PDB-6y8g: selenomethionine derivative of ferulic acid esterase (FAE)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y8g

タイトル

selenomethionine derivative of ferulic acid esterase (FAE)

要素

Endo-1,4-beta-xylanase Y

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulosome / endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Hungateiclostridium thermocellum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

von Stetten, D. / Mueller-Dieckmann, C. / Carpentier, P. / Flot, D.

引用

ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2020
タイトル: ID30A-3 (MASSIF-3) - a beamline for macromolecular crystallography at the ESRF with a small intense beam.
著者: von Stetten, D. / Carpentier, P. / Flot, D. / Beteva, A. / Caserotto, H. / Dobias, F. / Guijarro, M. / Giraud, T. / Lentini, M. / McSweeney, S. / Royant, A. / Petitdemange, S. / Sinoir, J. / ...

履歴

登録	2020年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月3日	Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.2	2023年3月1日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / database_2 ...atom_type / database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y8g.cif.gz	144.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y8g.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y8g_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y8g_full_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示
XML形式データ	6y8g_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	6y8g_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/6y8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/6y8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6swvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wb6-1 4bag-2 1gkk-1 4bag-1 1gkk-2 4h35-2 3zi7-2 1wb4-2 4yvy-d 6uh8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Endo-1,4-beta-xylanase Y

BBB: Endo-1,4-beta-xylanase Y

ヘテロ分子

69.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Endo-1,4-beta-xylanase Y

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Endo-1,4-beta-xylanase Y

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.519, 108.373, 112.949
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase Y / Xylanase Y / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase Y / XylY 分子量: 34266.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hungateiclostridium thermocellum (バクテリア) 遺伝子: xynY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51584, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20 mM Tris, 1 M sodium acetate, 10 mM Cd acetate, 5% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9679 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9679 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→49 Å / Num. obs: 73998 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4353 / CC_1/2: 0.75 / R_pim(I) all: 0.416 / R_rim(I) all: 0.979 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	BUILT20180126	データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
SHELXDE	2013/2	位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.8→48.903 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.451 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1996	3709	5.017 %
R_work	0.1749	-	-
all	0.176	-	-
obs	-	73935	98.238 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.758 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.334 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.253 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.082 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.903 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4568	0	14	438	5020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	4755
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.773	1.655	6479
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.441	1.563	9306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.519	5	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.08	23.083	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.876	15	634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.351	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5450
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	3957
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	2342
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	391
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.086	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.151	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.373	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.27	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.87	1.943	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.869	1.943	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.63	2.91	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.63	2.911	2827
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.853	2.2	2493
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.852	2.2	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.06	3.204	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.06	3.204	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.402	24.023	5639
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.337	23.713	5542

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.355	280	0.389	5128	X-RAY DIFFRACTION	98.4167
1.847-1.897	0.357	260	0.337	5018	X-RAY DIFFRACTION	98.5437
1.897-1.952	0.338	302	0.289	4850	X-RAY DIFFRACTION	98.773
1.952-2.012	0.272	253	0.237	4762	X-RAY DIFFRACTION	98.8762
2.012-2.078	0.243	197	0.211	4664	X-RAY DIFFRACTION	99.1434
2.078-2.151	0.236	252	0.191	4468	X-RAY DIFFRACTION	99.1388
2.151-2.232	0.196	226	0.172	4336	X-RAY DIFFRACTION	99.3034
2.232-2.323	0.188	203	0.153	4214	X-RAY DIFFRACTION	99.4596
2.323-2.427	0.18	181	0.15	3968	X-RAY DIFFRACTION	97.5088
2.427-2.545	0.199	190	0.152	3213	X-RAY DIFFRACTION	83.6735
2.545-2.682	0.199	184	0.153	3653	X-RAY DIFFRACTION	99.3527
2.682-2.845	0.192	214	0.16	3491	X-RAY DIFFRACTION	99.7845
2.845-3.041	0.197	175	0.164	3273	X-RAY DIFFRACTION	99.7974
3.041-3.284	0.18	161	0.158	3074	X-RAY DIFFRACTION	99.7841
3.284-3.597	0.168	138	0.16	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.9331
3.597-4.021	0.177	153	0.145	2563	X-RAY DIFFRACTION	99.8529
4.021-4.64	0.125	133	0.119	2276	X-RAY DIFFRACTION	99.8756
4.64-5.678	0.152	81	0.147	1995	X-RAY DIFFRACTION	99.8077
5.678-8.009	0.174	74	0.171	1549	X-RAY DIFFRACTION	99.5706
8.009-48	0.174	52	0.179	884	X-RAY DIFFRACTION	96.3955

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