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- PDB-6y8y: Structure of Baltic Herring (Clupea Harengus) Phosphoglucomutase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y8y
タイトルStructure of Baltic Herring (Clupea Harengus) Phosphoglucomutase 5 (PGM5) with bound Glucose-1-Phosphate
要素Phosphoglucomutase 5
キーワードISOMERASE / Phosphoglucomutase / Aciculin / binding partner / Low to no activity
機能・相同性
機能・相同性情報


striated muscle tissue development / phosphoglucomutase activity / myofibril assembly / cell-substrate junction / adherens junction / sarcolemma / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglucomutase-1, C-terminal domain / Phosphoglucomutase / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain III / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain I / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha I/II/III / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain superfamily / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain I
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / NICKEL (II) ION / Phosphoglucomutase-like protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Clupea harengus (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Gustafsson, R. / Eckhard, U. / Selmer, M.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg FoundationEvolution of new genes and proteins スウェーデン
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Structure and Characterization of Phosphoglucomutase 5 from Atlantic and Baltic Herring-An Inactive Enzyme with Intact Substrate Binding.
著者: Gustafsson, R. / Eckhard, U. / Ye, W. / Enbody, E.D. / Pettersson, M. / Jemth, P. / Andersson, L. / Selmer, M.
履歴
登録2020年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoglucomutase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,12716
ポリマ－65,0421
非ポリマー1,08515
水8,053447
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area22820 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)47.230, 94.680, 146.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Phosphoglucomutase 5


分子量: 65041.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clupea harengus (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6P3VN15*PLUS
#4: 糖 ChemComp-G1P / 1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-glucose / 1-O-phosphono-D-glucose / 1-O-phosphono-glucose


タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Glcp1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 6種, 461分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.12M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate pH 6.5, 14.0% (v/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.99 Å / Num. obs: 48980 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3394 / CC1/2: 0.454 / Rpim(I) all: 0.368 / Rrim(I) all: 0.898 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3546精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y8X

6y8x


解像度: 1.95→47.34 Å / SU ML: 0.2284 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.3823
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2097 2490 5.09 %
Rwork0.1682 --
obs0.1703 48919 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4431 0 63 447 4941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62216260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0474684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038823
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.20282772
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.990.2791470.2622534X-RAY DIFFRACTION99.37
1.99-2.030.32681380.25062543X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.070.30761260.24542550X-RAY DIFFRACTION99.96
2.07-2.120.26791330.2362545X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.170.29781280.21922532X-RAY DIFFRACTION99.77
2.17-2.230.27811320.20332566X-RAY DIFFRACTION99.89
2.23-2.30.25731440.19042554X-RAY DIFFRACTION99.7
2.3-2.370.24221720.19322503X-RAY DIFFRACTION99.55
2.37-2.460.22121250.18732546X-RAY DIFFRACTION99.66
2.46-2.560.23661330.18112571X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.670.211490.17072561X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.810.23791390.16382568X-RAY DIFFRACTION99.82
2.81-2.990.23271090.16622602X-RAY DIFFRACTION99.67
2.99-3.220.2041150.16222610X-RAY DIFFRACTION99.96
3.22-3.540.18171470.14762599X-RAY DIFFRACTION99.93
3.54-4.060.16771570.13842615X-RAY DIFFRACTION99.96
4.06-5.110.17261430.12862641X-RAY DIFFRACTION99.86
5.11-47.340.1741530.16462789X-RAY DIFFRACTION99.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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