PDB-6y3p: Crystal structure of the C-terminal domain from K. lactis Pby1, a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y3p

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain from K. lactis Pby1, an ATP-grasp enzyme interacting with the mRNA decapping enzyme Dcp2

要素

KLLA0B12012p

キーワード

LIGASE / ATP-grasp

機能・相同性

機能・相同性情報

protein modification process => GO:0036211 / P-body / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Kluyveromyces lactis (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Graille, M.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Pby1 is a direct partner of the Dcp2 decapping enzyme.
著者: Charenton, C. / Gaudon-Plesse, C. / Back, R. / Ulryck, N. / Cosson, L. / Seraphin, B. / Graille, M.

履歴

登録	2020年2月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年6月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y3p.cif.gz	166.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y3p.ent.gz	130.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y3p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y3p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y3zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6uj8-1 2pgk-d 4bp3-1 5t46-d 5a60-d 2dx7-d 4yuy-d 3fcx-d 3suw-d 6si1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: KLLA0B12012p

ヘテロ分子

47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.640, 95.640, 75.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-802- SO4
2	1	A-929- HOH

#1: タンパク質	KLLA0B12012p 分子量: 47012.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 遺伝子: KLLA0_B12012g 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q6CVH5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.25 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100 mM sodium citrate tribasic pH 5.6; 0.5 M ammonium sulfate; 0.9 M lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月13日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→47.8 Å / Num. obs: 17920 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 11.1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 1710 / CC_1/2: 0.507

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→41.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.309 / SU R_free Blow DPI: 0.224 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.229

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	949	5.3 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.191	17914	98.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 166.99 Å² / B_iso mean: 65.05 Å² / B_iso min: 36.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1461 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.1461 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.2923 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→41.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2999	0	20	32	3051
B_iso mean	-	-	94.15	51.9	-
残基数	-	-	-	-	360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1082	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	87	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	436	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	3098	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	388	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3450	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	3098	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	4199	HARMONIC	2	1.15
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.2
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				21.74

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.44 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	146	5.15 %
R_work	0.211	2690	-
all	0.213	2836	-
obs	-	-	98.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.0519 Å / Origin y: -41.6967 Å / Origin z: 6.4729 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.13 Å²	-0.0545 Å²	0.0153 Å²	-	-0.0145 Å²	0.0774 Å²	-	-	-0.0827 Å²
L	0.9969 °²	-0.2803 °²	-0.4526 °²	-	0.665 °²	-0.0459 °²	-	-	1.2725 °²
S	0.0253 Å °	-0.1523 Å °	-0.1144 Å °	0.0979 Å °	0.0409 Å °	0.0749 Å °	0.0074 Å °	-0.018 Å °	-0.0662 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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