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- PDB-6ycm: Crystal structure of GcoA T296S bound to p-vanillin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ycm
タイトルCrystal structure of GcoA T296S bound to p-vanillin
要素Aromatic O-demethylase, cytochrome P450 subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aromatic catabolism / cytochrome P450 / lignin valorization / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / catabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 4-hydroxy-3-methoxybenzaldehyde / Aromatic O-demethylase, cytochrome P450 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Mallinson, S.J.B. / Hinchen, D.J. / Ellis, E.S. / Beckham, G.T. / DuBois, J.L. / McGeehan, J.E.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P011918/1 英国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC36-08GO28308 米国
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2021
タイトル: Engineering a Cytochrome P450 for Demethylation of Lignin-Derived Aromatic Aldehydes.
著者: Ellis, E.S. / Hinchen, D.J. / Bleem, A. / Bu, L. / Mallinson, S.J.B. / Allen, M.D. / Streit, B.R. / Machovina, M.M. / Doolin, Q.V. / Michener, W.E. / Johnson, C.W. / Knott, B.C. / Beckham, G. ...著者: Ellis, E.S. / Hinchen, D.J. / Bleem, A. / Bu, L. / Mallinson, S.J.B. / Allen, M.D. / Streit, B.R. / Machovina, M.M. / Doolin, Q.V. / Michener, W.E. / Johnson, C.W. / Knott, B.C. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E. / DuBois, J.L.
履歴
登録2020年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aromatic O-demethylase, cytochrome P450 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2073
ポリマ－45,4391
非ポリマー7692
水8,809489
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Correlates to 5NCB, which was confirmed as monomeric by SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.036, 104.036, 116.842
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-644-

HOH

21A-1013-

HOH

31A-1063-

HOH

41A-1067-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Aromatic O-demethylase, cytochrome P450 subunit


分子量: 45438.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis sp. (strain ATCC 39116 / 75iv2) (バクテリア)
株: ATCC 39116 / 75iv2 / 遺伝子: gcoA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta II
参照: UniProt: P0DPQ7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P0DPQ7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-V55 / 4-hydroxy-3-methoxybenzaldehyde / p-vanillin / バニリン


分子量: 152.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Na Malonate, HEPES, p-vanillin

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→52.02 Å / Num. obs: 83956 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.52
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / Rmerge(I) obs: 1.118 / Num. unique obs: 8286 / CC1/2: 0.898

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NCB

5ncb


解像度: 1.6→52.02 Å / SU ML: 0.2075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.8354
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2264 4143 4.93 %
Rwork0.1976 79813 -
obs0.199 84749 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→52.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3113 0 54 489 3656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00583317
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91474560
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0504481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1461460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.620.39461440.38242515X-RAY DIFFRACTION95.48
1.62-1.640.35141380.3532562X-RAY DIFFRACTION97.37
1.64-1.660.32991350.34082570X-RAY DIFFRACTION96.85
1.66-1.680.31081530.33892565X-RAY DIFFRACTION97.42
1.68-1.70.35121380.33872574X-RAY DIFFRACTION97.84
1.7-1.720.36341460.31872614X-RAY DIFFRACTION98.15
1.72-1.750.35041370.30522599X-RAY DIFFRACTION98.59
1.75-1.770.31821400.29762603X-RAY DIFFRACTION98.24
1.77-1.80.34231460.27692618X-RAY DIFFRACTION98.4
1.8-1.830.321430.27262611X-RAY DIFFRACTION98.85
1.83-1.860.33781240.27182661X-RAY DIFFRACTION98.34
1.86-1.90.31781340.25022610X-RAY DIFFRACTION99.06
1.9-1.930.25191310.24142644X-RAY DIFFRACTION99.21
1.93-1.970.25761220.23772678X-RAY DIFFRACTION99.26
1.97-2.020.2651260.22712659X-RAY DIFFRACTION99.5
2.02-2.060.25531510.22532623X-RAY DIFFRACTION99.36
2.06-2.110.2561430.22262686X-RAY DIFFRACTION99.44
2.11-2.170.26921210.21722667X-RAY DIFFRACTION99.54
2.17-2.240.2321210.21012663X-RAY DIFFRACTION99.46
2.24-2.310.27161400.20262682X-RAY DIFFRACTION99.72
2.31-2.390.24751220.2032691X-RAY DIFFRACTION99.5
2.39-2.490.2211500.20212683X-RAY DIFFRACTION99.82
2.49-2.60.22231310.1992697X-RAY DIFFRACTION99.89
2.6-2.740.24481240.21042713X-RAY DIFFRACTION99.86
2.74-2.910.24391360.20792707X-RAY DIFFRACTION99.86
2.91-3.130.21511430.19462725X-RAY DIFFRACTION99.93
3.13-3.450.21071510.1772713X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.940.16571430.14642758X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.970.14051460.132792X-RAY DIFFRACTION100
4.97-52.020.19821640.16412930X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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