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- PDB-6yd9: Ecoli GyrB24 with inhibitor 16a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yd9
タイトルEcoli GyrB24 with inhibitor 16a
要素DNA gyrase subunit B
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA gyrase / topoisomerase IV / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 ...: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ON2 / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Barancokova, M. / Skok, Z. / Benek, O. / Cruz, C.D. / Tammela, P. / Tomasic, T. / Zidar, N. / Masic, L.P. / Zega, A. / Stevenson, C.E.M. ...Barancokova, M. / Skok, Z. / Benek, O. / Cruz, C.D. / Tammela, P. / Tomasic, T. / Zidar, N. / Masic, L.P. / Zega, A. / Stevenson, C.E.M. / Mundy, J. / Lawson, D.M. / Maxwell, A.M. / Kikelj, D. / Ilas, J.
資金援助 スロベニア, フィンランド, 英国, 6件
組織認可番号国
European Union (EU)EU H2020 ITN-ETN Project INTEGRATE (Project Reference: 642620) スロベニア
European Union (EU)EU FP7 Integrated Project MAREX (Project No. FP7-KBBE-2009-3-245137) スロベニア
Academy of FinlandGrant No. 277001 フィンランド
Slovenian Research AgencyGrant No. P1-0208 スロベニア
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012523/1 英国
Wellcome Trust110072/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Exploring the Chemical Space of Benzothiazole-Based DNA Gyrase B Inhibitors.
著者: Skok, Z. / Barancokova, M. / Benek, O. / Cruz, C.D. / Tammela, P. / Tomasic, T. / Zidar, N. / Masic, L.P. / Zega, A. / Stevenson, C.E.M. / Mundy, J.E.A. / Lawson, D.M. / Maxwell, A. / Kikelj, D. / Ilas, J.
履歴
登録2020年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7284
ポリマ－24,1911
非ポリマー5363
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.180, 67.143, 68.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B / Type IIA topoisomerase subunit GyrB


分子量: 24191.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12
遺伝子: gyrB, acrB, cou, himB, hisU, nalC, parA, pcbA, b3699, JW5625
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AES6, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-ON2 / N-[6-(3-azanylpropanoylamino)-1,3-benzothiazol-2-yl]-3,4-bis(chloranyl)-5-methyl-1H-pyrrole-2-carboxamide


分子量: 412.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15Cl2N5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M MIB pH 4.0; 25 % (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→41.18 Å / Num. obs: 25674 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rrim(I) all: 0.202 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 1.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1062 / CC1/2: 0.778 / Rrim(I) all: 1.234 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F86

6f86


解像度: 1.6→35.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.002 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.0968 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.096
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2143 1346 5.3 %RANDOM
Rwork0.1819 ---
obs0.1836 24258 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 58.94 Å2 / Biso mean: 20.529 Å2 / Biso min: 11.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.26 Å20 Å20 Å2
2---1.75 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→35.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1538 0 34 200 1772
Biso mean--27.23 31.58 -
残基数----198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0131635
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.591.6422212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4681.5823537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9035203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.28222.02484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.45915281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4331511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02337
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 95 -
Rwork0.26 1543 -
all-1638 -
obs--86.71 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.3781 Å / Origin y: -4.7044 Å / Origin z: 12.7656 Å
111213212223313233
T0.0119 Å2-0.0123 Å20.0118 Å2-0.0523 Å2-0.0007 Å2--0.0232 Å2
L0.7492 °2-0.561 °20.219 °2-1.9663 °2-0.3648 °2--1.2494 °2
S-0.0068 Å °0.0088 Å °0.0508 Å °-0.0862 Å °-0.038 Å °-0.2098 Å °0.0392 Å °0.0915 Å °0.0448 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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