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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yex | ||||||
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タイトル | VcaM4I restriction endonuclease in the absence of DNA | ||||||
要素 | HNH endonuclease | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PUA superfamily / EVE domain / DNA endonuclease / modification-dependent restriction endonuclease / MDRE / single stranded DNA | ||||||
機能・相同性 | HNH endonuclease / HNH nuclease / endonuclease activity / HNH endonuclease 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio campbellii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Pastor, M. / Czapinska, H. / Lutz, T. / Helbrecht, I. / Xu, S. / Bochtler, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021 タイトル: Crystal structures of the EVE-HNH endonuclease VcaM4I in the presence and absence of DNA. 著者: Pastor, M. / Czapinska, H. / Helbrecht, I. / Krakowska, K. / Lutz, T. / Xu, S.Y. / Bochtler, M. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019 タイトル: A protein architecture guided screen for modification dependent restriction endonucleases. 著者: Lutz, T. / Flodman, K. / Copelas, A. / Czapinska, H. / Mabuchi, M. / Fomenkov, A. / He, X. / Bochtler, M. / Xu, S.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yex.cif.gz | 324.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yex.ent.gz | 266.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yex.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yex | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The modification specific VcaM4I restriction endonuclease is active as a dimer (each protomer cleaves one strand of the double stranded DNA substrate). The C-terminal HNH nuclease domains mediate the dimerization. The N-terminal EVE domains are responsible for the modification specificity. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35390.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio campbellii (バクテリア) / 遺伝子: DSB67_20905 / プラスミド: pTXB1 (modified) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A344KQF3 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (7.2 mg/ml) in 0.27 M NaCl, 13.5 mM Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M sodium malonate and 0.9 mM TCEP was mixed in 1:1 ratio with reservoir solution (1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 5.25). ...詳細: Protein (7.2 mg/ml) in 0.27 M NaCl, 13.5 mM Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M sodium malonate and 0.9 mM TCEP was mixed in 1:1 ratio with reservoir solution (1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 5.25). Perfluoropolyether oil was used as a cryoprotectant. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 1.0064 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0064 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 107966 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.046 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 26.06 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 17067 / CC1/2: 0.851 / Rrim(I) all: 1.104 / Rsym value: 1.062 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→28.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 5.305 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.08 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED THE IDENTITY OF THE SOLVENT MOLECULES HAS BEEN ASSIGNED TENTATIVELY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 109.92 Å2 / Biso mean: 33.633 Å2 / Biso min: 18.07 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→28.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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