PDB-6y2j: Crystal structure of M. tuberculosis KasA in complex with 4,4,4-t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y2j

タイトル

Crystal structure of M. tuberculosis KasA in complex with 4,4,4-trifluoro-N-(isoquinolin-6-yl)butane-1-sulfonamide

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

キーワード

TRANSFERASE / INHIBITOR / KASA / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1 / ACYLTRANSFERASE / LIPID SYNTHESIS / FATTY ACID BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

meromycolic acid 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I / fatty acid elongation, saturated fatty acid / fatty acid elongation / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.886 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Exploring the SAR of the beta-Ketoacyl-ACP Synthase Inhibitor GSK3011724A and Optimization around a Genotoxic Metabolite.
著者: Cunningham, F. / Esquivias, J. / Fernandez-Menendez, R. / Perez, A. / Guardia, A. / Escribano, J. / Rivero, C. / Vimal, M. / Cacho, M. / de Dios-Anton, P. / Martinez-Martinez, M.S. / Jimenez, ...

履歴

登録	2020年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y2j.cif.gz	647.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y2j.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y2j_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y2j_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	6y2j_validation.xml.gz	121.4 KB	表示
CIF形式データ	6y2j_validation.cif.gz	164.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/6y2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/6y2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y2iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wgf-2 5ld8-d 6en6-3 2wgg-1 5dwa-d 1oxh-2 2e1m-d 5am8-3 5dwb-d 3nxq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (8) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

BBB: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

CCC: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

DDD: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

EEE: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

FFF: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

GGG: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

HHH: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

ヘテロ分子

367 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

BBB: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
91.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

DDD: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

EEE: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

FFF: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

GGG: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

HHH: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.242, 151.242, 147.886
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / Beta-ketoacyl-ACP synthase 1 / KAS 1 分子量: 45400.145 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: kasA, Rv2245, MTCY427.26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WQD9, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-O6W / 4,4,4-tris(fluoranyl)-~{N}-isoquinolin-6-yl-butane-1-sulfonamide 分子量: 318.315 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₃F₃N₂O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 898 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% w/v PEG3350, 0.2M sodium potassium tartrate, 1.5mM TCEP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97242 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.6115
pseudo-merohedral	2	2	K, H, -L	2	0.3885

反射

解像度: 2.886→130.98 Å / Num. obs: 83652 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 12.2

反射シェル

解像度: 2.89→3.53 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 38306 / CC_1/2: 0.929 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.886→130.979 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 7.313 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1655	4322	5.169 %
R_work	0.1158	-	-
all	0.118	-	-
obs	-	83618	98.261 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.844 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	24.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	24.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-48.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.886→130.979 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24216	0	280	898	25394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	25040
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	23338
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.203	1.634	34007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.321	1.578	53927
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.074	5	3323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.288	21.212	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.762	15	3770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.91	15	192
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	28783
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5205
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	5736
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	23988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	12426
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	10763
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.086	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.169	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.033	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.397	7.236	13298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.397	7.236	13297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.421	16.273	16619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.42	16.273	16620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.43	7.771	11742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.43	7.771	11743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.571	17.192	17388
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.571	17.192	17389
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.019	68.104	28033
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.018	68.102	28034

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.886-2.961	0.238	333	0.138	5907	X-RAY DIFFRACTION	98.6249
2.961-3.042	0.238	362	0.163	5670	X-RAY DIFFRACTION	99.0476
3.042-3.13	0.231	315	0.162	5615	X-RAY DIFFRACTION	98.8498
3.13-3.227	0.228	292	0.142	5417	X-RAY DIFFRACTION	98.7375
3.227-3.332	0.19	276	0.129	5257	X-RAY DIFFRACTION	98.7859
3.332-3.449	0.174	253	0.124	5140	X-RAY DIFFRACTION	98.4304
3.449-3.579	0.199	282	0.129	4868	X-RAY DIFFRACTION	97.946
3.579-3.725	0.168	271	0.113	4571	X-RAY DIFFRACTION	97.4638
3.725-3.891	0.168	212	0.106	4530	X-RAY DIFFRACTION	97.6926
3.891-4.081	0.159	193	0.101	4385	X-RAY DIFFRACTION	98.4516
4.081-4.301	0.128	267	0.092	4085	X-RAY DIFFRACTION	98.8642
4.301-4.562	0.139	186	0.086	3889	X-RAY DIFFRACTION	98.7639
4.562-4.877	0.138	213	0.096	3698	X-RAY DIFFRACTION	98.7876
4.877-5.267	0.146	210	0.106	3352	X-RAY DIFFRACTION	98.5066
5.267-5.769	0.153	155	0.113	3103	X-RAY DIFFRACTION	98.0144
5.769-6.448	0.171	136	0.117	2811	X-RAY DIFFRACTION	97.3571
6.448-7.444	0.13	125	0.102	2481	X-RAY DIFFRACTION	97.4206
7.444-9.111	0.114	114	0.098	2067	X-RAY DIFFRACTION	96.5899
9.111-12.86	0.117	86	0.11	1590	X-RAY DIFFRACTION	96.5994
12.86-130.979	0.187	41	0.234	860	X-RAY DIFFRACTION	93.0785

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関連情報:EMDBヘッダ

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