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万見
- PDB-6y3c: Human COX-1 Crystal Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y3c
タイトルHuman COX-1 Crystal Structure
要素Prostaglandin G/H synthase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / COX-1 / CYCLOOXYGENASE / PEROXIDASE / PROSTAGLANDIN / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


COX reactions / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / prostaglandin biosynthetic process / photoreceptor outer segment / peroxidase activity / regulation of blood pressure ...COX reactions / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / prostaglandin biosynthetic process / photoreceptor outer segment / peroxidase activity / regulation of blood pressure / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / extracellular exosome / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Prostaglandin G/H synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.361 Å
データ登録者Miciaccia, M. / Belviso, B.D. / Iaselli, M. / Ferorelli, S. / Perrone, M.G. / Caliandro, R. / Scilimati, A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Three-dimensional structure of human cyclooxygenase (hCOX)-1.
著者: Miciaccia, M. / Belviso, B.D. / Iaselli, M. / Cingolani, G. / Ferorelli, S. / Cappellari, M. / Loguercio Polosa, P. / Perrone, M.G. / Caliandro, R. / Scilimati, A.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.22020年4月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年3月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3987
ポリマ－66,0711
非ポリマー2,3276
水30617
1
A: Prostaglandin G/H synthase 1
ヘテロ分子

A: Prostaglandin G/H synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,79514
ポリマ－132,1412
非ポリマー4,65412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
Buried area12060 Å2
ΔGint29 kcal/mol
Surface area45560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.110, 182.110, 103.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 1 / Cyclooxygenase-1 / COX-1 / Prostaglandin H2 synthase 1 / PHS 1 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 1


分子量: 66070.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGS1, COX1
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: P23219, prostaglandin-endoperoxide synthase
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpb1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpN]{[(2+1)][<C1O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: Sodium citrate 0.7M, LiCl 0.72M

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月16日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.36→91.05 Å / Num. obs: 14886 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.467 / Rpim(I) all: 0.103 / Rrim(I) all: 0.473 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 3.36→3.45 Å / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 4.186 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1081 / CC1/2: 0.636 / Rpim(I) all: 0.905 / Rrim(I) all: 4.283 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
Sir2014位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WBE

5wbe


解像度: 3.361→78.856 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 29.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 1215 10.09 %
Rwork0.2085 --
obs0.2141 12047 81.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 200.28 Å2 / Biso mean: 90.9037 Å2 / Biso min: 52.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.361→78.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4518 0 155 17 4690
Biso mean--112.33 60.91 -
残基数----557
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3614-3.4960.363390.291740027
3.496-3.65510.2465810.260470349
3.6551-3.84780.31621170.24797167
3.8478-4.08890.34281320.2455122284
4.0889-4.40450.28291650.22144599
4.4045-4.84770.23251450.16631497100
4.8477-5.54910.22111820.16771472100
5.5491-6.99060.30471760.2211511100
6.9906-78.8560.23991780.21391611100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51020.0908-0.20290.14260.18490.4614-0.2191-0.2566-0.01790.18980.5373-0.54570.39170.3549-00.9234-0.0370.01810.9602-0.0371.1136-6.4294-59.5674-1.3536
20.09330.16450.06960.29440.11870.0448-0.2297-0.25081.4496-0.17260.098-0.56180.4026-0.1024-0.00111.0506-0.2945-0.09490.8543-0.04111.361-24.4615-32.86242.5498
30.28560.0863-0.31330.0169-0.10140.3208-0.0269-0.3573-0.48290.10050.02270.10660.4082-0.023800.97650.0255-0.07870.92520.02560.9123-31.2426-60.51683.8909
42.312-0.5390.42911.4710.50821.4439-0.06330.0001-0.38450.08960.03540.31590.3431-0.2058-0.00010.7702-0.0554-0.01370.77910.06870.7677-51.1305-51.8111-2.4852
51.43960.0586-0.56690.79750.34910.8561-0.2963-0.5861-0.24930.39310.21950.04830.04130.243900.9342-0.03430.04730.74340.10010.7409-33.9758-49.97537.696
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 73 )A28 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 123 )A74 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 228 )A124 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 229 through 428 )A229 - 428
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 429 through 584 )A429 - 584

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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