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万見
- PDB-6ye4: Structure of ExbB pentamer from Serratia marcescens by single par... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ye4
タイトルStructure of ExbB pentamer from Serratia marcescens by single particle cryo electron microscopy
要素Biopolymer transport protein ExbB
キーワードMETAL TRANSPORT / membrane protein / iron uptake / proton transfer / TonB complex
機能・相同性TonB-system energizer ExbB type-1 / : / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family / protein import / transmembrane transporter activity / plasma membrane / Chem-PGT / Biopolymer transport protein ExbB
機能・相同性情報
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Biou, V. / Delepelaire, P. / Coureux, P.D. / Chami, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-LABEX-0011-01 フランス
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular determinants for the interaction of ExbB from Serratia marcescens and HasB, a TonB paralog.
著者: Valérie Biou / Ricardo Jorge Diogo Adaixo / Mohamed Chami / Pierre-Damien Coureux / Benoist Laurent / Véronique Yvette Ntsogo Enguéné / Gisele Cardoso de Amorim / Nadia Izadi-Pruneyre / ...著者: Valérie Biou / Ricardo Jorge Diogo Adaixo / Mohamed Chami / Pierre-Damien Coureux / Benoist Laurent / Véronique Yvette Ntsogo Enguéné / Gisele Cardoso de Amorim / Nadia Izadi-Pruneyre / Christian Malosse / Julia Chamot-Rooke / Henning Stahlberg / Philippe Delepelaire /
要旨: ExbB and ExbD are cytoplasmic membrane proteins that associate with TonB to convey the energy of the proton-motive force to outer membrane receptors in Gram-negative bacteria for iron uptake. The ...ExbB and ExbD are cytoplasmic membrane proteins that associate with TonB to convey the energy of the proton-motive force to outer membrane receptors in Gram-negative bacteria for iron uptake. The opportunistic pathogen Serratia marcescens (Sm) possesses both TonB and a heme-specific TonB paralog, HasB. ExbB has a long periplasmic extension absent in other bacteria such as E. coli (Ec). Long ExbB's are found in several genera of Alphaproteobacteria, most often in correlation with a hasB gene. We investigated specificity determinants of ExbB and HasB. We determined the cryo-EM structures of ExbB and of the ExbB-ExbD complex from S. marcescens. ExbB alone is a stable pentamer, and its complex includes two ExbD monomers. We showed that ExbB extension interacts with HasB and is involved in heme acquisition and we identified key residues in the membrane domain of ExbB and ExbB, essential for function and likely involved in the interaction with TonB/HasB. Our results shed light on the class of inner membrane energy machinery formed by ExbB, ExbD and HasB.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Functional and structural characterization of Serratia marcescens ExbB: determinants of the interaction with HasB/TonB
著者: Biou, V. / Chami, M. / Coureux, P.D. / Laurent, B. / Ntsogo, Y. / Izadi-Pruneyre, N. / Malosse, C. / Chamot-Rooke, J. / Stahlberg, H. / Delepelaire, P.
#2: ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2012
タイトル: RELION: implementation of a Bayesian approach to cryo-EM structure determination.
著者: Sjors H W Scheres /
要旨: RELION, for REgularized LIkelihood OptimizatioN, is an open-source computer program for the refinement of macromolecular structures by single-particle analysis of electron cryo-microscopy (cryo-EM) ...RELION, for REgularized LIkelihood OptimizatioN, is an open-source computer program for the refinement of macromolecular structures by single-particle analysis of electron cryo-microscopy (cryo-EM) data. Whereas alternative approaches often rely on user expertise for the tuning of parameters, RELION uses a Bayesian approach to infer parameters of a statistical model from the data. This paper describes developments that reduce the computational costs of the underlying maximum a posteriori (MAP) algorithm, as well as statistical considerations that yield new insights into the accuracy with which the relative orientations of individual particles may be determined. A so-called gold-standard Fourier shell correlation (FSC) procedure to prevent overfitting is also described. The resulting implementation yields high-quality reconstructions and reliable resolution estimates with minimal user intervention and at acceptable computational costs.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.22022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32024年7月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _em_3d_fitting_list.accession_code ..._citation.journal_id_ISSN / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10789
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biopolymer transport protein ExbB
B: Biopolymer transport protein ExbB
C: Biopolymer transport protein ExbB
D: Biopolymer transport protein ExbB
E: Biopolymer transport protein ExbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,82310
ポリマ－152,0685
非ポリマー3,7555
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, sample appears as a homogeneous peak
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area21040 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area54830 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Biopolymer transport protein ExbB / Tol-pal system-associated acyl-CoA thioesterase


分子量: 30413.621 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: a 6-histidine tag is present at the C-terminus / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: exbB, FG174_21755, PWN146_03792 / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C3HJ46
#2: 化合物
ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homopentamer of ExbB / タイプ: COMPLEX
詳細: the expressed sequence corresponds to the mature sequence after signal peptide cleavage.
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.174 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Serratia marcescens (霊菌) / 株: Db11
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pBAD24
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl pH 8,0 100mM NaCl 0,0015% LMNG
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMtris-HCl1
2100 mMSodium chlorideNaCl1
30.0015 % w/vlauryl maltose neopentyl glycolLMNG1
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: the sample was monodisperse as evidenced by gel filtration column
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/4
急速凍結装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 93 K / 最低温度: 83 K
撮影平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 55.95 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3122
詳細: frames were weighted according to electron dose and particle movement during Relion bayesian polishing procedure.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 56 / 利用したフレーム数/画像: 1-56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3粒子像選択autopicking after 2D classification on a subset
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正
5RELION3CTF補正
8UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
10PHENIX1.14モデル精密化phenix_real_space_refinement
11RELION3初期オイラー角割当
12RELION3最終オイラー角割当
13RELION3分類
14RELION3３次元再構成
画像処理詳細: images were processed with Motioncor2
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1291382
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157111 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 55.3 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: the ExbB sequence from S. marcescens was modeled by homology from the 5SV0 monomer from E. coli using Phyre software and the pentamer was generated using the 5SV0 symmetry. real space ...詳細: the ExbB sequence from S. marcescens was modeled by homology from the 5SV0 monomer from E. coli using Phyre software and the pentamer was generated using the 5SV0 symmetry. real space refinement was carried out with rigid body, simulated annealing and morphing steps.
原子モデル構築PDB-ID: 5SV0

5sv0


PDB chain-ID: A / Accession code: 5SV0 / Pdb chain residue range: 10-234 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 45.97 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.02629270
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.555812515
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.10231450
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.011610
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.06273395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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