PDB-6y4y: The crystal structure of human MACROD2 in space group P41212

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y4y

タイトル

The crystal structure of human MACROD2 in space group P41212

要素

Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

キーワード

HYDROLASE / ADP-ribosylhydrolase / macrodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-ribosylglutamate hydrolase activity / protein de-ADP-ribosylation / peptidyl-glutamate ADP-deribosylation / purine nucleoside metabolic process / deacetylase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Wazir, S. / Maksimainen, M.M. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Multiple crystal forms of human MacroD2.
著者: Wazir, S. / Maksimainen, M.M. / Lehtio, L.

履歴

登録	2020年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y4y.cif.gz	200.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y4y.ent.gz	155 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/6y4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/6y4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y4zC 6y73C 4iqyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6y4z-3 4tk5-2 6o33-d 4p7g-3 6uyb-1 4w50-4 4ws0-d 4oa7-3 6aw5-d 6y73-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (5) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

B: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

C: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

D: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

ヘテロ分子

164 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

登録者が定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

登録者が定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2

登録者が定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.650, 95.650, 258.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thioredoxin 1,ADP-ribose glycohydrolase MACROD2 / Trx-1 / MACRO domain-containing protein 2 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase MACROD2 / [Protein ADP- ...Trx-1 / MACRO domain-containing protein 2 / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase MACROD2 / [Protein ADP-ribosylaspartate] hydrolase MACROD2 / [Protein ADP-ribosylglutamate] hydrolase MACROD2 分子量: 40906.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: trxA, fipA, tsnC, b3781, JW5856, MACROD2, C20orf133 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AA25, UniProt: A1Z1Q3, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N- ...参照: UniProt: P0AA25, UniProt: A1Z1Q3, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→47.83 Å / Num. obs: 121564 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.116 % / B_iso Wilson estimate: 37.437 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 1.001 / Net I/σ(I): 13.27 / Num. measured all: 1472885 / Scaling rejects: 22

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	11.75	1.542	1.7	104148	8862	8864	0.709	1.613	100
1.8-1.84	11.785	1.225	2.2	102140	8669	8667	0.81	1.281	100
1.84-1.9	11.78	0.978	2.78	98513	8364	8363	0.872	1.023	100
1.9-1.96	11.156	0.719	3.71	91482	8201	8200	0.92	0.754	100
1.96-2.02	12.059	0.55	5.07	95580	7927	7926	0.955	0.575	100
2.02-2.09	12.464	0.404	6.86	95883	7694	7693	0.976	0.422	100
2.09-2.17	12.417	0.33	8.47	91986	7409	7408	0.984	0.345	100
2.17-2.26	12.288	0.264	10.18	88004	7162	7162	0.989	0.275	100
2.26-2.36	11.737	0.227	11.39	80525	6861	6861	0.991	0.237	100
2.36-2.47	12.712	0.188	13.92	83594	6576	6576	0.994	0.196	100
2.47-2.61	13.346	0.154	16.83	83984	6293	6293	0.995	0.16	100
2.61-2.77	13.354	0.133	18.91	79281	5937	5937	0.996	0.139	100
2.77-2.96	12.837	0.105	22.2	71966	5606	5606	0.997	0.109	100
2.96-3.2	12	0.083	25.47	63122	5260	5260	0.998	0.087	100
3.2-3.5	12.791	0.074	29.86	61780	4830	4830	0.998	0.077	100
3.5-3.91	12.088	0.071	31.31	53248	4405	4405	0.998	0.074	100
3.91-4.52	10.795	0.071	31.2	42445	3935	3932	0.997	0.075	99.9
4.52-5.53	11.562	0.07	32.56	38733	3351	3350	0.998	0.073	100
5.53-7.83	11.327	0.07	32.2	30119	2659	2659	0.997	0.073	100
7.83-47.83	10.402	0.068	32.26	16352	1582	1572	0.998	0.072	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0257	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IQY

4iqy

解像度: 1.75→47.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.712 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.102
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2274	6079	5 %	RANDOM
R_work	0.2043	-	-	-
obs	0.2055	115484	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.18 Å² / B_iso mean: 33.887 Å² / B_iso min: 17.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.01 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→47.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6830	0	10	511	7351
B_iso mean	-	-	30.42	36.12	-
残基数	-	-	-	-	864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	7029
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.439	1.637	9482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.343	1.582	15612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.805	5	870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.1	21.977	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.309	15	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.185	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7769
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1465

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	443	-
R_work	0.309	8413	-
all	-	8856	-
obs	-	-	100 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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