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- PDB-6yb2: Crystal structure of a parallel hexameric coiled coil CC-Type2-(TaId)2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yb2
タイトルCrystal structure of a parallel hexameric coiled coil CC-Type2-(TaId)2
要素CC-Type2-(TaId)2
キーワードDE NOVO PROTEIN / alpha-helical barrel / de novo peptide / coiled coil / designed peptide / designed protein
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Scott, A.J. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/G036764/1 英国
European Research Council (ERC)340764 英国
European Research Council (ERC)787173 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J009784/1 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2021
タイトル: Constructing ion channels from water-soluble alpha-helical barrels.
著者: Scott, A.J. / Niitsu, A. / Kratochvil, H.T. / Lang, E.J.M. / Sengel, J.T. / Dawson, W.M. / Mahendran, K.R. / Mravic, M. / Thomson, A.R. / Brady, R.L. / Liu, L. / Mulholland, A.J. / Bayley, H. ...著者: Scott, A.J. / Niitsu, A. / Kratochvil, H.T. / Lang, E.J.M. / Sengel, J.T. / Dawson, W.M. / Mahendran, K.R. / Mravic, M. / Thomson, A.R. / Brady, R.L. / Liu, L. / Mulholland, A.J. / Bayley, H. / DeGrado, W.F. / Wallace, M.I. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2020年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-Type2-(TaId)2
B: CC-Type2-(TaId)2
C: CC-Type2-(TaId)2
D: CC-Type2-(TaId)2
E: CC-Type2-(TaId)2
F: CC-Type2-(TaId)2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4498
ポリマ－19,2656
非ポリマー1842
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10740 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area9070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.010, 55.990, 90.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 8 or (resid 9...
21(chain B and (resid 1 through 8 or (resid 9...
31(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...
41(chain D and (resid 1 through 7 or (resid 8...
51(chain E and (resid 1 through 8 or (resid 9...
61(chain F and (resid 1 through 7 or (resid 8...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLYSLYS(chain A and (resid 1 through 8 or (resid 9...AA1 - 82 - 9
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 1 through 8 or (resid 9...AA910
13ACEACENH2NH2(chain A and (resid 1 through 8 or (resid 9...AA0 - 311 - 32
14ACEACENH2NH2(chain A and (resid 1 through 8 or (resid 9...AA0 - 311 - 32
21GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 1 through 8 or (resid 9...BB1 - 82 - 9
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 1 through 8 or (resid 9...BB910
23ACEACENH2NH2(chain B and (resid 1 through 8 or (resid 9...BB0 - 311 - 32
24ACEACENH2NH2(chain B and (resid 1 through 8 or (resid 9...BB0 - 311 - 32
31GLYGLYLEULEU(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...CC1 - 72 - 8
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...CC89
33ACEACENH2NH2(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...CC0 - 311 - 32
34ACEACENH2NH2(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...CC0 - 311 - 32
35ACEACENH2NH2(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...CC0 - 311 - 32
36ACEACENH2NH2(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...CC0 - 311 - 32
37ACEACENH2NH2(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...CC0 - 311 - 32
38ACEACENH2NH2(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...CC0 - 311 - 32
41GLYGLYLEULEU(chain D and (resid 1 through 7 or (resid 8...DD1 - 72 - 8
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 1 through 7 or (resid 8...DD89
43ACEACENH2NH2(chain D and (resid 1 through 7 or (resid 8...DD0 - 311 - 32
44ACEACENH2NH2(chain D and (resid 1 through 7 or (resid 8...DD0 - 311 - 32
45ACEACENH2NH2(chain D and (resid 1 through 7 or (resid 8...DD0 - 311 - 32
46ACEACENH2NH2(chain D and (resid 1 through 7 or (resid 8...DD0 - 311 - 32
47ACEACENH2NH2(chain D and (resid 1 through 7 or (resid 8...DD0 - 311 - 32
48ACEACENH2NH2(chain D and (resid 1 through 7 or (resid 8...DD0 - 311 - 32
51GLYGLYLYSLYS(chain E and (resid 1 through 8 or (resid 9...EE1 - 82 - 9
52GLUGLUGLUGLU(chain E and (resid 1 through 8 or (resid 9...EE910
53ACEACENH2NH2(chain E and (resid 1 through 8 or (resid 9...EE0 - 311 - 32
54ACEACENH2NH2(chain E and (resid 1 through 8 or (resid 9...EE0 - 311 - 32
61GLYGLYLEULEU(chain F and (resid 1 through 7 or (resid 8...FF1 - 72 - 8
62LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 1 through 7 or (resid 8...FF89
63ACEACENH2NH2(chain F and (resid 1 through 7 or (resid 8...FF0 - 311 - 32
64ACEACENH2NH2(chain F and (resid 1 through 7 or (resid 8...FF0 - 311 - 32
65ACEACENH2NH2(chain F and (resid 1 through 7 or (resid 8...FF0 - 311 - 32
66ACEACENH2NH2(chain F and (resid 1 through 7 or (resid 8...FF0 - 311 - 32
67ACEACENH2NH2(chain F and (resid 1 through 7 or (resid 8...FF0 - 311 - 32

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
CC-Type2-(TaId)2


分子量: 3210.763 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris, 40% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.94999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→23.817 Å / Num. obs: 52714 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 17.1047993446 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0707 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.18→1.2 Å / Rmerge(I) obs: 1.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 21633 / CC1/2: 0.631 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Parametric Model

解像度: 1.18→23.8166039108 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1911 2610 4.96 %
Rwork0.1593 --
obs0.1609 52639 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 290.66 Å2 / Biso mean: 29.3903 Å2 / Biso min: 12.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.18→23.8166039108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1344 0 28 141 1513
Biso mean--77 42.11 -
残基数----192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8762009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.101547
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A575X-RAY DIFFRACTION14.242TORSIONAL
12B575X-RAY DIFFRACTION14.242TORSIONAL
13C575X-RAY DIFFRACTION14.242TORSIONAL
14D575X-RAY DIFFRACTION14.242TORSIONAL
15E575X-RAY DIFFRACTION14.242TORSIONAL
16F575X-RAY DIFFRACTION14.242TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.18-1.20150.35651380.3474254999
1.2015-1.22460.3581140.3224260599
1.2246-1.24960.33321500.3024257199
1.2496-1.27680.2911380.262596100
1.2768-1.30650.27821350.23032620100
1.3065-1.33910.24971190.2022613100
1.3391-1.37530.20821130.17392615100
1.3753-1.41580.19281420.15092636100
1.4158-1.46150.18411370.1492585100
1.4615-1.51370.17851410.1491256198
1.5137-1.57430.19891310.13442627100
1.5743-1.64590.16121310.12172665100
1.6459-1.73270.16061490.12082626100
1.7327-1.84120.17781360.14412637100
1.8412-1.98330.21111450.14882623100
1.9833-2.18280.17961450.13652662100
2.1828-2.49830.17131570.13992667100
2.4983-3.14650.17781290.14832739100
3.1465-23.81660391080.19151600.17352832100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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