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万見
- PDB-6y2s: Escherichia coli R318A RnlA endoribonuclease (single alanine muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y2s
タイトルEscherichia coli R318A RnlA endoribonuclease (single alanine mutant of RnlA)
要素mRNA endoribonuclease toxin LS
キーワードTOXIN / Endoribonuclease catalytic mutant / HEPN protein / T4 phage defense / Toxin-Antitoxin System
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, N-terminal repeated domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, DBD domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, N-terminal / RNase LS, bacterial toxin / RNase LS, bacterial toxin DBD domain / RNase LS, bacterial toxin N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA endoribonuclease toxin LS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Garcia-Rodriguez, G. / Loris, R.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G.0B25.15N ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Quaternary structure changes control ribonuclease activity of RnlA toxin.
著者: Garcia-Rodriguez, G. / Talavera Perez, A. / Wilmaerts, D. / Michiels, J. / Charlier, D. / Loris, R.
履歴
登録2020年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA endoribonuclease toxin LS
B: mRNA endoribonuclease toxin LS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8002
ポリマ－83,8002
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area32930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.560, 105.560, 156.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGTYRTYR(chain 'A' and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 14620 - 162
12ASPASPHISHIS(chain 'A' and ((resid 4 and (name N or name...AA148 - 323164 - 339
13SERSERTHRTHR(chain 'A' and ((resid 4 and (name N or name...AA335 - 345351 - 361
14ALAALATYRTYR(chain 'A' and ((resid 4 and (name N or name...AA347 - 355363 - 371
25ARGARGTYRTYR(chain 'B' and (resid 4 through 64 or (resid 65...BB4 - 14620 - 162
26ASPASPHISHIS(chain 'B' and (resid 4 through 64 or (resid 65...BB148 - 323164 - 339
27SERSERTHRTHR(chain 'B' and (resid 4 through 64 or (resid 65...BB335 - 345351 - 361
28ALAALATYRTYR(chain 'B' and (resid 4 through 64 or (resid 65...BB347 - 355363 - 371

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要素

#1: タンパク質 mRNA endoribonuclease toxin LS / RNase LS / Toxin LS


分子量: 41899.844 Da / 分子数: 2 / 変異: R318A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: rnlA, std, yfjN, b2630, JW2611
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P52129, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein Buffer: 20 mM Tris HCl pH 8, 150 mM NaCl, 1 mM tris(2-carboxyethyl) phosphine. Reservoir solution: 0.4 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980126 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980126 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.79→46.77 Å / Num. obs: 10617 / % possible obs: 94.39 % / 冗長度: 3.87 % / Biso Wilson estimate: 104.89 Å2 / CC1/2: 0.956 / CC star: 0.989 / Net I/σ(I): 3.61
反射 シェル解像度: 3.79→3.92 Å / Rmerge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 941 / CC1/2: 0.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4i8o

4i8o


解像度: 3.79→46.77 Å / SU ML: 0.7197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 39.9238
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3418 941 5.05 %
Rwork0.2637 --
obs0.2677 10617 90.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 116.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.79→46.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5313 0 0 0 5313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00395422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69757371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0447860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043945
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.48791957
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.79-3.990.37031270.38762292X-RAY DIFFRACTION81.64
3.99-4.240.38161310.35872536X-RAY DIFFRACTION91.21
4.24-4.560.40781370.30322519X-RAY DIFFRACTION91.24
4.56-5.020.42721300.2862580X-RAY DIFFRACTION92.49
5.02-5.750.36141400.27192571X-RAY DIFFRACTION92.56
5.75-7.240.32661370.28872530X-RAY DIFFRACTION90.71
7.24-46.770.25161390.16742673X-RAY DIFFRACTION95.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.544047343250.272613731049-0.0493071616460.3507086621040.5393621911130.349260593531-0.477250609403-0.502532161376-0.790311482732-0.148929698560.08698584946820.197258989423-0.247089635588-0.0008785415646740.4113721529840.5974299907450.00474186268769-0.07642362459740.9856558479660.04531249434530.78258541349138.184564816615.5433867769.812321085
22.390076215890.0163837527460.638737400057.07397726640.4648421454013.91658011607-0.2145548049350.283459976702-0.0122099003494-0.2068969586880.03160184590030.292464927410.2585501920190.7429956929740.09068588676060.524860453244-0.04966811345550.1163171008270.865267180446-0.08207833082150.66450128702913.55687851621.3401230748865.3911134536
36.345475989760.03072749336980.6520426053465.58240758996-0.8278352083876.31074494235-0.279235478227-0.928249292189-0.8910922459251.594055175430.400211886988-0.7781385393950.8529396690560.0718806256298-0.1372187318781.42655747460.2626995959740.1095728576471.013061850710.001024244367530.90451061603117.8042460173-9.9883801071880.7845104173
45.63721458797-1.14319996939-0.3639966788550.590998470434-0.3002114844970.04626561615960.04882896499760.236331086130.9303987791490.04209532479990.239984999923-0.02383042121110.3190769668420.240318757122-0.2511913148310.678057381175-0.154438565523-0.04859427741051.25393859977-0.147008332211.34099178425-17.5767892259-15.201252123226.4775270686
55.86815108855-1.269142997911.24255316582.55382593781-0.2459178584696.95477636197-0.4934313822490.1163973544770.148762082617-0.345369886734-0.02219329247170.1066208261130.00627153874413-0.85677358830.4167230048420.5029579887920.0880137387640.05343445721210.813524344383-0.1484844379211.103063946688.9500445472-17.828577743929.0783323433
66.948565432992.65415613398-0.2345798498879.14931577303-1.330716080452.589109257070.00718532987039-0.341428630941-0.98743398502-0.4593634220220.0480506205895-0.08049116118420.6667478812010.53335366312-0.05282841475160.7752777796140.18863009617-0.0677083122560.885607671354-0.3214458352370.85625936154212.32450701-29.729026773347.1980691985
75.554089677114.00908701177-1.40246497563.28681110749-1.592596777535.27576503651-1.33605990363E-50.599291382888-0.2887412126931.7917942171-0.2753104298850.3794537042662.254730992460.305891202402-0.09495541081851.637285511210.2082384844060.006746898639460.9411183270110.1578787983760.541339805625.82188476341-30.825020893149.7779745346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 143 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 144 through 246 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 247 through 356 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 4 through 120 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 121 through 203 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 204 through 300 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 301 through 356 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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