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万見
- PDB-6y1n: Crystal structure of the phosphonate-modified A.5 antibody FAB fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1n
タイトルCrystal structure of the phosphonate-modified A.5 antibody FAB fragment
要素
  • FAB A.5 Heavy chain
  • FAB A.5 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / QM/MM computation / designed biocatalysts / bioscavengers / phosphoryl transfer / organophosphorus agents / stereospecificity
機能・相同性Chem-XOP
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chatziefthimiou, S. / Mokrushina, Y. / Smirnov, I. / Gabibov, A. / Wilmanns, M.
資金援助 ドイツ, ロシア, 3件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research05K14YEB ドイツ
Russian Foundation for Basic ResearchRFMEFI61614X0009 ロシア
Russian Foundation for Basic ResearchRFBR17-54-30025 ロシア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Multiscale computation delivers organophosphorus reactivity and stereoselectivity to immunoglobulin scavengers.
著者: Mokrushina, Y.A. / Golovin, A.V. / Smirnov, I.V. / Chatziefthimiou, S.D. / Stepanova, A.V. / Bobik, T.V. / Zalevsky, A.O. / Zlobin, A.S. / Konovalov, K.A. / Terekhov, S.S. / Stepanov, A.V. / ...著者: Mokrushina, Y.A. / Golovin, A.V. / Smirnov, I.V. / Chatziefthimiou, S.D. / Stepanova, A.V. / Bobik, T.V. / Zalevsky, A.O. / Zlobin, A.S. / Konovalov, K.A. / Terekhov, S.S. / Stepanov, A.V. / Pipiya, S.O. / Shamborant, O.G. / Round, E. / Belogurov Jr., A.A. / Bourenkov, G. / Makarov, A.A. / Wilmanns, M. / Xie, J. / Blackburn, G.M. / Gabibov, A.G. / Lerner, R.A.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB A.5 Heavy chain
L: FAB A.5 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4193
ポリマ－54,1382
非ポリマー2811
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.528, 86.528, 104.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-325-

HOH

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要素

#1: 抗体 FAB A.5 Heavy chain


分子量: 27471.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
#2: 抗体 FAB A.5 Light Chain


分子量: 26666.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
#3: 化合物 ChemComp-XOP / 8-METHYL-8-AZABICYCLO[3.2.1]OCTAN-3-YL PHENYLPHOSPHONATE


分子量: 281.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20NO3P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.68 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Ammonium citrate, pH 7.0, 1.7M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.106 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.106 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 20214 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.212 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 1.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1715 / CC1/2: 0.45 / Rpim(I) all: 0.683 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XZA

2xza


解像度: 2.2→24.258 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2664 1038 5.14 %
Rwork0.2159 19176 -
obs0.2184 20214 97.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.28 Å2 / Biso mean: 37.7548 Å2 / Biso min: 16.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→24.258 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3218 0 18 136 3372
Biso mean--36.16 38.67 -
残基数----429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7564513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0191195
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2001-2.3160.30281360.2796266297
2.316-2.4610.34021660.2674266897
2.461-2.65080.33811420.2573271098
2.6508-2.91710.28471510.2461271597
2.9171-3.33830.29521600.2253274698
3.3383-4.20230.23111480.1938279498
4.2023-24.2580.22451350.1855288195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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