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- PDB-6f86: Crystal Structure of E. coli GyraseB 24kDa in complex with 4-(4-b... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6f86 | ||||||
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Title | Crystal Structure of E. coli GyraseB 24kDa in complex with 4-(4-bromo-1H-pyrazol-1-yl)-6-[(ethylcarbamoyl)amino]-N-(pyridin-3-yl)pyridine-3-carboxamide | ||||||
![]() | DNA gyrase subunit B | ||||||
![]() | ISOMERASE / Binding Sites / DNA Gyrase / inhibitors / pyridine-3-carboxamides / topoisomerase IV | ||||||
Function / homology | ![]() DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic ...DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Narramore, S.K. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Maxwell, A. / Fishwick, C.W.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: New insights into the binding mode of pyridine-3-carboxamide inhibitors of E. coli DNA gyrase. Authors: Narramore, S. / Stevenson, C.E.M. / Maxwell, A. / Lawson, D.M. / Fishwick, C.W.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 696 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 14 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6f8jC ![]() 6f94C ![]() 6f96C ![]() 4uroS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 22648.422 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P0AES7, UniProt: P0AES6*PLUS, EC: 5.99.1.3 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-CWW / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 25-30% PEG400 and 100 mM Hepes pH 6.5. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 1, 2016 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→49.67 Å / Num. obs: 22689 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 8 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4URO Resolution: 1.9→49.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 7.098 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.1287 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.116 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 82.42 Å2 / Biso mean: 33.643 Å2 / Biso min: 19.99 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→49.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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