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- PDB-6y23: DDR1 kinase autoinhibited by its juxtamembrane region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y23
タイトルDDR1 kinase autoinhibited by its juxtamembrane region
要素Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Collagen / Cell Signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


smooth muscle cell-matrix adhesion / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / neuron projection extension / smooth muscle cell migration / axon development ...smooth muscle cell-matrix adhesion / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / neuron projection extension / smooth muscle cell migration / axon development / Non-integrin membrane-ECM interactions / mammary gland alveolus development / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / collagen binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / lactation / embryo implantation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / regulation of cell growth / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / protein autophosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. ...: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / : / Galactose-binding-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Sammon, D. / Hohenester, E. / Leitinger, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Two-step release of kinase autoinhibition in discoidin domain receptor 1.
著者: Sammon, D. / Hohenester, E. / Leitinger, B.
履歴
登録2020年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
B: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
C: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,90611
ポリマ－117,1373
非ポリマー7698
水72140
1
A: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5266
ポリマ－39,0461
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1422
ポリマ－39,0461
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2383
ポリマ－39,0461
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.307, 105.307, 406.939
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Epithelial discoidin domain-containing receptor 1 / Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase ...Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase / Discoidin receptor tyrosine kinase / HGK2 / Mammary carcinoma kinase 10 / MCK-10 / Protein-tyrosine kinase 3A / Protein-tyrosine kinase RTK-6 / TRK E / Tyrosine kinase DDR / Tyrosine-protein kinase CAK


分子量: 39045.703 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Vector derived GP at N-terminus, Y569F and Y586F mutations
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDR1, CAK, EDDR1, NEP, NTRK4, PTK3A, RTK6, TRKE
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08345, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 9.5 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP. Precipitant: 100 mM Tris pH 8.0, 1.5 M ammonium sulphate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→58.13 Å / Num. obs: 43468 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rpim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.58→2.62 Å / 冗長度: 20.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2087 / CC1/2: 0.443 / Rpim(I) all: 1.129 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc1_3769精密化
PHENIX1.18rc1_3769精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5bvw

5bvw


解像度: 2.58→54.42 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.7489
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 2174 5.01 %
Rwork0.2252 --
obs0.2275 43355 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→54.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7179 0 40 40 7259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00277374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53669999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391093
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.64382716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.58-2.630.33771290.30962488X-RAY DIFFRACTION99.17
2.63-2.70.34821110.29932528X-RAY DIFFRACTION99.96
2.7-2.760.33841170.29812537X-RAY DIFFRACTION99.96
2.76-2.840.32171330.27842500X-RAY DIFFRACTION99.96
2.84-2.920.29751320.27622531X-RAY DIFFRACTION99.96
2.92-3.020.30751440.26552509X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.120.31181250.25662535X-RAY DIFFRACTION99.89
3.12-3.250.32051480.2382520X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.40.24391420.23252579X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.580.26231280.21252541X-RAY DIFFRACTION99.96
3.58-3.80.25381400.20362561X-RAY DIFFRACTION99.93
3.8-4.090.26661240.20142593X-RAY DIFFRACTION99.93
4.09-4.50.21671590.17292567X-RAY DIFFRACTION99.93
4.5-5.160.24421410.1912636X-RAY DIFFRACTION99.93
5.16-6.490.27141450.21992671X-RAY DIFFRACTION99.75
6.49-54.420.25981560.22722885X-RAY DIFFRACTION99.48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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