ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (1.15.2_3472: ???)精密化 | XDS | | データ削減 | XSCALE | | データスケーリング | MOLREP | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3DVZ 解像度: 0.95→21.281 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 15.92
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1387 | 1731 | 5 % |
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Rwork | 0.1252 | - | - |
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obs | 0.1259 | 34635 | 81.49 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.95→21.281 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 581 | 2 | 179 | 762 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 651 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.266 | 1015 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d12.369 | 320 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.052 | 134 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.019 | 27 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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0.95-0.978 | 0.3276 | 59 | 0.3656 | 1119 | X-RAY DIFFRACTION | 33 | 0.978-1.0095 | 0.2819 | 80 | 0.2927 | 1520 | X-RAY DIFFRACTION | 46 | 1.0095-1.0456 | 0.2744 | 118 | 0.2309 | 2249 | X-RAY DIFFRACTION | 67 | 1.0456-1.0875 | 0.1826 | 146 | 0.1725 | 2768 | X-RAY DIFFRACTION | 82 | 1.0875-1.137 | 0.1548 | 155 | 0.1395 | 2948 | X-RAY DIFFRACTION | 87 | 1.137-1.1969 | 0.1436 | 160 | 0.117 | 3075 | X-RAY DIFFRACTION | 92 | 1.1969-1.2719 | 0.1074 | 165 | 0.1099 | 3144 | X-RAY DIFFRACTION | 94 | 1.2719-1.3701 | 0.1512 | 169 | 0.1113 | 3212 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 1.3701-1.5079 | 0.1161 | 170 | 0.1116 | 3226 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 1.5079-1.726 | 0.1182 | 169 | 0.1096 | 3211 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 1.726-2.1743 | 0.1344 | 169 | 0.1191 | 3206 | X-RAY DIFFRACTION | 96 | 2.1743-10 | 0.1345 | 171 | 0.1218 | 3226 | X-RAY DIFFRACTION | 96 |
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