PDB-6y0k: Sulfite oxidase from Thermus thermophilus with coordinated phosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y0k

タイトル

Sulfite oxidase from Thermus thermophilus with coordinated phosphate

要素

Putaitve sulfite oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Molybdoenzyme / Sulfite Oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

molybdenum ion binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Djeghader, A. / Soulimane, T.

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020
タイトル: Structural evidence for a reaction intermediate mimic in the active site of a sulfite dehydrogenase.
著者: Djeghader, A. / Rossotti, M. / Abdulkarim, S. / Biaso, F. / Gerbaud, G. / Nitschke, W. / Schoepp-Cothenet, B. / Soulimane, T. / Grimaldi, S.

履歴

登録	2020年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y0k.cif.gz	105.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y0k.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y0k_validation.pdf.gz	873.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y0k_full_validation.pdf.gz	874.8 KB	表示
XML形式データ	6y0k_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	6y0k_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2blfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qkg-2 4nee-1 2e5c-d 3qpv-d 2hgx-d 4dhj-4 3vys-d 3sbt-d 5hne-d 3a0o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Putaitve sulfite oxidase

ヘテロ分子

44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Putaitve sulfite oxidase

ヘテロ分子

AAA: Putaitve sulfite oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
88.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.600, 130.600, 114.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-675- HOH
2	1	AAA-768- HOH
3	1	AAA-820- HOH
4	1	AAA-823- HOH
5	1	AAA-837- HOH
6	1	AAA-852- HOH
7	1	AAA-909- HOH

#1: タンパク質	Putaitve sulfite oxidase 分子量: 43156.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 遺伝子: TTHA1325 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): TP1000 / 参照: UniProt: Q5SIP4
#2: 化合物	ChemComp-MSS / (MOLYBDOPTERIN-S,S)-OXO-MOLYBDENUM 分子量: 505.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂MoN₅O₇PS₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.8 Na/K phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96851 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96851 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→42.75 Å / Num. obs: 63544 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.29 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08164 / R_pim(I) all: 0.02249 / Net I/σ(I): 18.68
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 1.063 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique obs: 6247 / CC_1/2: 0.826 / R_pim(I) all: 0.2857 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BLF

2blf

解像度: 1.7→42.749 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 1.702 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1909	2000	3.147 %
R_work	0.1658	-	-
all	0.167	-	-
obs	-	63543	99.967 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.697 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.345 Å²	0.172 Å²	0 Å²
2-	-	0.345 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.119 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.749 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2964	0	70	418	3452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3149
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.498	1.661	4302
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.333	1.573	6736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.655	5	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.484	21.598	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.414	15	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.353	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	676
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.271	0.2	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.291	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.31	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.571	2.577	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.568	2.575	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.204	3.859	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.205	3.861	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.742	2.894	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.741	2.896	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.145	4.216	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.144	4.218	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.216	32.975	3825
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.216	32.99	3826

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.278	145	0.261	4460	0.261	4605	0.876	0.881	100	0.249
1.744-1.792	0.236	142	0.226	4383	0.227	4525	0.904	0.913	100	0.213
1.792-1.844	0.247	137	0.209	4223	0.21	4360	0.911	0.924	100	0.188
1.844-1.9	0.219	135	0.191	4128	0.192	4263	0.936	0.94	100	0.169
1.9-1.962	0.185	130	0.181	4004	0.182	4134	0.947	0.945	100	0.157
1.962-2.031	0.212	126	0.176	3882	0.177	4008	0.929	0.943	100	0.153
2.031-2.108	0.19	122	0.163	3754	0.164	3877	0.955	0.961	99.9742	0.142
2.108-2.194	0.181	118	0.156	3617	0.156	3735	0.957	0.963	100	0.136
2.194-2.291	0.203	113	0.152	3483	0.154	3596	0.952	0.962	100	0.134
2.291-2.402	0.198	107	0.15	3316	0.151	3423	0.954	0.966	100	0.132
2.402-2.532	0.191	103	0.15	3172	0.151	3275	0.962	0.967	100	0.135
2.532-2.685	0.185	99	0.154	3010	0.155	3109	0.955	0.966	100	0.141
2.685-2.869	0.188	92	0.163	2838	0.164	2936	0.944	0.958	99.7956	0.154
2.869-3.098	0.192	86	0.163	2669	0.164	2755	0.964	0.966	100	0.159
3.098-3.392	0.189	80	0.172	2445	0.172	2526	0.96	0.967	99.9604	0.172
3.392-3.789	0.157	73	0.153	2247	0.153	2321	0.975	0.975	99.9569	0.159
3.789-4.37	0.164	64	0.137	1997	0.138	2061	0.972	0.977	100	0.153
4.37-5.338	0.159	56	0.141	1700	0.142	1757	0.976	0.98	99.9431	0.162
5.338-7.491	0.195	45	0.19	1372	0.19	1418	0.975	0.969	99.9295	0.214
7.491-42.749	0.293	27	0.229	843	0.23	872	0.93	0.945	99.7706	0.28

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