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- PDB-6y0j: Cytochrome c in complex with phosphonato-calix[6]arene and sulfon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y0j
タイトルCytochrome c in complex with phosphonato-calix[6]arene and sulfonato-calix[8]arene
要素Cytochrome c iso-1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Molecular glue / calixarene / protein assembly / framework / supramolecular chemistry
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
phosphonato-calix[6]arene / sulfonato-calix[8]arene / HEME C / Cytochrome c isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Engilberge, S. / Rennie, M.L. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland13/CDA/2168 アイルランド
引用ジャーナル: Supramolecular Chemistry / 年: 2021
タイトル: Protein-macrocycle framework engineering: supramolecular copolymerisation with two disparate calixarenes
著者: Mockler, N.M. / Engilberge, S. / Rennie, M.L. / Raston, C.L. / Crowley, P.B.
履歴
登録2020年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c iso-1
B: Cytochrome c iso-1
C: Cytochrome c iso-1
D: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,08614
ポリマ－48,1674
非ポリマー9,91910
水1,71195
1
A: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6602
ポリマ－12,0421
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3835
ポリマ－12,0421
非ポリマー4,3414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2664
ポリマ－12,0421
非ポリマー3,2253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7773
ポリマ－12,0421
非ポリマー1,7352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.573, 67.573, 373.866
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome c iso-1


分子量: 12041.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-7AZ / phosphonato-calix[6]arene / 5,11,17,23,29,35-ヘキサホスホノヘプタシクロ[31.3.1.13,7.1


分子量: 1116.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H42O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EVB / sulfonato-calix[8]arene / カリックス[8]アレ-ン-p-スルホン酸


分子量: 1489.481 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H48O32S8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 10 % PEG 8000, 8 % ethylene glycol, 100 mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98008 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→62.31 Å / Num. obs: 16206 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 56.24 Å2 / CC1/2: 0.939 / Rmerge(I) obs: 0.704 / Rpim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.7→3.05 Å / Num. unique obs: 810 / CC1/2: 0.097 / Rpim(I) all: 0.592

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TYI

3tyi


解像度: 2.7→62.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.769 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.74 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.419
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 754 4.66 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.246 16167 61.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 147.5 Å2 / Biso mean: 60.16 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2644 Å20 Å20 Å2
2---5.2644 Å20 Å2
3---10.5288 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.51 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→62.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3347 0 652 95 4094
Biso mean--63.52 22.35 -
残基数----427
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1345SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes673HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4155HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion427SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4276SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4155HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5747HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.04
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.89 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3466 20 6.54 %
Rwork0.2188 286 -
all0.2275 306 -
obs--6.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0151-0.28712.6981-0.65573.40086.25590.1786-0.0288-0.1347-0.311-0.1781-0.20640.2764-0.0963-0.0004-1.38420.34020.04310.41960.40180.0135-19.4761-3.008537.2281
23.3952-2.3985-2.30695.3504-1.61635.68230.1409-0.32260.08210.0282-0.1011-0.0595-0.3549-0.0075-0.03980.05170.50290.1478-0.17370.16760.1309-12.474312.861810.1517
37.8027-2.14661.0263-5.0787-3.9376.37090.1308-0.1994-0.12980.0754-0.14860.2010.1468-0.08180.0179-1.73560.1215-0.11740.6233-0.1552-0.0383-46.3331-5.129851.6616
45.6575-1.25260.87994.46810.26229.62380.09110.0026-0.0127-0.2294-0.1012-0.04990.04820.18840.01010.07580.28970.03580.2248-0.10920.3945-51.1926-6.533916.8562
52.8814-1.0776-0.4497-0.68020.37860.26530.3416-0.03610.1245-0.4743-0.4335-0.07270.151-0.2860.0919-0.02630.23210.0785-0.0295-0.00580.071-25.17820.33275.8389
63.1636-0.92571.16752.0653-1.77651.43340.065-0.0622-0.0185-0.0621-0.1001-0.08140.028-0.09640.0351-0.17370.04220.09530.14270.0190.0149-33.07331.745444.731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A-3 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B-3 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C-2 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D-3 - 103
5X-RAY DIFFRACTION5{ F|* }F202 - 204
6X-RAY DIFFRACTION6{ G|* }G1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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