PDB-6y4d: Crystal structure of a short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y4d

タイトル

Crystal structure of a short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) from Zephyranthes treatiae in complex with NADP+

要素

short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / asymmetric reduction / biocatalysis / imine reduction / mutagenesis / rational design / short-chain dehydrogenase/reductase / Zephyranthes treatiae / complex

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Zephyranthes treatiae (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Sautner, V. / Steimle, S. / Roth, S. / Mueller, M. / Tittmann, K.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: Crossing the Border: From Keto- to Imine Reduction in Short-Chain Dehydrogenases/Reductases.
著者: Roth, S. / Stockinger, P. / Steff, J. / Steimle, S. / Sautner, V. / Tittmann, K. / Pleiss, J. / Muller, M.

履歴

登録	2020年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y4d.cif.gz	212.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y4d.ent.gz	170.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y4d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y4d_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y4d_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6y4d_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	6y4d_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/6y4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/6y4d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5feuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fff-1 4egf-1 5ugt-d 5mtp-1 6f9q-d 1ae1-2 5ff9-d 1zk1-1 4oyr-d 6h1m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)

B: short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)

ヘテロ分子

63.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)

B: short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)

ヘテロ分子

A: short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)

B: short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.900, 95.900, 136.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) 分子量: 31084.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zephyranthes treatiae (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: pentaerythritol propoxylate, 100 mM MES pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→60.715 Å / Num. obs: 37479 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.745 % / B_iso Wilson estimate: 40.29 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_rim(I) all: 0.141 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 10.75 / Num. measured all: 252798 / Scaling rejects: 80

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.2	6.859	2.562	1.15	32581	4823	4750	0.584	2.77	98.5
2.2-2.3	6.802	1.819	1.59	27140	4034	3990	0.698	1.968	98.9
2.3-2.5	6.86	1.149	2.3	42510	6284	6197	0.864	1.243	98.6
2.5-3	6.818	0.433	5.15	63465	9376	9308	0.973	0.469	99.3
3-3.5	6.658	0.135	12.48	31751	4805	4769	0.996	0.147	99.3
3.5-4	6.669	0.066	22.98	18233	2741	2734	0.999	0.072	99.7
4-4.5	6.738	0.043	31.76	11091	1650	1646	0.999	0.047	99.8
4.5-5	6.606	0.041	33.86	7115	1080	1077	0.999	0.045	99.7
5-6	6.41	0.045	30.75	7929	1239	1237	0.999	0.049	99.8
6-10	6.387	0.029	41.08	8648	1370	1354	1	0.031	98.8
10-20	5.759	0.02	58.08	2079	365	361	1	0.022	98.9
20-50	4.648	0.016	56.4	251	62	54	1	0.018	87.1
50-60.715	2.5	0.052	30.84	5	5	2		0.064	40

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FEU

5feu

解像度: 2.1→60.715 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.52

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	1859	4.98 %
R_work	0.2072	-	-
obs	0.2092	37328	98.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 110 Å² / B_iso mean: 50.0881 Å² / B_iso min: 25.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→60.715 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3850	0	138	132	4120
B_iso mean	-	-	46	50.52	-
残基数	-	-	-	-	514

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1-2.1568	0.4565	139	0.3723	2652	98
2.1568-2.2203	0.3808	141	0.3436	2663	98
2.2203-2.292	0.3785	140	0.3139	2688	99
2.292-2.3739	0.3507	139	0.3026	2669	98
2.3739-2.4689	0.3321	139	0.2812	2674	98
2.4689-2.5813	0.3343	137	0.2712	2677	98
2.5813-2.7174	0.3094	142	0.2575	2703	99
2.7174-2.8876	0.2604	144	0.2334	2719	99
2.8876-3.1106	0.2686	143	0.2198	2723	99
3.1106-3.4236	0.2325	145	0.2078	2761	99
3.4236-3.9189	0.2092	146	0.1723	2756	99
3.9189-4.9371	0.1762	147	0.1554	2818	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4525	0.1935	-0.2415	3.4248	-0.337	3.5305	-0.0181	0.1894	0.4752	-0.1589	0.0867	0.1144	-0.7929	-0.3447	-0.0604	0.5061	-0.0407	0.0174	0.3618	0.0633	0.3488	-45.6828	27.7202	-1.3753
2	5.0357	6.4344	2.6342	8.3411	3.6719	2.4745	-0.3397	0.7255	-0.1562	-0.2589	0.505	-0.1692	-0.0416	0.1941	-0.1503	0.5953	-0.0966	-0.0039	0.7447	0.0423	0.3718	-38.456	18.8609	-13.5577
3	0.7912	0.4531	0.4346	1.0588	0.5228	1.4886	0.0137	-0.0339	-0.0406	0.0471	0.0261	0.0171	-0.0821	-0.1072	-0.0422	0.4231	-0.0293	0.0032	0.4814	0.0129	0.3195	-46.5842	8.8222	-1.3106
4	1.7037	0.1871	-0.9792	1.6833	-0.4756	3.7349	0.0006	0.1927	0.2013	-0.0272	0.1863	0.2383	-0.2266	-0.4838	-0.181	0.4128	-0.0141	-0.0321	0.3472	0.0194	0.3009	-53.2	14.9931	9.5851
5	0.6646	0.7388	0.2209	1.9141	-0.2852	4.8291	0.0293	0.0637	0.255	0.1972	0.1108	0.1529	-0.9849	0.2137	-0.0847	0.6172	-0.0386	0.05	0.3838	-0.0185	0.3884	-43.9137	27.1542	25.7174
6	4.3748	1.0075	-0.4118	3.0002	-0.7843	3.9977	0.1369	-0.4592	0.5498	0.0773	-0.1105	-0.2283	-0.9224	0.7199	-0.0881	0.7319	-0.0762	-0.009	0.4768	-0.1072	0.3993	-38.3484	26.9206	39.4518
7	1.2404	-2.5258	0.678	8.3608	-3.9007	3.1838	-0.0744	-0.513	0.1175	0.8642	0.2223	0.1524	-0.589	0.0421	-0.1077	0.8848	0.1277	0.0296	0.6797	-0.0385	0.3863	-50.5119	20.6449	45.3886
8	0.9323	-0.6626	0.4734	1.357	-0.5635	1.818	-0.057	-0.0498	-0.0168	0.0935	0.1359	0.0528	-0.184	-0.0453	-0.075	0.4339	0.0021	0.0192	0.4298	-0.0028	0.3053	-47.4199	9.7088	32.1235
9	6.8347	-1.8558	1.4112	6.6152	-0.2887	7.5279	0.3328	0.0661	-0.1997	0.894	0.3975	-1.1481	0.7703	1.8758	-0.4688	0.6212	0.0104	-0.1486	0.8078	-0.091	0.5442	-26.1215	10.7607	29.6386
10	3.68	-1.8069	-1.3293	4.302	1.1418	3.2587	0.0383	-0.1378	0.0777	0.0743	0.1852	-0.4957	-0.0962	0.5898	-0.2214	0.4078	-0.1138	-0.0326	0.5266	-0.0689	0.3623	-31.541	12.3067	20.542
11	2.2277	-0.5643	-0.3507	1.6473	0.394	2.1343	-0.057	0.0602	-0.1695	0.1411	0.1281	0.0015	0.0882	0.1045	-0.1451	0.4855	-0.0115	-0.0491	0.4761	0.0011	0.3716	-44.6725	11.6711	17.3083

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 35 through 105 )	A	35 - 105
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 106 through 119 )	A	106 - 119
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 120 through 212 )	A	120 - 212
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 213 through 291 )	A	213 - 291
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 35 through 68 )	B	35 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 69 through 105 )	B	69 - 105
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 106 through 119 )	B	106 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 120 through 225 )	B	120 - 225
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 226 through 239 )	B	226 - 239
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 240 through 269 )	B	240 - 269
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 270 through 291 )	B	270 - 291

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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