PDB-6yaj: Split gene transketolase, inactive beta4 tetramer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yaj

タイトル

Split gene transketolase, inactive beta4 tetramer

要素

C-terminal chain of split transketolase from Carboxydothermus hydrogenoformans

キーワード

TRANSFERASE / Hyperthermophilic / split-gene transketolase / thermal stability / industrial applications

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. / James, P.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2020
タイトル: A 'Split-Gene' Transketolase From the Hyper-Thermophilic Bacterium Carboxydothermus hydrogenoformans : Structure and Biochemical Characterization.
著者: James, P. / Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Sayer, C. / Cole, I.S. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	2020年3月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yaj.cif.gz	259.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yaj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yaj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/6yaj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/6yaj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yakC 1qgdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zq8-d 5i7o-d 1n15-d 4mh0-d 4bet-d 4ogc-d 2hj9-d 5i7h-d 2q1f-1 1nlf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.3707938 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: C-terminal chain of split transketolase from Carboxydothermus hydrogenoformans

BBB: C-terminal chain of split transketolase from Carboxydothermus hydrogenoformans

CCC: C-terminal chain of split transketolase from Carboxydothermus hydrogenoformans

DDD: C-terminal chain of split transketolase from Carboxydothermus hydrogenoformans

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.878, 101.878, 164.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains AAA BBB
2	2	Chains AAA CCC
3	3	Chains AAA DDD
4	4	Chains BBB CCC
5	5	Chains BBB DDD
6	6	Chains CCC DDD

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	C-terminal chain of split transketolase from Carboxydothermus hydrogenoformans 分子量: 36013.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: transketolase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→86.62 Å / Num. obs: 131289 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 6524 / CC_1/2: 0.339 / R_rim(I) all: 4.245

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1qgd

1qgd

解像度: 1.9→64.008 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 4.921 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	6613	5.041 %
R_work	0.1776	-	-
all	0.179	-	-
obs	-	131176	99.757 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.984 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.167 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.167 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.333 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→64.008 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9005	0	103	334	9442

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	9745
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.605	1.635	13258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.125	5	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.746	21.554	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.756	15	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.247	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7279
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	4321
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	6694
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.259	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.701	5.623	5012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.524	8.38	6291
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.1	6.28	4733
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.853	9.063	6887
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.015	106.506	40906
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.085	0.05	9532
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.088	0.05	9555
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.105	0.05	9509
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.09	0.05	9285
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.092	0.05	9290
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.097	0.05	9374

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.426	460	0.409	9213	0.41	9697	0.355	0.363	99.7525	0.404
1.949-2.003	0.377	517	0.377	8907	0.377	9478	0.504	0.496	99.4303	0.368
2.003-2.061	0.331	478	0.334	8684	0.334	9166	0.626	0.634	99.9564	0.31
2.061-2.124	0.334	421	0.296	8508	0.298	8956	0.74	0.755	99.6985	0.269
2.124-2.194	0.269	459	0.272	8167	0.272	8637	0.84	0.829	99.8726	0.242
2.194-2.271	0.292	408	0.245	7964	0.247	8391	0.863	0.881	99.7736	0.212
2.271-2.356	0.273	384	0.239	7665	0.24	8074	0.896	0.904	99.6904	0.201
2.356-2.452	0.284	372	0.223	7393	0.225	7776	0.91	0.928	99.8585	0.184
2.452-2.561	0.227	405	0.202	7050	0.204	7470	0.935	0.941	99.7992	0.166
2.561-2.686	0.26	341	0.203	6799	0.206	7143	0.925	0.945	99.958	0.17
2.686-2.831	0.245	369	0.192	6423	0.195	6801	0.939	0.953	99.8677	0.164
2.831-3.002	0.222	353	0.193	6063	0.194	6418	0.95	0.957	99.9688	0.171
3.002-3.209	0.241	295	0.18	5751	0.183	6048	0.942	0.96	99.9669	0.165
3.209-3.466	0.216	243	0.171	5363	0.173	5611	0.957	0.967	99.9109	0.166
3.466-3.795	0.177	235	0.154	4971	0.155	5209	0.97	0.976	99.9424	0.155
3.795-4.241	0.173	254	0.133	4424	0.135	4689	0.974	0.981	99.7654	0.141
4.241-4.894	0.148	222	0.119	3896	0.12	4139	0.981	0.984	99.4926	0.133
4.894-5.985	0.158	174	0.141	3319	0.142	3517	0.974	0.977	99.3176	0.158
5.985-8.427	0.159	146	0.149	2568	0.15	2735	0.973	0.977	99.2322	0.17
8.427-64.008	0.195	77	0.173	1435	0.174	1536	0.967	0.972	98.4375	0.206

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