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- PDB-6yax: Crystal structure of CD32b (Fc Gamma Receptor IIb) in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yax
タイトルCrystal structure of CD32b (Fc Gamma Receptor IIb) in complex with Human IgG1 Fab fragment (5C05)
要素
  • 5C05 F(ab) heavy chain
  • 5C05 F(ab) light chain
  • Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-c
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD32 CD32b Fc gamma receptor Fc gamma receptor II b Fab Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG receptor activity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / IgG binding / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / immune response / external side of plasma membrane / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-c
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fisher, H. / Tews, I. / Orr, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKS_3591 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CD32b (Fc Gamma Receptor IIb) in complex with Human IgG1 Fab fragment (5C05)
著者: Fisher, H. / Tews, I. / Orr, C.
履歴
登録2020年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
HHH: 5C05 F(ab) heavy chain
MMM: 5C05 F(ab) light chain
AAA: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-c
LLL: 5C05 F(ab) light chain
III: 5C05 F(ab) heavy chain
BBB: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,41811
ポリマ－133,2926
非ポリマー1,1265
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10990 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area51360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.728, 95.728, 186.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#3: タンパク質 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-c / IgG Fc receptor II-c / CDw32 / Fc-gamma RII-c / FcRII-c


分子量: 20455.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGR2C, CD32, FCG2, IGFR2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31995

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抗体 , 2種, 4分子 HHHIIIMMMLLL

#1: 抗体 5C05 F(ab) heavy chain


分子量: 23210.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 5C05 F(ab) light chain


分子量: 22979.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 280分子

#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M 1,2-propanediol, 0.2 M 2- propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol, 1.0 M tris (base), BICINE, 40% v/v PEG 500 MME, 20% w/v PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.86 Å / Num. obs: 41024 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Num. unique obs: 3003 / CC1/2: 0.491

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OCC

5occ


解像度: 2.8→47.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.927 / ESU R Free: 0.355 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 1971 4.812 %
Rwork0.2299 --
all0.232 --
obs-40956 99.555 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 70.396 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.214 Å20 Å20 Å2
2--0.214 Å20 Å2
3----0.427 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8293 0 74 277 8644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0138609
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0177564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3831.6511734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4271.57617664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.55451083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.87723.485373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.811151279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7861527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.21142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.21376
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2210.27050
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.23917
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.23681
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1260.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2310.224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.230.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2530.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0427.6754370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0427.6754369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.76811.4825431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.76811.4825432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1877.8044239
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1877.8054240
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.04111.6386300
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0411.6386301
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.21586.788799
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.21586.7788800
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.8-2.8720.3671440.33428020.33630200.7280.72497.54970.328
2.872-2.950.3761470.3328090.33329570.7550.76799.96620.316
2.95-3.0360.3191470.30426990.30428500.7890.80699.85960.292
3.036-3.1290.321500.29326330.29427830.8260.8291000.273
3.129-3.2310.336940.2826160.28227100.8010.8421000.258
3.231-3.3440.2981140.26424920.26626060.8590.8741000.242
3.344-3.4690.2941400.25424020.25625430.870.88499.96070.232
3.469-3.610.3181180.25122840.25424030.8550.87999.95840.23
3.61-3.770.2951210.27422150.27523540.8770.8799.23530.245
3.77-3.9520.2741120.22521010.22822190.8970.91999.72960.209
3.952-4.1650.249980.220340.20221320.9230.9391000.187
4.165-4.4150.2291090.19118830.19319920.9210.9381000.181
4.415-4.7170.198820.17218130.17318970.9490.95899.89460.167
4.717-5.0910.201780.17316650.17517600.9530.95499.03410.172
5.091-5.5710.257890.19415030.19816400.9180.93597.07320.193
5.571-6.2180.249540.20814120.20914660.9170.9341000.203
6.218-7.1590.21590.21112450.21113040.9270.9331000.21
7.159-8.720.304480.20810680.21111160.8760.9231000.213
8.72-12.1320.184460.2018180.28640.9440.9531000.21
12.132-47.8640.25210.3134900.3115150.9110.89899.22330.384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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