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万見
- PDB-6yev: Crystal structure of MsrA C206 and Trx C35S complex from Escheric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yev
タイトルCrystal structure of MsrA C206 and Trx C35S complex from Escherichia coli
要素
  • Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
  • Thioredoxin 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase / S-Methionine sulfoxide reductase / Oxidative stress / complex / thioredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / protein repair / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / protein modification process / cellular response to oxidative stress ...oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / protein repair / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / protein modification process / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain ...: / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA / Thioredoxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Napolitano, S. / Zyla, D. / Glockshuber, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a complex between the single-cysteine mutant MsrA C206 and Trx C35S from Escherichia coli
著者: Napolitano, S. / Zyla, D. / Glockshuber, R.
履歴
登録2020年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: Thioredoxin 1
F: Thioredoxin 1
A: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
B: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
C: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
D: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
G: Thioredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,45911
ポリマ－128,3677
非ポリマー924
水61334
1
E: Thioredoxin 1
A: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0653
ポリマ－35,0422
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14740 Å2
手法PISA
2
F: Thioredoxin 1
B: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0653
ポリマ－35,0422
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA
3
C: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
G: Thioredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0653
ポリマ－35,0422
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15000 Å2
手法PISA
4
D: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2632
ポリマ－23,2401
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.910, 139.910, 218.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-402-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 7 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 7 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 7 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 7 and (name N or name...
12(chain E and (resid 4 through 51 or resid 53...
22(chain F and (resid 4 through 51 or resid 53...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 7 and (name N or name...A7
121(chain A and ((resid 7 and (name N or name...A3 - 211
131(chain A and ((resid 7 and (name N or name...A3 - 211
141(chain A and ((resid 7 and (name N or name...A3 - 211
151(chain A and ((resid 7 and (name N or name...A3 - 211
211(chain B and ((resid 7 and (name N or name...B7
221(chain B and ((resid 7 and (name N or name...B4 - 210
231(chain B and ((resid 7 and (name N or name...B4 - 210
241(chain B and ((resid 7 and (name N or name...B4 - 210
251(chain B and ((resid 7 and (name N or name...B4 - 210
311(chain C and ((resid 7 and (name N or name...C7
321(chain C and ((resid 7 and (name N or name...C3 - 210
331(chain C and ((resid 7 and (name N or name...C3 - 210
341(chain C and ((resid 7 and (name N or name...C3 - 210
351(chain C and ((resid 7 and (name N or name...C3 - 210
411(chain D and ((resid 7 and (name N or name...D7
421(chain D and ((resid 7 and (name N or name...D6 - 206
431(chain D and ((resid 7 and (name N or name...D6 - 206
441(chain D and ((resid 7 and (name N or name...D6 - 206
451(chain D and ((resid 7 and (name N or name...D6 - 206
112(chain E and (resid 4 through 51 or resid 53...E4 - 51
122(chain E and (resid 4 through 51 or resid 53...E53 - 72
132(chain E and (resid 4 through 51 or resid 53...E74 - 84
142(chain E and (resid 4 through 51 or resid 53...E86 - 95
152(chain E and (resid 4 through 51 or resid 53...E97 - 99
212(chain F and (resid 4 through 51 or resid 53...F4 - 51
222(chain F and (resid 4 through 51 or resid 53...F53 - 72
232(chain F and (resid 4 through 51 or resid 53...F1 - 108
242(chain F and (resid 4 through 51 or resid 53...F0
252(chain F and (resid 4 through 51 or resid 53...F97 - 99

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Thioredoxin 1 / Trx-1


分子量: 11802.517 Da / 分子数: 3 / 変異: Cys35Ser / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: trxA, fipA, tsnC, b3781, JW5856 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA25
#2: タンパク質
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA / Protein-methionine-S-oxide reductase / Peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / Peptide Met(O) reductase


分子量: 23239.787 Da / 分子数: 4 / 変異: Cys51Ala, Cys86Ala, Cys198Ala / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: msrA, pms, b4219, JW4178 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0A744, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.37 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BIS-TRIS propane pH 6.5, 0.2M trisodium citrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→49.71 Å / Num. obs: 53069 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 39.8 % / Rrim(I) all: 0.55 / Net I/σ(I): 0.47
反射 シェル解像度: 2.94→3.01 Å / Num. unique obs: 5325 / CC1/2: 0.112

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17rc5_3630精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2trx, 1ff3

2trx

1ff3


解像度: 2.94→49.71 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 2653 5 %
Rwork0.2288 --
obs0.2302 53069 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 242.59 Å2 / Biso mean: 97.0643 Å2 / Biso min: 41.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.94→49.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8773 0 4 34 8811
Biso mean--79.24 58.89 -
残基数----1142
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2284X-RAY DIFFRACTION6.827TORSIONAL
12B2284X-RAY DIFFRACTION6.827TORSIONAL
13C2284X-RAY DIFFRACTION6.827TORSIONAL
14D2284X-RAY DIFFRACTION6.827TORSIONAL
21E522X-RAY DIFFRACTION6.827TORSIONAL
22F522X-RAY DIFFRACTION6.827TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.94-2.990.38931360.346125992735100
2.99-3.050.36191390.351726422781100
3.05-3.110.37471390.330126262765100
3.11-3.180.36751370.325326002737100
3.18-3.250.31941390.311826472786100
3.26-3.340.35721370.312926102747100
3.34-3.430.35681380.296326182756100
3.43-3.530.32261390.277626422781100
3.53-3.640.28551390.245426412780100
3.64-3.770.26311390.224926362775100
3.77-3.920.23721390.22126372776100
3.92-4.10.26851380.224826472785100
4.1-4.320.24741400.225226542794100
4.32-4.590.24581390.204626522791100
4.59-4.940.21821400.18926822822100
4.94-5.440.21711400.182226652805100
5.44-6.220.22621420.193626932835100
6.22-7.830.20381430.204727172860100
7.84-49.710.24291500.22012808295899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1672-0.44570.50862.1437-0.03971.5086-0.27920.71630.262-1.23980.07580.6597-0.6055-0.3751-0.00051.09930.0714-0.26140.97170.10651.034638.6421-22.4305-9.2713
21.69970.17240.03131.67880.23872.24630.2157-0.5398-0.06020.13090.1050.4067-0.3405-0.8126-0.00070.73350.01190.01891.37210.21521.087740.8009-31.758862.6248
32.2331-0.47010.01242.42310.39921.12390.0588-0.1158-0.1386-0.0380.1503-0.14530.10870.0770.00010.7515-0.0632-0.1110.7777-0.00720.730564.1054-40.5382.4295
42.340.8477-0.19761.5592-0.38352.78380.1569-0.1615-0.2952-0.03520.05110.1604-0.2437-0.3373-0.00030.68880.0012-0.04150.72410.05730.734651.8542-22.311631.4715
51.6723-0.14760.58181.83250.08452.7965-0.19620.3265-0.0773-0.22080.298-0.1476-0.06690.34580.00010.79-0.13460.05790.763-0.03610.758776.347-2.782413.5415
61.3162-0.35580.35791.699-1.01012.31230.1357-0.2577-0.1386-0.1714-0.1461-0.55930.16070.8831-0.00030.7286-0.0303-0.02881.2709-0.15751.082796.3526-32.973715.5934
70.00980.1066-0.11560.7483-0.81430.87680.66591.47280.3187-1.6426-0.0908-0.5119-0.33330.21130.00611.7529-0.05750.46021.388-0.09021.027892.0904-5.5316-16.4977
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'E' and resid 1 through 102)E1 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'F' and resid 1 through 108)F1 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 3 through 211)A3 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid 4 through 210)B4 - 210
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'C' and resid 3 through 210)C3 - 210
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'D' and resid 6 through 206)D6 - 206
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 3 through 108)G3 - 108

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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