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- PDB-5uhu: Solution conformation of cytochrome P450 MycG with mycinamicin IV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uhu
タイトルSolution conformation of cytochrome P450 MycG with mycinamicin IV bound
要素Mycinamicin IV hydroxylase/epoxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / antibiotic biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MYCINAMICIN IV / Mycinamicin IV hydroxylase/epoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora griseorubida (バクテリア)
手法溶液NMR
データ登録者Pochapsky, T.C. / Tietz, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM44191 米国
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Solution Conformations and Dynamics of Substrate-Bound Cytochrome P450 MycG.
著者: Tietz, D.R. / Podust, L.M. / Sherman, D.H. / Pochapsky, T.C.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2012
タイトル: Substrate recognition by the multifunctional cytochrome P450 MycG in mycinamicin hydroxylation and epoxidation reactions.
著者: Li, S. / Tietz, D.R. / Rutaganira, F.U. / Kells, P.M. / Anzai, Y. / Kato, F. / Pochapsky, T.C. / Sherman, D.H. / Podust, L.M.
履歴
登録2017年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycinamicin IV hydroxylase/epoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6983
ポリマ－44,3851
非ポリマー1,3122
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17220 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Mycinamicin IV hydroxylase/epoxidase / Cytochrome P450 MycG / Multifunctional P450 enzyme / Mycinamicin biosynthesis protein G


分子量: 44385.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora griseorubida (バクテリア)
遺伝子: mycG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NCM533
参照: UniProt: Q59523, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-MIV / MYCINAMICIN IV


分子量: 695.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H61NO11
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic1TROSY-semiTROSY
122anisotropic1TROSY-semiTROSY
133isotropic1TROSY-semiTROSY
144isotropic13D HNCA
154isotropic13D HN(CO)CA
164isotropic13D HN(CA)CB
174isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1500 uM [U-99% 15N] MycG, 1 mM MYCINAMICIN IV, 90% H2O/10% D2OLambda phage added for magnetic alignment15N_MycMIV_pf190% H2O/10% D2O
solution2500 uM [U-99% 15N] MycG, 1 mM MYCINAMICIN IV, 90% H2O/10% D2O5% pentaethylene glycol monododecyl ether (C12E5):n-hexanol (molar ratio 0.85) for magnetic alignment15N_MycMIV_c12e590% H2O/10% D2O
solution3250 uM [U-99% 15N] MycG, 1 mM MYCINAMICIN IV, 90% H2O/10% D2Oreference, unaligned15N_MycMIV_ref90% H2O/10% D2O
solution4250 uM [U-99% 13C; U-2H on carbon;U-99% 15N] MycG, 1 mM MYCINAMICIN IV, 90% H2O/10% D2O13C_15N_2H_MycMIV90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMMycG[U-99% 15N]1
1 mMMYCINAMICIN IVnone1
500 uMMycG[U-99% 15N]2
1 mMMYCINAMICIN IVnone2
250 uMMycG[U-99% 15N]3
1 mMMYCINAMICIN IVnone3
250 uMMycG[U-99% 13C; U-2H on carbon;U-99% 15N]4
1 mMMYCINAMICIN IVnone4
試料状態イオン強度: 200 mM / Ionic strength err: 0.1 / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardデータ解析
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollmanstructure calculation
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 1200 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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