyl]prop-1-en-2-yl]-13,19,21,27-tetramethyl-1,14,23-tris(oxidanyl)-11,28-dioxa-4-azatricyclo[22.3.1.0^{4,9}]octacos-18-ene-2,3,10,16-tetrone


分子量: 777.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H67NO12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.77 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.2 M AmSO4, 0.2 M CdCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99993 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月21日
放射モノクロメーター: SI 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99993 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→54.3 Å / Num. obs: 45824 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 27.2 / Num. measured all: 496239
反射 シェル解像度: 1→1.07 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. measured all: 19309 / Num. unique obs: 5242 / CC1/2: 0.808 / Rpim(I) all: 0.229 / Rrim(I) all: 0.471 / Net I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 68.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.3.3データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0063精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DH0

4dh0


解像度: 1→40.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.601 / SU ML: 0.015 / SU R Cruickshank DPI: 0.0295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.026
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1582 2271 5 %RANDOM
Rwork0.1574 ---
obs0.1574 43503 93.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 39.28 Å2 / Biso mean: 12.409 Å2 / Biso min: 5.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1→40.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数839 0 59 142 1040
Biso mean--10.71 22.57 -
残基数----108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3622.0371340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1185126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.93523.5939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.25615169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.811156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021731
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.0533978
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.6123146
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.463944
LS精密化 シェル解像度: 1.004→1.03 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 116 -
Rwork0.274 1915 -
all-2031 -
obs--57.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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