PDB-6yc7: Structure of adenylylated C. glutamicum GlnK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yc7

タイトル

Structure of adenylylated C. glutamicum GlnK

要素

PII protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PII / Corynebacteria / Nitrogen regulation / Post-translational modification / Adenylylation

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Grau, F.C. / Muller, Y.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of adenylylated and unadenylylated P II protein GlnK from Corynebacterium glutamicum.
著者: Grau, F.C. / Burkovski, A. / Muller, Y.A.

履歴

登録	2020年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yc7.cif.gz	308.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yc7.ent.gz	208.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yc7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6yc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6yc7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6yc6C 6cy6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gie-2 1gup-1 3e44-d 1guq-1 1xd8-d 1gup-2 4d99-1 4hxe-d 1kc6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PII protein

B: PII protein

C: PII protein

D: PII protein

E: PII protein

F: PII protein

ヘテロ分子

75.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.444, 53.444, 179.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂
Space group name Hall	P3₂
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3

#1: タンパク質	PII protein 分子量: 12262.013 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 参照: UniProt: H7C694
#2: 化合物	ChemComp-A5O / ADENINE ARABINOSE-5'-PHOSPHATE / Ara-AMP タイプ: RNA linking / 分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗腫瘍剤, 抗ウイルス剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.06 M MgCl2, 0.06 M CaCl2, 0:1M MOPS pH 7.1, 0.1M HEPES pH 7.1, 15% (v/v) MPD, 15% (w/v) PEG 1000 and 15% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→22.97 Å / Num. obs: 53142 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 30.05 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.05774 / Net I/σ(I): 17.54
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / R_merge(I) obs: 1.079 / Num. unique obs: 5326 / CC_1/2: 0.634 / CC star: 0.881

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6CY6

6cy6

解像度: 1.8→22.97 Å / SU ML: 0.191 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.0505
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2225	1288	2.43 %
R_work	0.1879	51808	-
obs	0.1888	53096	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→22.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4658	0	116	278	5052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	4825
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.977	6533
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0676	812
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	805
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.5163	1775

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.87	0.2951	139	0.2751	5772	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.87-1.96	0.2648	144	0.2319	5774	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.96-2.06	0.3093	135	0.2095	5791	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.06-2.19	0.2251	138	0.2018	5706	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.19-2.36	0.214	144	0.1895	5752	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.36-2.59	0.2197	138	0.2001	5770	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.6-2.97	0.2536	150	0.203	5827	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.97-3.74	0.2413	150	0.1815	5672	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.74-22.97	0.1815	150	0.1648	5744	X-RAY DIFFRACTION	99.39

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.266012355543	0.16683763778	0.220136439457	0.448443039914	0.244979645348	0.139679553198	-0.00492944302984	-0.129362629333	-0.0241841477255	0.103986390203	0.116075083171	-0.042623256224	0.0558826947481	0.267370500343	0.000397344878186	0.255840055172	0.0202664482419	0.022441237094	0.272055410387	-0.00524686632279	0.239117119858	-11.6134791713	-12.8885872786	14.7017896512
2	0.440540733488	-0.0957191144142	0.187306972239	2.49279746163	0.347162619991	0.149213637473	-0.443986121186	-0.876116585832	0.256473946705	0.943470615611	0.399294521814	-0.583631317495	0.496442141667	1.31851587524	0.206567087235	0.439018243879	0.134701135801	-0.121931583738	0.616096391707	-0.00755560253062	0.393195776925	-2.91058553007	-15.7327169663	23.9703462723
3	0.592128890575	0.0392627309353	-0.832656324541	0.0679789541256	-0.116200740381	1.29789446722	-0.0349456355864	0.148309351695	0.263361041262	1.06723923687	0.660502065628	-0.516966525984	-1.52276127763	0.407493989972	0.018589430623	0.493185261549	-0.0380887509514	0.0403923590126	0.700741326692	0.022952282628	0.529598921982	-0.544495467286	-9.56336912547	16.8426540311
4	0.145753142523	-0.140628225068	-0.0103092423529	0.330568496351	0.0794961021133	0.0814837751212	-0.200449721479	-0.521189102337	0.209195029408	0.0689675691346	0.103610166641	-0.0468834982729	0.703365551879	0.215392649492	0.00119626167446	0.370442989579	-0.0111571648421	0.041640760261	0.412648490739	-0.0227530879966	0.262866646365	-15.689912943	-7.30498942035	24.626116036
5	0.511298025965	0.364204842463	-0.454263157785	0.262118634341	-0.256690385824	0.412080353756	-0.374057196055	-0.168578205251	-0.580855026681	-0.131128372488	-0.110179013335	0.394912556805	0.812073267358	-1.04667880725	-0.00541731567923	0.496621574426	0.0457646361194	0.115606711536	0.884496407764	-0.0129339434448	0.845705646971	-35.6971641788	-7.27718549313	32.141425617
6	0.2829314158	-0.189616715111	-0.0287260947439	0.495748664383	0.415777641776	0.124501006183	-0.012119972646	-0.335879968919	-0.180672449892	0.117546943017	-0.111215133876	0.0327493135641	0.0969048081046	0.395034557526	-0.000317383398064	0.311619054201	0.0620742639669	0.0320652055653	0.361339810961	-0.00853970953883	0.241733868691	-11.6779791468	-10.898732923	18.8109166957
7	1.31608921316	0.418092050268	0.501550650138	0.802575221572	0.544720195934	0.58876597029	-0.127272487426	-0.0486188284799	-0.221766419609	-0.0444794162914	-0.0342413013048	-0.095195937019	0.264875256757	0.417461531634	-0.0567802656856	0.234710986069	0.104932853966	0.0106937565854	0.267956972187	0.0130614171867	0.241511290824	-5.56832043937	-19.7534807824	13.0754795184
8	0.412631555114	0.207407131498	0.0363883974719	0.214104746454	0.251520984317	0.789959277304	0.198988230048	-0.102158654376	-0.228418264854	0.615913179429	-0.204486106657	0.592211496726	0.340739219363	0.533686502769	-0.0232723674814	0.584698291109	0.0639291066162	0.0953512893984	0.33488680844	0.125401953817	0.438832384176	-15.5488081306	-24.6298797055	25.1836157884
9	0.00066760030046	0.0717176770359	0.0558519511027	0.0277234489434	0.0906453227553	0.0880016607933	-0.0769091561455	-0.132721711919	-0.0255151479911	-0.22801455511	0.200792951024	0.219515313995	0.41914139524	-0.0429546071574	4.12674035936E-5	0.238566717601	0.0104987599033	0.0553436729728	0.255512517898	-0.00396754945459	0.250958766871	-14.8436478605	-14.4170012259	10.5940531812
10	1.01701440819	-0.632970518355	0.232406266553	0.680603148534	0.231961972473	2.55655985467	0.154793541491	-0.0033779712217	-0.120930784357	-0.127142613736	0.288768113732	-0.410968102135	-0.147581360274	0.284281419453	0.443659136059	0.219369946152	-0.0214183973627	0.0534935353376	0.265900901346	-0.0794553238314	0.312882254843	-1.89490294379	-0.138630450809	5.39666097913
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32	-0.0150617910801	-0.0197744372925	-0.00979872031555	0.00668147033424	0.0198820201351	0.0941249196381	0.0724043513945	0.147077316679	0.312038403081	0.318304056169	-0.0163857264462	0.205471844768	0.244565140259	0.231788612514	-0.0001605572867	0.24442691853	-0.0226911825903	-0.0264761850625	0.246344112953	-0.0517600077778	0.243230405808	-24.7231436064	5.34728261299	52.2812458433
33	0.588036957269	0.264964102661	0.0881883657267	0.421028097532	0.562635228605	0.427315482039	0.138323881719	-0.113368492745	0.318693028348	0.153643608109	-0.252462944928	0.196174073403	-0.332012690412	-0.0412862200203	1.81958834127E-5	0.310117350841	0.00277235201619	-0.0318094363004	0.229132497563	0.00371730621419	0.351716763427	-18.1379898296	23.3512002064	47.4967964998

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 9 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 23 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 24 through 28 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 29 through 35 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 36 through 55 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 56 through 66 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 67 through 81 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 82 through 89 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 90 through 95 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 96 through 112 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 35 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 36 through 55 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 56 through 95 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 96 through 112 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 95 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 96 through 112 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 35 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 36 through 55 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 56 through 81 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 82 through 89 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 90 through 112 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 1 through 35 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 36 through 55 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 56 through 95 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 96 through 112 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 1 through 22 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 23 through 28 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 29 through 55 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 56 through 66 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 67 through 81 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 82 through 89 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 90 through 95 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 96 through 112 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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