PDB-6yb4: Crystal structure of human ATAD2 bromodomain in complex with N-(4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yb4

タイトル

Crystal structure of human ATAD2 bromodomain in complex with N-(4-bromo-3-(3-methylpyrrolidin-1-yl)sulfonyl)phenyl)-2-(-4-cyclopropyl-4-methyl-2,5-dioxoimidazolidin-1-yl)acetamide

要素

ATPase family AAA domain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / ATAD2 / BROMODOMAIN / EPIGENETICS / ATPase family AAA domain-containing protein 2

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleosome disassembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Optimization of Potent ATAD2 and CECR2 Bromodomain Inhibitors with an Atypical Binding Mode.
著者: Lucas, S.C.C. / Atkinson, S.J. / Bamborough, P. / Barnett, H. / Chung, C.W. / Gordon, L. / Mitchell, D.J. / Phillipou, A. / Prinjha, R.K. / Sheppard, R.J. / Tomkinson, N.C.O. / Watson, R.J. / Demont, E.H.

履歴

登録	2020年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年6月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yb4.cif.gz	51.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yb4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yb4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yb4_validation.pdf.gz	824.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yb4_full_validation.pdf.gz	825.3 KB	表示
XML形式データ	6yb4_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	6yb4_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6yb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6yb4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5a5q-d 4tz8-d 5a5n-d 6s57-d 5a5p-d 3dai-d 5a83-d 3lxj-4 6s55-d 6hib-d 5lj0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (4) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (4)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (4)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (4)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: ATPase family AAA domain-containing protein 2

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.407, 79.407, 137.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1307- HOH
2	1	AAA-1308- HOH
3	1	AAA-1510- HOH

#1: タンパク質	ATPase family AAA domain-containing protein 2 / AAA nuclear coregulator cancer-associated protein / ANCCA 分子量: 15453.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATAD2, L16, PRO2000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PL18, EC: 3.6.1.3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-OJH / ~{N}-[4-bromanyl-3-[(3~{S})-3-methylpyrrolidin-1-yl]sulfonyl-phenyl]-2-[(4~{R})-4-cyclopropyl-4-methyl-2,5-bis(oxidanylidene)imidazolidin-1-yl]ethanamide 分子量: 513.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₅BrN₄O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.73 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M trisHCl pH 7.0-8.0, 1.2-1.5M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→68.77 Å / Num. obs: 22564 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 18.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 20.7
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / R_merge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique obs: 3215 / CC_1/2: 0.961

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.85→68.768 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.27 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2152	1120	4.97 %
R_work	0.1902	-	-
all	0.191	-	-
obs	-	22534	99.194 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.141 Å²	0.07 Å²	-0 Å²
2-	-	0.141 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.457 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→68.768 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1084	0	53	222	1359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.178	1.671	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.228	1.621	2599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.427	5	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.184	20.875	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.759	15	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.97	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	251
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.118	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.082	3.719	530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.068	3.705	529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.064	8.343	664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.07	8.366	665
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.68	4.446	662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.324	4.442	662
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.868	9.667	948
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.865	9.674	949
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.614	37.142	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.611	37.131	1445

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.849-1.897	0.266	75	0.244	1551	0.245	1639	0.903	0.901	99.2068	0.211
1.897-1.949	0.246	67	0.232	1525	0.232	1599	0.899	0.908	99.5622	0.203
1.949-2.005	0.259	77	0.21	1463	0.213	1546	0.915	0.927	99.6119	0.183
2.005-2.067	0.226	83	0.201	1426	0.202	1512	0.929	0.944	99.8016	0.174
2.067-2.135	0.201	82	0.189	1378	0.19	1464	0.95	0.95	99.7268	0.16
2.135-2.209	0.201	74	0.191	1361	0.191	1437	0.955	0.95	99.8608	0.166
2.209-2.293	0.218	64	0.186	1160	0.188	1367	0.942	0.951	89.5391	0.162
2.293-2.386	0.22	56	0.192	1279	0.193	1336	0.945	0.949	99.9251	0.169
2.386-2.492	0.219	76	0.19	1206	0.192	1282	0.948	0.95	100	0.164
2.492-2.614	0.236	60	0.185	1150	0.188	1211	0.94	0.953	99.9174	0.166
2.614-2.755	0.21	65	0.181	1114	0.183	1179	0.951	0.951	100	0.166
2.755-2.922	0.265	59	0.189	1052	0.193	1111	0.919	0.948	100	0.175
2.922-3.123	0.237	52	0.182	999	0.184	1051	0.937	0.952	100	0.172
3.123-3.373	0.233	35	0.17	946	0.172	981	0.943	0.963	100	0.165
3.373-3.694	0.143	40	0.161	879	0.16	919	0.977	0.971	100	0.165
3.694-4.128	0.159	50	0.161	783	0.161	833	0.975	0.971	100	0.172
4.128-4.764	0.223	44	0.169	702	0.172	746	0.953	0.968	100	0.185
4.764-5.828	0.266	28	0.23	619	0.231	647	0.935	0.943	100	0.251
5.828-8.212	0.268	25	0.232	499	0.234	524	0.935	0.938	100	0.256
8.212-68.768	0.144	8	0.24	322	0.237	333	0.977	0.945	99.0991	0.286

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