[日本語] English
万見
- PDB-6yb9: Human octameric PAICS in complex with SAICAR, AMP-PNP, and magnesium -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yb9
タイトルHuman octameric PAICS in complex with SAICAR, AMP-PNP, and magnesium
要素Multifunctional protein ADE2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / de novo purine biosynthesis / nucleotide metabolism / cancer target
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / 5-amino-4-imidazole carboxylate lyase activity / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase activity / purine nucleobase biosynthetic process / 'de novo' XMP biosynthetic process / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / 'de novo' AMP biosynthetic process / GMP biosynthetic process ...phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / 5-amino-4-imidazole carboxylate lyase activity / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase activity / purine nucleobase biosynthetic process / 'de novo' XMP biosynthetic process / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / 'de novo' AMP biosynthetic process / GMP biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / cadherin binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Class II PurE / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / SAICAR synthetase / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 ...Class II PurE / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / SAICAR synthetase / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-OK8 / Bifunctional phosphoribosylaminoimidazole carboxylase/phosphoribosylaminoimidazole succinocarboxamide synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.406 Å
データ登録者Skerlova, J. / Unterlass, J. / Gottmann, M. / Homan, E. / Helleday, T. / Jemth, A.S. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, European Union, チェコ, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
European Research Council (ERC)695376European Union
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)CZ.02.2.69/0.0/0.0/16_027/0008477 チェコ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of human PAICS reveal substrate and product binding of an emerging cancer target.
著者: Skerlova, J. / Unterlass, J. / Gottmann, M. / Marttila, P. / Homan, E. / Helleday, T. / Jemth, A.S. / Stenmark, P.
履歴
登録2020年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Multifunctional protein ADE2
B: Multifunctional protein ADE2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,66116
ポリマ－94,2702
非ポリマー2,39114
水5,152286
1
A: Multifunctional protein ADE2
B: Multifunctional protein ADE2
ヘテロ分子

A: Multifunctional protein ADE2
B: Multifunctional protein ADE2
ヘテロ分子

A: Multifunctional protein ADE2
B: Multifunctional protein ADE2
ヘテロ分子

A: Multifunctional protein ADE2
B: Multifunctional protein ADE2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,64364
ポリマ－377,0818
非ポリマー9,56256
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area55070 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area118610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.263, 154.019, 223.624
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 425 / Label seq-ID: 7 - 425

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Multifunctional protein ADE2


分子量: 47135.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAICS, ADE2, AIRC, PAIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P22234, phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

-
非ポリマー , 5種, 300分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-OK8 / (2~{S})-2-[[5-azanyl-1-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]imidazol-4-yl]car bonylamino]butanedioic acid / SAICAR / SAICAR


分子量: 454.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N4O12P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6 mg/ml PAICS with 5 mM SAICAR, 5 mM AMP-PNP, and 10 mM MgCl2; 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M ...詳細: 6 mg/ml PAICS with 5 mM SAICAR, 5 mM AMP-PNP, and 10 mM MgCl2; 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium L-tartrate, and 0.02 M sodium oxamate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.406→47.33 Å / Num. obs: 41224 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.876 % / Biso Wilson estimate: 39.747 Å2 / CC1/2: 0.966 / Rmerge(I) obs: 0.336 / Rrim(I) all: 0.353 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 5.16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.406-2.5510.8631.0491.8265310.7241.198.7
2.55-2.7310.9280.8242.462350.8340.86499.9
2.73-2.9410.8310.6153.2857930.8860.64599.9
2.94-3.2210.8280.4584.3553910.9220.48199.8
3.22-3.611.0710.3366.2648610.9590.35299.7
3.6-4.1611.0580.278.3142890.9510.28399.1
4.16-5.0810.9480.2479.5336490.9590.25998.5
5.08-7.1410.7260.258.6828310.9540.26397.4
7.14-47.3310.1020.21410.8416440.9630.22594.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0232精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2h31

2h31


解像度: 2.406→47.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU R Cruickshank DPI: 0.3412 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.237
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2293 2061 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.1796 39161 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 144.47 Å2 / Biso mean: 39.167 Å2 / Biso min: 19.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2--2.78 Å20 Å2
3----2.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.406→47.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6528 0 150 286 6964
Biso mean--48.59 38.72 -
残基数----838
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0136808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0176374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5851.6519220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3281.58114868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.275836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6323.419310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.315151208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6151532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.021320
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12954 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.406→2.468 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 146 -
Rwork0.279 2788 -
obs--97.22 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る