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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yax | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CD32b (Fc Gamma Receptor IIb) in complex with Human IgG1 Fab fragment (5C05) | ||||||
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機能・相同性 | ![]() IgG binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fisher, H. / Tews, I. / Orr, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of CD32b (Fc Gamma Receptor IIb) in complex with Human IgG1 Fab fragment (5C05) 著者: Fisher, H. / Tews, I. / Orr, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 403 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5occS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB
#3: タンパク質 | 分子量: 20455.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-抗体 , 2種, 4分子 HHHIIIMMMLLL
#1: 抗体 | 分子量: 23210.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 22979.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
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#6: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
-非ポリマー , 3種, 280分子 ![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ![]() #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | ![]() #8: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.53 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M 1,2-propanediol, 0.2 M 2- propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol, 1.0 M tris (base), BICINE, 40% v/v PEG 500 MME, 20% w/v PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.8→47.86 Å / Num. obs: 41024 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / Num. unique obs: 3003 / CC1/2: 0.491 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5OCC 解像度: 2.8→47.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.927 / ESU R Free: 0.355 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.396 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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