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- PDB-6y2p: Escherichia coli RnlA-RnlB Toxin-Antitoxin System. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y2p
タイトルEscherichia coli RnlA-RnlB Toxin-Antitoxin System.
要素
  • Antitoxin RnlB
  • mRNA endoribonuclease toxin LS
キーワードTOXIN / Prokaryotic Toxin-Antitoxin System / Endoribonuclease / HEPN protein / T4 phage denfense / Antitoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Antitoxin RnlB/LsoB / Antitoxin to bacterial toxin RNase LS or RnlA / Bacterial toxin RNase RnlA/LsoA, N repeated domain / Bacterial toxin RNase RnlA/LsoA, N-terminal domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, N-terminal repeated domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, DBD domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, N-terminal / RNase LS, bacterial toxin / RNase LS, bacterial toxin DBD domain / RNase LS, bacterial toxin N-terminal ...Antitoxin RnlB/LsoB / Antitoxin to bacterial toxin RNase LS or RnlA / Bacterial toxin RNase RnlA/LsoA, N repeated domain / Bacterial toxin RNase RnlA/LsoA, N-terminal domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, N-terminal repeated domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, DBD domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, N-terminal / RNase LS, bacterial toxin / RNase LS, bacterial toxin DBD domain / RNase LS, bacterial toxin N-terminal / TATA-Binding Protein / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA endoribonuclease toxin LS / Antitoxin RnlB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Garcia-Rodriguez, G. / Talavera Perez, A. / Loris, R.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G.0B25.15N ベルギー
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Alternative dimerization is required for activity and inhibition of the HEPN ribonuclease RnlA.
著者: Garcia-Rodriguez, G. / Charlier, D. / Wilmaerts, D. / Michiels, J. / Loris, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2020
タイトル: The Escherichia coli RnlA-RnlB toxin-antitoxin complex: production, characterization and crystallization.
著者: Garcia-Rodriguez, G. / Talavera Perez, A. / Konijnenberg, A. / Sobott, F. / Michiels, J. / Loris, R.
履歴
登録2020年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA endoribonuclease toxin LS
B: mRNA endoribonuclease toxin LS
C: Antitoxin RnlB
D: Antitoxin RnlB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,1284
ポリマ－110,1284
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Isolated RnlA is present as a dimer in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11480 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area40330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)243.320, 133.580, 55.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...
21(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETMETMET(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...CC11
12GLYGLYGLYGLY(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...CC1111
13GLUGLUGLUGLU(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...CC4747
14METMETSERSER(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...CC1 - 1201 - 120
15METMETSERSER(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...CC1 - 1201 - 120
16METMETSERSER(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...CC1 - 1201 - 120
17METMETSERSER(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...CC1 - 1201 - 120
18METMETSERSER(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...CC1 - 1201 - 120
21METMETMETMET(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...DD11
22GLYGLYGLYGLY(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...DD1111
23LYSLYSLYSLYS(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...DD1414
24METMETSERSER(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...DD1 - 1201 - 120
25METMETSERSER(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...DD1 - 1201 - 120
26METMETSERSER(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...DD1 - 1201 - 120
27METMETSERSER(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...DD1 - 1201 - 120
28METMETSERSER(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 7 OR RESID 11...DD1 - 1201 - 120

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要素

#1: タンパク質 mRNA endoribonuclease toxin LS / RNase LS / Toxin LS


分子量: 40104.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rnlA, std, yfjN, b2630, JW2611 / プラスミド: pET28a
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P52129, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Antitoxin RnlB


分子量: 14960.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rnlB, yfjO, b2631, JW5418 / プラスミド: pET28a
詳細 (発現宿主): It was expressed as the rnlAB operon cloned into pET28a
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P52130
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein Buffer: 20 mM Tris HCl pH 8, 150 mM NaCl, 1 mM tris (2-carboxyethyl) phosphine. Reservoir solution: 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 25 % (w/v) SOKALAN CP 5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980073 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980073 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→48.78 Å / Num. obs: 51657 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.77 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.64→2.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.817 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 4871

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MR-Rosetta位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I8O

4i8o


解像度: 2.64→48.78 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 2576 4.99 %
Rwork0.197 49010 -
obs0.199 51586 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 237.75 Å2 / Biso mean: 96.03 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.64→48.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6975 0 0 27 7002
Biso mean---66.23 -
残基数----943
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C688X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
12D688X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.64-2.690.30541180.30182291240985
2.69-2.740.27651450.25327532898100
2.74-2.80.27821440.255227322876100
2.8-2.870.30181430.263927142857100
2.87-2.940.36651470.29227842931100
2.94-3.020.2881420.257927002842100
3.02-3.110.30261450.246827462891100
3.11-3.210.32071440.233327382882100
3.21-3.320.30011440.235727262870100
3.32-3.460.26711450.224527662911100
3.46-3.610.23831440.212827222866100
3.61-3.810.24041440.186927602904100
3.81-4.040.21451450.170927642909100
4.04-4.360.211440.163227302874100
4.36-4.790.19311450.159627542899100
4.79-5.490.2251450.178427572902100
5.49-6.910.28521460.215127772923100
6.91-48.780.20511460.16962796294299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8736-3.2352-2.69497.43025.71136.9317-0.59990.823-1.3628-0.59570.34490.26630.9726-0.28110.54041.054-0.21080.1560.5859-0.09551.255372.351-27.309155.1919
26.9699-3.0655-3.51866.41345.87456.7531-0.58860.0112-1.2875-0.41120.7737-1.24140.6730.67880.00971.26080.03060.27170.7307-0.04321.69881.2051-31.750655.0763
32.55851.03310.32876.4865-0.1682.0231-0.1885-0.0232-0.66790.44270.11390.46410.4983-0.09150.18720.9011-0.22280.02490.5641-0.01490.748765.5539-19.151463.0201
44.03640.7091-1.12772.71310.02352.2183-0.2393-1.4527-0.881.8216-0.88740.88981.38030.53420.35992.377-0.25870.58021.06480.21161.219458.9193-25.131881.3105
53.57050.6666-1.74482.95050.47493.3223-0.4469-0.6051-0.50592.24440.27230.6890.72140.33860.52191.5962-0.10630.24090.8330.10161.042262.0948-19.80675.6713
62.30170.7324-1.35191.9426-1.0082.2559-0.48340.5705-0.46660.62180.12111.48450.9202-0.48640.23370.9626-0.26770.25160.7863-0.18311.229156.6376-14.044966.4663
72.522-0.2839-0.97921.9782-0.42071.97860.0910.2511-0.3933-0.2299-0.20610.18210.2873-0.3412-0.02340.4415-0.0869-0.08370.6228-0.06420.366478.305-0.699948.3633
82.5970.0925-1.85534.83922.69852.9302-0.0526-0.0006-0.18750.00360.23660.3048-0.84190.7034-0.30020.7417-0.05130.0121.0337-0.00110.380192.0379.982931.2178
91.5072-1.3609-2.5073.13163.74098.7801-0.26050.66590.1545-0.31260.21730.4361-0.32640.2928-0.07190.49750.0043-0.06810.72570.01950.397483.300210.464937.1332
101.487-0.2528-0.51462.29471.81175.1282-0.09530.31130.0422-0.3132-0.12950.3091-0.1344-0.67660.25050.44380.0124-0.07910.57460.01810.390277.437211.079347.3116
115.8491-6.606-0.21837.40730.15721.8535-0.5962-0.7302-0.70571.18730.52531.8043-1.7992-0.6875-0.07162.00290.170.33580.9544-0.0761.997841.008313.718780.0104
128.5672-0.3494-1.53936.35211.46467.1931-0.2751.65040.4753-1.2042-0.20082.4842-0.3589-1.39840.44571.0028-0.0521-0.46221.0892-0.0411.570547.9725-1.674156.0229
132.2389-0.11890.06422.29150.35452.62780.0161-0.1680.22230.185-0.0288-0.1082-0.2070.1744-0.01010.4233-0.0699-0.05160.5037-0.0240.300188.878212.095263.142
146.5938-1.9065-4.00845.0856.22238.0947-0.4934-0.09050.7375-0.7241.1485-0.3225-2.4413-1.4574-0.49631.48720.2320.0840.79220.21420.820579.58936.947242.3324
158.2642-0.1779-2.01833.1575-3.06513.5496-0.28470.08772.0683-0.8682-0.5273-0.2867-2.3672-0.63080.36881.53830.4927-0.2950.71680.02031.195976.323642.127348.832
165.8764.77230.17848.14995.74187.7011-0.07180.41390.17-1.13120.2619-0.9725-1.10110.28930.06490.74750.09740.06280.63630.13260.59683.944826.997445.1301
173.06464.3529-0.05757.60981.67192.1658-0.24380.8421.6242-1.97520.8222-0.8054-1.8960.5363-0.1551.2696-0.04840.19390.82880.17991.100488.275140.335345.8628
183.87213.70713.2553.69592.46826.1430.33510.36982.00611.0358-0.31790.4257-1.54340.4633-0.18941.42450.0649-0.16350.678-0.01361.251681.380841.955851.6332
198.20963.23582.21272.1127-0.03576.48160.0966-0.41950.9391-0.6122-0.41430.7612-1.0453-0.71790.32570.69750.2383-0.02310.596-0.02330.624575.846128.735652.3511
204.9890.3083-3.63975.38664.82267.53730.1061-0.02362.17320.91540.6576-0.7-2.0587-0.0097-0.46691.53480.0972-0.24170.57420.0481.130584.436137.497258.0375
213.5508-4.5093-1.64635.88162.80934.1236-0.7515-0.6304-0.09741.433-0.15921.0923-1.3988-2.17750.91770.9930.4276-0.03391.0559-0.15281.19866.518334.060455.6141
223.8006-1.7179-1.25928.88225.75957.1950.20090.20670.5215-1.25-0.39580.9758-1.4325-0.75920.36120.84860.358-0.14150.96480.06690.779470.578630.393139.8897
231.7422.586-2.04994.2778-3.82923.83340.60270.11162.2923-0.66170.47643.29260.2146-1.4346-0.90010.8280.0958-0.30591.4963-0.04951.693464.613421.559641.7917
248.1006-5.0338-4.88826.51834.04777.09940.010.4111-0.466-0.51850.3865-0.1145-0.11660.9103-0.43260.4792-0.1014-0.11150.7627-0.09360.5373108.4729-6.448446.1434
256.2318-4.3245-3.6989.13084.87293.13840.03490.7504-0.585-0.31760.1173-0.29940.22870.1115-0.05770.5545-0.0508-0.06030.7031-0.10320.5507101.3925-10.010148.2111
267.0791-0.8308-0.38168.64451.83227.1979-0.05551.1028-0.9855-0.31-0.0486-0.0384-0.039-0.4218-0.17640.4234-0.0678-0.06250.7461-0.27950.618399.0963-13.494844.3782
278.50662.71552.98574.57742.9148.87290.3162-0.2416-0.63440.17690.0627-0.73180.16710.9921-0.47540.4380.0053-0.04310.62710.07530.4142108.5045-7.17960.7269
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 26 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 27 THROUGH 77 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 78 THROUGH 113 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 114 THROUGH 143 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 144 THROUGH 169 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 170 THROUGH 203 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 204 THROUGH 267 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 268 THROUGH 300 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 301 THROUGH 321 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'A' AND (RESID 322 THROUGH 357 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 4 THROUGH 99 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 100 THROUGH 189 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 190 THROUGH 357 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 7 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'C' AND (RESID 8 THROUGH 19 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'C' AND (RESID 20 THROUGH 28 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'C' AND (RESID 29 THROUGH 39 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'C' AND (RESID 40 THROUGH 51 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'C' AND (RESID 52 THROUGH 68 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'C' AND (RESID 69 THROUGH 81 )C0
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22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'C' AND (RESID 88 THROUGH 111 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'C' AND (RESID 112 THROUGH 120 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 39 )D0
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28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'D' AND (RESID 112 THROUGH 120 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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