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万見
- PDB-6yaa: Structure of the (SR) Ca2+-ATPase bound to the inhibitor compound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yaa
タイトルStructure of the (SR) Ca2+-ATPase bound to the inhibitor compound CAD204520 and TNP-ATP
要素Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
キーワードHYDROLASE / P-TYPE ATPASE / INHIBITORY COMPLEX / CALCIUM-TRANSPORTING ATPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity ...positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / sarcoplasmic reticulum membrane / sarcoplasmic reticulum / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) ...P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-128 / : / Chem-OHW / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Heit, S. / Marchesini, M. / Gherli, A. / Montanaro, A. / Patrizi, L. / Sorrentino, C. / Pagliaro, L. / Rompietti, C. / Kitara, S. / Olesen, C.E. ...Heit, S. / Marchesini, M. / Gherli, A. / Montanaro, A. / Patrizi, L. / Sorrentino, C. / Pagliaro, L. / Rompietti, C. / Kitara, S. / Olesen, C.E. / Moller, J.V. / Savi, M. / Bocchi, L. / Vilella, R. / Rizzi, F. / Baglione, M. / Rastelli, G. / Loiacona, C. / La Starza, R. / Mecucci, C. / Stegmair, K. / Aversa, F. / Stilli, D. / Lund Winther, A.M. / Sportoletti, P. / Dalby-Brown, W. / Roti, G. / Bublitz, M.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Blockade of Oncogenic NOTCH1 with the SERCA Inhibitor CAD204520 in T Cell Acute Lymphoblastic Leukemia.
著者: Marchesini, M. / Gherli, A. / Montanaro, A. / Patrizi, L. / Sorrentino, C. / Pagliaro, L. / Rompietti, C. / Kitara, S. / Heit, S. / Olesen, C.E. / Moller, J.V. / Savi, M. / Bocchi, L. / ...著者: Marchesini, M. / Gherli, A. / Montanaro, A. / Patrizi, L. / Sorrentino, C. / Pagliaro, L. / Rompietti, C. / Kitara, S. / Heit, S. / Olesen, C.E. / Moller, J.V. / Savi, M. / Bocchi, L. / Vilella, R. / Rizzi, F. / Baglione, M. / Rastelli, G. / Loiacono, C. / La Starza, R. / Mecucci, C. / Stegmaier, K. / Aversa, F. / Stilli, D. / Lund Winther, A.M. / Sportoletti, P. / Bublitz, M. / Dalby-Brown, W. / Roti, G.
履歴
登録2020年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,7994
ポリマ－109,6031
非ポリマー1,1973
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area45390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.632, 71.632, 588.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 / SR Ca(2+)-ATPase 1 / Calcium pump 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / ...SR Ca(2+)-ATPase 1 / Calcium pump 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / fast twitch skeletal muscle isoform / Endoplasmic reticulum class 1/2 Ca(2+) ATPase


分子量: 109602.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: HIND LEG MUSCLE / 参照: UniProt: P04191, P-type Ca2+ transporter
#2: 化合物 ChemComp-128 / SPIRO(2,4,6-TRINITROBENZENE[1,2A]-2O',3O'-METHYLENE-ADENINE-TRIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 718.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N8O19P3
#3: 化合物 ChemComp-OHW / 4-[2-[(2~{R})-2-[3-propyl-6-(trifluoromethyloxy)-1~{H}-indol-2-yl]piperidin-1-yl]ethyl]morpholine / CAD204520


分子量: 439.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H32F3N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% glycerol, 14% PEG6000, 100 mM NaCl and 6% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→58.83 Å / Num. obs: 22672 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.6 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.4→3.67 Å / 冗長度: 32.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4468 / CC1/2: 0.652 / Rpim(I) all: 0.779 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.17.1精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4uu0

4uu0


解像度: 3.4→57.84 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 1138 5.05 %
Rwork0.2281 --
obs0.2295 22530 99.95 %
原子変位パラメータBiso mean: 118.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→57.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7671 0 78 0 7749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00287896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7210722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04331237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051364
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.16952937

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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