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- PDB-7ajq: cryo-EM structure of ExbBD from Serratia Marcescens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ajq
タイトルcryo-EM structure of ExbBD from Serratia Marcescens
要素
  • Biopolymer transport protein ExbB
  • Biopolymer transport protein ExbD
キーワードMOTOR PROTEIN / TonB transport / MEMBRANE PROTEIN / IRON UPTAKE / PROTON TRANSFER / TONB COMPLEX / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TonB-system energizer ExbB type-1 / TonB system transport protein ExbD type-1 / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family
類似検索 - ドメイン・相同性
Biopolymer transport protein ExbB / Biopolymer transport protein ExbD
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Biou, V. / Adaixo, R. / Coureux, P.D. / Delepelaire, P. / Chami, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)11-LABX-0011 フランス
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular determinants for the interaction of ExbB from Serratia marcescens and HasB, a TonB paralog.
著者: Valérie Biou / Ricardo Jorge Diogo Adaixo / Mohamed Chami / Pierre-Damien Coureux / Benoist Laurent / Véronique Yvette Ntsogo Enguéné / Gisele Cardoso de Amorim / Nadia Izadi-Pruneyre / ...著者: Valérie Biou / Ricardo Jorge Diogo Adaixo / Mohamed Chami / Pierre-Damien Coureux / Benoist Laurent / Véronique Yvette Ntsogo Enguéné / Gisele Cardoso de Amorim / Nadia Izadi-Pruneyre / Christian Malosse / Julia Chamot-Rooke / Henning Stahlberg / Philippe Delepelaire /
要旨: ExbB and ExbD are cytoplasmic membrane proteins that associate with TonB to convey the energy of the proton-motive force to outer membrane receptors in Gram-negative bacteria for iron uptake. The ...ExbB and ExbD are cytoplasmic membrane proteins that associate with TonB to convey the energy of the proton-motive force to outer membrane receptors in Gram-negative bacteria for iron uptake. The opportunistic pathogen Serratia marcescens (Sm) possesses both TonB and a heme-specific TonB paralog, HasB. ExbB has a long periplasmic extension absent in other bacteria such as E. coli (Ec). Long ExbB's are found in several genera of Alphaproteobacteria, most often in correlation with a hasB gene. We investigated specificity determinants of ExbB and HasB. We determined the cryo-EM structures of ExbB and of the ExbB-ExbD complex from S. marcescens. ExbB alone is a stable pentamer, and its complex includes two ExbD monomers. We showed that ExbB extension interacts with HasB and is involved in heme acquisition and we identified key residues in the membrane domain of ExbB and ExbB, essential for function and likely involved in the interaction with TonB/HasB. Our results shed light on the class of inner membrane energy machinery formed by ExbB, ExbD and HasB.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Functional and structural characterization of Serratia marcescens ExbB: determinants of the interaction with HasB/TonB
著者: Biou, V. / Chami, M. / Coureux, P.D. / Laurent, B. / Ntsogo, Y. / Izadi-Pruneyre, N. / Malosse, C. / Chamot-Rooke, J. / Stahlberg, H. / Delepelaire, P.
履歴
登録2020年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32024年7月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _em_3d_fitting_list.accession_code ..._citation.journal_id_ISSN / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11806
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biopolymer transport protein ExbB
B: Biopolymer transport protein ExbB
C: Biopolymer transport protein ExbB
D: Biopolymer transport protein ExbB
E: Biopolymer transport protein ExbB
F: Biopolymer transport protein ExbD
G: Biopolymer transport protein ExbD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,4617
ポリマ－180,4617
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area21400 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area59460 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Biopolymer transport protein ExbB


分子量: 29584.752 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: FHU12_5200 / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: A0A542C9I8
#2: タンパク質 Biopolymer transport protein ExbD


分子量: 16268.690 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌)
遺伝子: exbD, A8A12_13035, AN695_0216350, AR325_24260, BVG93_18405, BVG97_18665, DMW43_16865, E4655_06935, EGJ31_09425, FG174_21750, FOT62_00910, FR965_26870, G3M87_18025, G3M88_18025, G3M89_ ...遺伝子: exbD, A8A12_13035, AN695_0216350, AR325_24260, BVG93_18405, BVG97_18665, DMW43_16865, E4655_06935, EGJ31_09425, FG174_21750, FOT62_00910, FR965_26870, G3M87_18025, G3M88_18025, G3M89_17265, GMA22_18535, GST50_08875, GV243_22030, SMATCC274_40720
プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue / 参照: UniProt: V5YUQ0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 5-ExbB + 2-ExbD complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Serratia marcescens (霊菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: XL1-blue / プラスミド: pBAD24
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMtrisTris-HCl1
30.0015 %Lauryl Maltose Neopentyl GlycolLMNG1
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: the sample was monodisperse as seen on gel filtration chromatogram
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 139000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 100 K
撮影平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 4.58 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4000
画像スキャン動画フレーム数/画像: 48 / 利用したフレーム数/画像: 1-48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPUlatest画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.8モデルフィッティング
9cryoSPARC2初期オイラー角割当
10cryoSPARC2最終オイラー角割当
11cryoSPARC2分類
12cryoSPARC2３次元再構成
13PHENIX1.17.1モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1373000 / 詳細: picking on 3028 images with best resolution
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 158000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 169 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 6YE4

6ye4


PDB chain-ID: A / Accession code: 6YE4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 168.3 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00219340
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.523412657
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03491502
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00281642
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.03561320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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