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- PDB-6y05: Crystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A cocrysta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y05
タイトルCrystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A cocrystallized with adenine and PKI (5-24)
要素(cAMP-dependent protein kinase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / phosphotransferase / signalling pathways / glycogen metabolism / serine/threonine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / cAMP-dependent protein kinase activity / sperm capacitation ...regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / cAMP-dependent protein kinase activity / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase complex / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein kinase A regulatory subunit binding / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / axoneme / mesoderm formation / sperm flagellum / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to glucagon stimulus / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein kinase A signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / manganese ion binding / cellular response to heat / dendritic spine / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Oebbeke, M. / Wienen-Schmidt, B. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fragment based drug design - Small chemical changes of fragments effecting big changes in binding
著者: Oebbeke, M. / Wienen-Schmidt, B. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2020年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7506
ポリマ－43,2602
非ポリマー4904
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.926, 75.122, 80.792
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
CAMP-dependent protein kinase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 41033.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
遺伝子: PRKACA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63248

-
非ポリマー , 4種, 303分子

#3: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 100 mM MES-BIS-Tris-Buffer, 1 mM dithiothreitol, 0.1 mM sodium EDTA, 75 mM LiCl, 0.2 Mega 8, 10mM adenine in DMSO, 0.5 mM PKI (5-24) and 23 % methanol (v/v)0.004 mL drop volume, 0.5 mL reservoir volume

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.696→43.92 Å / Num. obs: 49558 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 20.97 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 22.06
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.82 / Num. unique obs: 7650 / Rsym value: 0.493 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F14

6f14


解像度: 1.7→43.92 Å / SU ML: 0.1535 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.9966
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2048 2481 5.01 %
Rwork0.1768 47075 -
obs0.1783 49556 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2880 0 34 299 3213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00683106
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81554232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0539452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.77941833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.730.26141240.23832304X-RAY DIFFRACTION88.94
1.73-1.760.20211370.20292601X-RAY DIFFRACTION99.82
1.76-1.80.23261360.192590X-RAY DIFFRACTION99.89
1.8-1.840.2221370.192594X-RAY DIFFRACTION99.96
1.84-1.890.20131360.18852595X-RAY DIFFRACTION99.96
1.89-1.940.21761380.182619X-RAY DIFFRACTION100
1.94-20.22021360.1842577X-RAY DIFFRACTION100
2-2.060.23061380.18592625X-RAY DIFFRACTION99.89
2.06-2.140.23861390.1772638X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.220.21251360.17642595X-RAY DIFFRACTION99.89
2.22-2.320.20941380.17432609X-RAY DIFFRACTION99.96
2.32-2.450.21871380.17222629X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.60.21071390.17692639X-RAY DIFFRACTION99.96
2.6-2.80.20341380.18892632X-RAY DIFFRACTION99.96
2.8-3.080.22231400.18452642X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.530.19731400.1792675X-RAY DIFFRACTION100
3.53-4.440.17691420.15212689X-RAY DIFFRACTION99.82
4.44-43.920.18971490.17542822X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.556049025722-0.264831200716-0.0425968306830.401908121363-0.5438062626421.14058321717-0.02860427917970.0422128669109-0.0458796809186-0.1007892116770.06280146607610.1508005935860.112030509821-0.2173908852020.01763335414270.1527878092750.0225752016065-0.01655300656610.23695653319-0.002691556447170.208178451199-36.10843878318.3114505416-9.73677543168
21.15549154293-0.2832497644540.02526233018180.854425629026-0.3419600618270.954156103788-0.135511887002-0.1945796634460.06404975598910.1608942291640.1329395354460.0429312419655-0.2575572638390.0122615948822-0.2040039341230.08202647447830.0193350500719-0.0144085053940.189792532804-0.01932740046990.170765259439-29.91942679819.47181490640.177426098065
30.428764922031-0.3005039494640.0832316626920.292318597889-0.2684117146381.14812728198-0.0317007432278-0.0299312287280.00144565761678-0.01941878647850.04970907056340.08250516569150.124438667456-0.1318475639440.0003325884000050.121677367838-0.004707508627230.004540314254490.154510674482-0.01208368380770.156713785703-30.64029095244.33512774268-2.19739049682
40.559119625347-0.09075157562550.3387378096560.76106163205-0.5833250014920.9894073174420.006439550129520.0566110739982-0.0570837799155-0.135942864831-0.082806723389-0.02474010995630.3858229674840.1580301317410.02512013861720.1766689061240.05732588261330.02929294630890.1557304430380.004145426331330.128469094109-19.897667659-2.89352163566-3.90472511826
50.689442099467-0.3714062686530.08887034678620.912110997229-0.2406747718811.7278298148-0.0613200259794-0.0317387422983-0.123717593741-0.04174215511740.06877673959130.05813009430920.418744429936-0.06466140258580.02379253568760.193262823407-0.01513313347970.02196573535330.126195089510.001446013276010.147621202153-28.0366165789-3.24735112421-0.125522376283
60.009811472044350.007306963012560.009611348660750.01484741300310.003113179612650.01062652668580.0226145780056-0.05854976831470.1251857476370.204662854915-0.282086572720.2232739584940.009613851768530.0280188447177-0.0002523163746090.1765683471120.0614210659580.02053369581590.2172571944160.003594854681640.158189673152-12.96085673-8.1349312485216.1774713384
70.05877545049290.00238755150988-0.007864347209630.03427137092610.01771409356820.01436266364790.0498573981224-0.165932249050.06610247101860.120092680621-0.03165798579220.012109170301-0.0185754180770.1046934943042.90687344907E-60.1904133377780.060749415484-0.01711033895130.2104200838020.00151686038330.163904908755-14.61142168532.744579010737.07422838233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 54 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 81 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 160 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 161 through 252 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 253 through 350 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 5 through 11 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 12 through 22 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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