+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yc6 | ||||||
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Title | Structure of C. glutamicum GlnK | ||||||
Components | PII protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / PII / Corynebacteria / Nitrogen regulation | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Corynebacterium glutamicum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Grau, F.C. / Muller, Y.A. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2021 Title: Crystal structures of adenylylated and unadenylylated P II protein GlnK from Corynebacterium glutamicum. Authors: Grau, F.C. / Burkovski, A. / Muller, Y.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yc6.cif.gz | 236.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6yc6.ent.gz | 161.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6yc6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6yc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6yc6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6yc7C 3bzqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13063.007 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium glutamicum (bacteria) / Gene: glnB / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: H7C694 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.7 Å3/Da / Density % sol: 66.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 2:0M ammonium sulfate, 5% (v/v) 2-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→48.16 Å / Num. obs: 30720 / % possible obs: 99.93 % / Redundancy: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 48.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1015 / Net I/σ(I): 15.34 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.279 Å / Redundancy: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 1.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 2999 / CC1/2: 0.458 / CC star: 0.793 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3BZQ Resolution: 2.2→48.16 Å / SU ML: 0.242 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.3382
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→48.16 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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