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- PDB-6y9e: Crystal structure of putative ancestral haloalkane dehalogenase A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y9e
タイトルCrystal structure of putative ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2 (node 2)
要素Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2
キーワードHYDROLASE / Haloalkane dehalogenase
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chaloupkova, R. / Damborsky, J. / Marek, M.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
European CommissionMSCA-IF-2017 792772 チェコ
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2020
タイトル: Structures of hyperstable ancestral haloalkane dehalogenases show restricted conformational dynamics.
著者: Babkova, P. / Dunajova, Z. / Chaloupkova, R. / Damborsky, J. / Bednar, D. / Marek, M.
履歴
登録2020年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2
B: Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2
C: Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2
D: Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2
E: Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2
F: Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,44658
ポリマ－205,9576
非ポリマー3,48952
水18,8081044
1
A: Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,43815
ポリマ－34,3261
非ポリマー1,11214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,07212
ポリマ－34,3261
非ポリマー74611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,06812
ポリマ－34,3261
非ポリマー74211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7017
ポリマ－34,3261
非ポリマー3756
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4594
ポリマ－34,3261
非ポリマー1333
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7078
ポリマ－34,3261
非ポリマー3817
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.580, 166.620, 100.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-513-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Ancestral haloalkane dehalogenase AncHLD2


分子量: 34326.090 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 1096分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1044 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 8000, magnesium chloride, Tris base

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→67.62 Å / Num. obs: 201162 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 19.947 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 1.514 / Num. unique obs: 6316 / CC1/2: 0.559 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14-3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4k2A

4k2a


解像度: 1.7→67.617 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 9946 4.95 %
Rwork0.1815 --
obs0.1833 201065 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.17 Å2 / Biso mean: 29.2136 Å2 / Biso min: 11.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→67.617 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13757 0 212 1046 15015
Biso mean--43.4 35.03 -
残基数----1739
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.7-1.71930.39873370.36946316
1.7193-1.73950.39782980.35226270
1.7395-1.76080.3613190.33596313
1.7608-1.78310.35353220.32816349
1.7831-1.80650.37233130.3116304
1.8065-1.83130.3623310.29356356
1.8313-1.85740.30883140.28526341
1.8574-1.88520.32823300.27526268
1.8852-1.91460.31663210.25066340
1.9146-1.9460.2983550.24746292
1.946-1.97960.27653260.24046341
1.9796-2.01560.25883130.22966336
2.0156-2.05430.27943180.22866358
2.0543-2.09630.27113200.23196368
2.0963-2.14190.25383420.21696314
2.1419-2.19170.23273420.19846366
2.1917-2.24650.22673420.18246297
2.2465-2.30720.22643360.18436354
2.3072-2.37510.21873380.17336349
2.3751-2.45180.21643010.1726397
2.4518-2.53940.24263520.16956344
2.5394-2.64110.20963120.17166401
2.6411-2.76130.21813270.17826381
2.7613-2.90690.21623400.16996393
2.9069-3.0890.19823360.16296421
3.089-3.32750.19943370.15726430
3.3275-3.66240.17513840.15026385
3.6624-4.19230.17333430.1346472
4.1923-5.28150.16323660.13576482
5.2815-67.6170.18843310.16796781

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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