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Yorodumi- PDB-6g75: Crystal structure of the common ancestor of haloalkane dehalogena... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6g75 | ||||||
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Title | Crystal structure of the common ancestor of haloalkane dehalogenases and Renilla luciferase (AncHLD-RLuc) | ||||||
Components | Common ancestor of haloalkane dehalogenase and Renilla luciferase (AncHLD-RLuc) | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Haloalkane dehalogenase / Renilla luciferase / oxygen-bound | ||||||
Function / homology | Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / OXYGEN MOLECULE Function and homology information | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.391 Å | ||||||
Authors | Chaloupkova, R. / Waterman, J. / Marek, M. / Damborsky, J. | ||||||
Funding support | Czech Republic, 1items
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Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2019 Title: Light-Emitting Dehalogenases: Reconstruction of Multifunctional Biocatalysts Authors: Chaloupkova, R. / Liskova, V. / Toul, M. / Markova, K. / Sebestova, E. / Hernychova, L. / Marek, M. / Pinto, G.P. / Pluskal, D. / Waterman, J. / Prokop, Z. / Damborsky, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6g75.cif.gz | 270.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6g75.ent.gz | 217.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6g75.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/6g75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/6g75 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2psfS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34041.605 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pET21b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.1 M HEPES pH 7.0 and 10% (w/v) PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 4, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.39→21.76 Å / Num. obs: 122192 / % possible obs: 93.1 % / Redundancy: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 11.25 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 301152 / Scaling rejects: 32 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2psf Resolution: 1.391→21.619 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.23 Å2 / Biso mean: 18.6127 Å2 / Biso min: 5.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.391→21.619 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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