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万見
- PDB-6y4f: X-ray structure of the Zn-dependent receptor-binding domain of Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y4f
タイトルX-ray structure of the Zn-dependent receptor-binding domain of Proteus mirabilis MR/P fimbrial adhesin MrpH
要素Fimbrial adhesin
キーワードCELL ADHESION / Metal binding protein / adhesin
機能・相同性Fimbrial-type adhesion domain superfamily / pilus / cell adhesion / GLUTAMIC ACID / Fimbrial adhesin
機能・相同性情報
生物種Proteus mirabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Knight, S.D. / Ubhayasekera, W. / Jiang, W.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-04451 スウェーデン
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: MrpH, a new class of metal-binding adhesin, requires zinc to mediate biofilm formation.
著者: Jiang, W. / Ubhayasekera, W. / Breed, M.C. / Norsworthy, A.N. / Serr, N. / Mobley, H.L.T. / Pearson, M.M. / Knight, S.D.
履歴
登録2020年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fimbrial adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7633
ポリマ－15,5501
非ポリマー2132
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)26.655, 54.490, 79.964
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Fimbrial adhesin


分子量: 15550.442 Da / 分子数: 1 / 変異: C-terminal 6-His tag / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Proteus mirabilis (strain HI4320) (バクテリア)
遺伝子: mrpH, PMI0270 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EUK6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus HT screen (Molecular Dimensions, UK) condition D9 (0.02 M 1,6-hexanediol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M 1,2-propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.02 M 1,3-propanediol, ...詳細: Morpheus HT screen (Molecular Dimensions, UK) condition D9 (0.02 M 1,6-hexanediol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M 1,2-propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.02 M 1,3-propanediol, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, 10% w/v PEG 20000 and 20% v/v PEG MME 550)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→19.05 Å / Num. obs: 12317 / % possible obs: 98.97 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 11.18 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 7707 / CC1/2: 0.934 / CC star: 0.983 / Rpim(I) all: 0.242 / Rrim(I) all: 0.614 / % possible all: 93.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc1_3777精密化
PHENIX1.18rc1_3777精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y4E

6y4e


解像度: 1.75→19.05 Å / SU ML: 0.1464 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.0833
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1826 631 5.16 %
Rwork0.1527 --
obs0.1543 12225 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 13.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1029 0 11 183 1223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311106
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70361517
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6025416
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.880.26841290.25142187X-RAY DIFFRACTION96.02
1.89-2.070.20231100.16482303X-RAY DIFFRACTION99.83
2.07-2.370.17171410.14472293X-RAY DIFFRACTION99.84
2.37-2.990.18311270.14252344X-RAY DIFFRACTION99.96
2.99-19.050.15481240.13562467X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4977444428410.159741376271-0.254917951460.895640774539-0.3726891002070.592147207283-0.04280126063020.0387259917727-0.0456316137597-0.06467027977510.03467335402050.03135715063640.0561146982889-0.02974290349190.01430662959430.0830062514159-0.00358931014436-0.007595110496020.0759701032122-0.006477495617090.086029513654-9.12006603004-1.6716653838715.7911271321
20.630428676793-0.06477018980880.3753589139310.791220214846-0.170613195251.474693795370.02488626701840.0530032339608-0.0633897644822-0.1197850729710.00616075164147-0.1397414649730.01963447149620.166667519915-0.01781829587850.0687775250956-0.007741714939250.01710402463050.09744224189050.0008485721191970.08333034830770.7008309158831.633168330196.81043096538
31.36707101916-0.526329867087-1.015342135520.9881923270640.4777431126442.12711670703-0.0688912947727-0.00684504631846-0.089821082770.0463167876964-0.0101183121648-0.05846569140230.147724007470.1255626563940.06715260616540.0978590089820.0175586004436-0.01048202075920.06832832719870.003664260096450.100052815589-4.76912341955-6.4605424524522.08380698
40.899625272710.0201003129633-0.211460136670.713711270709-0.370881569140.941904429366-0.01073180082090.01903453512920.0110955430639-0.06045241254660.014739467450.066206680460.0370454813048-0.0465869089689-0.01842107347640.0626240885520.00704408708682-0.005419638246910.06841124473910.005095794077310.0746106285275-11.9395917529-0.26383224151917.2917278426
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 25 through 84 )25 - 841 - 60
22chain 'A' and (resid 85 through 106 )85 - 10661 - 87
33chain 'A' and (resid 107 through 118 )107 - 11888 - 101
44chain 'A' and (resid 119 through 158 )119 - 158102 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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