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- PDB-6yat: Crystal structure of STK4 (MST1) in complex with compound 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yat
タイトルCrystal structure of STK4 (MST1) in complex with compound 6
要素Serine/threonine-protein kinase 4
キーワードTRANSFERASE / kinase / kinase inhibitor / MST1 / STK4 / hippo pathway / chemical probe / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hepatocyte apoptotic process / regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling ...positive regulation of hepatocyte apoptotic process / regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling / Signaling by Hippo / organ growth / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of fat cell differentiation / hepatocyte apoptotic process / regulation of MAPK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / canonical Wnt signaling pathway / keratinocyte differentiation / epithelial cell proliferation / protein serine/threonine kinase activator activity / central nervous system development / protein tetramerization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / protein import into nucleus / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of protein binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nuclear body / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / : / p53-like tetramerisation domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain ...Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / : / p53-like tetramerisation domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3FX / Chem-OJ5 / Serine/threonine-protein kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Bata, N. / Limpert, A.S. / Lambert, L.J. / Bakas, N.A. / Cosford, N.D.P. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Inhibitors of the Hippo Pathway Kinases STK3/MST2 and STK4/MST1 Have Utility for the Treatment of Acute Myeloid Leukemia.
著者: Bata, N. / Chaikuad, A. / Bakas, N.A. / Limpert, A.S. / Lambert, L.J. / Sheffler, D.J. / Berger, L.M. / Liu, G. / Yuan, C. / Wang, L. / Peng, Y. / Dong, J. / Celeridad, M. / Layng, F. / ...著者: Bata, N. / Chaikuad, A. / Bakas, N.A. / Limpert, A.S. / Lambert, L.J. / Sheffler, D.J. / Berger, L.M. / Liu, G. / Yuan, C. / Wang, L. / Peng, Y. / Dong, J. / Celeridad, M. / Layng, F. / Knapp, S. / Cosford, N.D.P.
履歴
登録2020年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 4
B: Serine/threonine-protein kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,13512
ポリマ－71,6242
非ポリマー1,51210
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area26450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)111.680, 111.680, 171.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 29 - 306 / Label seq-ID: 30 - 307

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 4 / Mammalian STE20-like protein kinase 1 / MST-1 / STE20-like kinase MST1 / Serine/threonine-protein kinase Krs-2


分子量: 35811.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK4, KRS2, MST1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2
参照: UniProt: Q13043, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-3FX / (2R)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxypropane-1-sulfonic acid


分子量: 237.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO4S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-OJ5 / 4-[5-(3-chlorophenyl)-7~{H}-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl]morpholine


分子量: 314.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15ClN4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.05 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 11
詳細: 0.6 M ammonium sulfate, 0.1 M lithium sulfate and 0.1 M CAPS, pH 11.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→48 Å / Num. obs: 34920 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.58-2.728.10.93550130.8240.3741.07100
8.16-47.956.70.04412490.9970.0180.04899.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3com

3com


解像度: 2.58→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 20.544 / SU ML: 0.215 / SU R Cruickshank DPI: 0.3235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.25
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2585 1727 5 %RANDOM
Rwork0.2252 ---
obs0.2269 33129 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 194.23 Å2 / Biso mean: 90.644 Å2 / Biso min: 43.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.08 Å2-0 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4368 0 101 44 4513
Biso mean--93.67 62.29 -
残基数----567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134555
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0941.6426178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0691.5839831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3945564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.02723.3200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.30215760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3211520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02871
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8092 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 114 -
Rwork0.315 2424 -
all-2538 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45940.12890.17021.5726-0.16690.67640.2360.0243-0.0333-0.0608-0.1972-0.2429-0.1505-0.3375-0.03880.4650.05670.08210.36630.05230.052610.57514.214122.962
20.4763-0.2269-1.53522.24710.5128.76410.2206-0.18690.24650.90910.02180.35630.4683-0.0218-0.24240.9801-0.29560.59790.2585-0.01840.8158.44235.243939.1589
31.34061.7469-0.71432.947-0.31821.27470.1177-0.01010.39970.1916-0.11351.07860.1085-0.1233-0.00410.24680.0079-0.00060.0827-0.05510.872413.510237.156518.3739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 308
2X-RAY DIFFRACTION2B29 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3B97 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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