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万見
- PDB-6yaw: Crystal structure of human GSTA1-1 bound to the glutathione adduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yaw
タイトルCrystal structure of human GSTA1-1 bound to the glutathione adduct of cinnamaldehyde
要素Glutathione S-transferase A1
キーワードTRANSFERASE / glutathione transferase / detoxification / metabolism / olfaction
機能・相同性
機能・相同性情報


異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / glutathione derivative biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / steroid Delta-isomerase activity / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / Azathioprine ADME / Heme degradation / prostaglandin metabolic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes ...異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / glutathione derivative biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / steroid Delta-isomerase activity / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / Azathioprine ADME / Heme degradation / prostaglandin metabolic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / glutathione transferase / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / epithelial cell differentiation / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / fatty acid binding / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, alpha class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, alpha class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P9H / Glutathione S-transferase A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Schwartz, M. / Neiers, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-16-CE21-0004 フランス
引用ジャーナル: Chem.Senses / 年: 2020
タイトル: Interactions Between Odorants and Glutathione Transferases in the Human Olfactory Cleft.
著者: Schwartz, M. / Menetrier, F. / Heydel, J.M. / Chavanne, E. / Faure, P. / Labrousse, M. / Lirussi, F. / Canon, F. / Mannervik, B. / Briand, L. / Neiers, F.
履歴
登録2020年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase A1
B: Glutathione S-transferase A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4036
ポリマ－51,3402
非ポリマー1,0634
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.783, 94.199, 51.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.113, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-449-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase A1 / 13-hydroperoxyoctadecadienoate peroxidase / Androst-5-ene-3 / 17-dione isomerase / GST HA subunit 1 ...13-hydroperoxyoctadecadienoate peroxidase / Androst-5-ene-3 / 17-dione isomerase / GST HA subunit 1 / GST class-alpha member 1 / GST-epsilon / GSTA1-1 / GTH1


分子量: 25670.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08263, glutathione transferase, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ, 異性化酵素; ...参照: UniProt: P08263, glutathione transferase, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位
#2: 化合物 ChemComp-P9H / (2~{S})-2-azanyl-5-[[(2~{R})-1-(2-hydroxy-2-oxoethylamino)-1-oxidanylidene-3-[(1~{R})-3-oxidanylidene-1-phenyl-propyl]sulfanyl-propan-2-yl]amino]-5-oxidanylidene-pentanoic acid / Glutathionyl-cinnamaldehyde


分子量: 439.483 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25N3O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Tris-HCl 0.1M pH 7.5, PEG4000 18%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→47.1 Å / Num. obs: 24071 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 39.24 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.19→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.756 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1880 / CC1/2: 0.9 / Rpim(I) all: 0.318 / Rrim(I) all: 0.822

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
PHENIX1.17_3644精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K3O

1k3o


解像度: 2.19→47.1 Å / SU ML: 0.3255 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.3505
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 1138 4.74 %
Rwork0.1937 --
obs0.1964 24002 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→47.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3554 0 72 137 3763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00863694
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94914957
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0534542
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8981483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.290.36091010.28052701X-RAY DIFFRACTION91.72
2.29-2.410.34211300.25012850X-RAY DIFFRACTION98.41
2.41-2.570.28371510.22912856X-RAY DIFFRACTION98.98
2.57-2.760.31861480.22062846X-RAY DIFFRACTION99.01
2.76-3.040.29721500.2212878X-RAY DIFFRACTION99.28
3.04-3.480.27471620.20552875X-RAY DIFFRACTION99.38
3.48-4.390.19811490.1662904X-RAY DIFFRACTION99.77
4.39-47.10.2091470.1662954X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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