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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ydz | ||||||
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タイトル | Human wtSTING in complex with 3',3'-cGAMP | ||||||
要素 | Stimulator of interferon protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / innate immune system / cyclic dinucleotide / STING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / positive regulation of type I interferon production / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / monoatomic ion transmembrane transport ...2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / positive regulation of type I interferon production / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / monoatomic ion transmembrane transport / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Boura, E. / Smola, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021 タイトル: Ligand Strain and Its Conformational Complexity Is a Major Factor in the Binding of Cyclic Dinucleotides to STING Protein. 著者: Smola, M. / Gutten, O. / Dejmek, M. / Kozisek, M. / Evangelidis, T. / Tehrani, Z.A. / Novotna, B. / Nencka, R. / Birkus, G. / Rulisek, L. / Boura, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ydz.cif.gz | 81.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ydz.ent.gz | 59.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ydz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ydz_validation.pdf.gz | 845.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ydz_full_validation.pdf.gz | 847 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ydz_validation.xml.gz | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ydz_validation.cif.gz | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/6ydz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/6ydz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23189.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING, LOC340061, hCG_1782396 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R3XZB7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-4BW / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, carboxylic acid 0.02 M, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→39.231 Å / Num. obs: 5269 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1891 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 12.05 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.004 Å / Rmerge(I) obs: 1.763 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 512 / CC1/2: 0.522 / Rrim(I) all: 1.85 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KSY 解像度: 2.9→39.231 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.74
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.21 Å2 / Biso mean: 60.6199 Å2 / Biso min: 22.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→39.231 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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