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- PDB-6ycx: Plasmodium falciparum Myosin A full-length, pre-powerstroke state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ycx
タイトルPlasmodium falciparum Myosin A full-length, pre-powerstroke state
要素
  • (Uncharacterized ...) x 2
  • Myosin A tail domain interacting protein
  • Myosin-A
キーワードMOTOR PROTEIN / Myosin A / Myosin / Plasmodium / Myosin XIV / Myosin 14
機能・相同性
機能・相同性情報


pellicle / inner membrane pellicle complex / glideosome / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton ...pellicle / inner membrane pellicle complex / glideosome / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / calcium ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myosin A tail domain interacting protein, N-terminal / Class XIV myosin, motor domain / EF-hand domain / Myosin motor domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / : ...: / Myosin A tail domain interacting protein, N-terminal / Class XIV myosin, motor domain / EF-hand domain / Myosin motor domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / : / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / VANADATE ION / Myosin essential light chain ELC / Myosin-A / Calmodulin
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者Moussaoui, D. / Robblee, J.P. / Auguin, D. / Krementsova, E.B. / Robert-Paganin, J. / Trybus, K.M. / Houdusse, A.
資金援助1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AI132378
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Full-length Plasmodium falciparum myosin A and essential light chain PfELC structures provide new anti-malarial targets.
著者: Moussaoui, D. / Robblee, J.P. / Auguin, D. / Krementsova, E.B. / Haase, S. / Blake, T.C.A. / Baum, J. / Robert-Paganin, J. / Trybus, K.M. / Houdusse, A.
履歴
登録2020年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-A
B: Myosin-A
D: Myosin A tail domain interacting protein
F: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein
H: Myosin A tail domain interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,50312
ポリマ－263,3706
非ポリマー1,1336
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17680 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area94190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.240, 287.430, 78.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABDH

#1: タンパク質 Myosin-A / PfM-A


分子量: 92474.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF13_0233
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IDR3
#2: タンパク質 Myosin A tail domain interacting protein


分子量: 23510.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫)
株: isolate NF54 / 遺伝子: CK202_1873, PFNF54_03975
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: W7K1J7

-
Uncharacterized ... , 2種, 2分子 FG

#3: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 15706.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫)
株: isolate NF54 / 遺伝子: CK202_4702
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A2I0BQX1
#4: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 15692.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫)
株: isolate NF54 / 遺伝子: CK202_4702
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A2I0BQX1

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非ポリマー , 3種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.91 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1M Na Citrate tribasic; 0.01M Na Borate pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 77.36 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.99→48.4 Å / Num. obs: 33243 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.4443 / Net I/σ(I): 4.19
反射 シェル解像度: 3.99→4.133 Å / Num. unique obs: 3194 / CC1/2: 0.696

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I7E

6i7e


解像度: 3.99→48.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.631 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.602 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.773
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1663 5 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.239 33243 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 293.96 Å2 / Biso mean: 70.59 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.1708 Å20 Å20 Å2
2--23.0956 Å20 Å2
3---1.0752 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.7 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.99→48.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17193 0 66 0 17259
Biso mean--23.55 --
残基数----2155
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6473SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes529HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2529HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it17797HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2375SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact21154SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d17797HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg24068HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.81
LS精密化 シェル解像度: 3.99→4.11 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 138 5.02 %
Rwork0.242 2610 -
all0.243 2748 -
obs--95.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22730.18520.21861.26280.4621.38360.038-0.0906-0.08450.0345-0.00150.17310.0213-0.5442-0.0365-0.3040.0139-0.0211-0.03040.1394-0.30145.9629286.947-47.2117
20-0.1947-0.39450.75290.20891.58170.29940.13380.3376-0.5218-0.05480.4778-0.5442-0.5442-0.24470.3040.1520.1520.00460.1520.149555.9128342.061-66.8549
31.34182.9104-1.17298.31121.13247.3996-0.060.5442-0.3325-0.31510.17220.2560.1665-0.1098-0.11220.3039-0.152-0.1520.19910.12420.001734.5881246.258-105.349
46.7930.58492.7048.31060.99648.14690.0719-0.0238-0.1033-0.12790.1275-0.23080.07550.2277-0.19940.2251-0.152-0.1209-0.3010.0792-0.30457.4026263.628-83.4141
53.1221-0.9725-2.91047.8727-0.88213.99940.0355-0.0231-0.14880.1760.0749-0.18120.06540.3438-0.11040.3040.15190.1520.26130.1520.143874.0236359.674-29.8176
60-0.53441.99318.3117-2.90275.66190.0505-0.37930.2971-0.12860.0111-0.0285-0.00820.2796-0.06160.3040.1520.152-0.08320.04080.202955.1213384.575-11.9713
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 1001
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 1001
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|* }D72 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4{ F|* }F2 - 134
5X-RAY DIFFRACTION5{ G|* }G3 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6{ H|* }H72 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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