PDB-6y01: The structure of the molybdenum cofactor binding protein from the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y01

タイトル

The structure of the molybdenum cofactor binding protein from the phototrophic bacterium Rippkaea orientalis

要素

p450 cytochrome, putative

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / molybdenum cofactor / Moco / ligand binding / Rossmann fold

機能・相同性

Conserved hypothetical protein CHP00725 / SLOG cluster4 / SLOG cluster4 family / IMIDAZOLE / p450 cytochrome, putative

機能・相同性情報

生物種

Rippkaea orientalis

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.23 Å

データ登録者

Krausze, J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: The structure of the Moco carrier protein from Rippkaea orientalis.
著者: Krausze, J. / Hercher, T.W. / Archna, A. / Kruse, T.

履歴

登録	2020年2月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y01.cif.gz	252.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y01.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y01.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y01_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y01_full_validation.pdf.gz	468.6 KB	表示
XML形式データ	6y01_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	6y01_validation.cif.gz	41.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/6y01	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iz6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1khu-2 4rk7-d 1khu-1 1yf9-d 2iz7-1 4ki3-1 3miz-2 6ndi-d 4cbm-3 7cdv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: p450 cytochrome, putative

BBB: p450 cytochrome, putative

CCC: p450 cytochrome, putative

DDD: p450 cytochrome, putative

ヘテロ分子

76.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.577, 72.044, 70.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.333, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains AAA BBB
2	2	Chains AAA CCC
3	3	Chains AAA DDD
4	4	Chains BBB CCC
5	5	Chains BBB DDD
6	6	Chains CCC DDD

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	p450 cytochrome, putative 分子量: 18893.697 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rippkaea orientalis (strain PCC 8801) (バクテリア) 遺伝子: PCC8801_2644 / プラスミド: pQE80 / 細胞株 (発現宿主): RK5204 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7K4Z0
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.88 % / 解説: rod-like, monoclinic
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 15% (v/v) Pentaerythritol ethoxylate; 0.2 M potassium acetate; 3% (v/v) Jeffamine T-403; 0.1 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月17日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRRORS
放射	モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.23→64.52 Å / Num. obs: 181674 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.66 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.05279 / R_pim(I) all: 0.02177 / R_rim(I) all: 0.05719 / Net I/σ(I): 16.35
反射シェル	解像度: 1.23→1.274 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 3.026 / Mean I/σ(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 18104 / CC_1/2: 0.193 / CC star: 0.569 / R_pim(I) all: 1.297 / R_rim(I) all: 3.299 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	Jun 1, 2017	data processing
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
SHELXE	2014/4	モデル構築
Coot	0.8.9.2	モデル構築
REFMAC	5.8.0258	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IZ6

2iz6

解像度: 1.23→64.518 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.98 / SU B: 3.314 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.035
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. Paired refinement was carried out to evaluate the proper high-resolution limit.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1629	8868	4.88 %	RANDOM
R_work	0.1418	-	-	-
all	0.143	-	-	-
obs	-	181736	99.999 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.869 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.509 Å²	0 Å²	3.035 Å²
2-	-	-3.184 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.042 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.23→64.518 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4774	0	20	393	5187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.013	4906
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.017	4712
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.845	1.612	6690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.691	1.564	10942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.334	5	668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.031	25.86	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.621	15	834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.84	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	697
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	825
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	4615
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.224	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.282	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.266	2.747	2663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.264	2.745	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.704	4.129	3334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.705	4.132	3335
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.335	3.201	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.334	3.203	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.917	4.653	3356
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.917	4.655	3357
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.121	35.674	5492
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.023	35.348	5424
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.013	3	9618
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.081	0.05	4928
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.088	0.05	4867
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.099	0.05	4819
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.079	0.05	4927
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.107	0.05	4846
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.108	0.05	4824

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.23-1.262	0.348	636	0.354	12772	0.353	13408	0.852	0.838	100	0.356
1.262-1.296	0.327	621	0.322	12445	0.322	13066	0.839	0.852	100	0.323
1.296-1.334	0.31	571	0.299	12105	0.3	12677	0.866	0.867	99.9921	0.297
1.334-1.375	0.284	666	0.284	11656	0.284	12322	0.883	0.899	100	0.277
1.375-1.42	0.269	591	0.253	11364	0.253	11955	0.898	0.917	100	0.241
1.42-1.47	0.24	577	0.214	11011	0.216	11588	0.923	0.942	100	0.193
1.47-1.525	0.191	496	0.176	10712	0.176	11208	0.952	0.962	100	0.15
1.525-1.588	0.171	526	0.147	10187	0.148	10713	0.966	0.973	100	0.121
1.588-1.658	0.162	493	0.138	9828	0.14	10322	0.97	0.976	99.9903	0.114
1.658-1.739	0.163	497	0.126	9352	0.128	9849	0.974	0.98	100	0.104
1.739-1.833	0.137	524	0.112	8869	0.114	9393	0.978	0.983	100	0.093
1.833-1.944	0.144	422	0.103	8471	0.105	8893	0.973	0.986	100	0.088
1.944-2.078	0.141	420	0.111	7918	0.112	8338	0.977	0.983	100	0.1
2.078-2.244	0.142	370	0.11	7433	0.111	7803	0.979	0.983	100	0.103
2.244-2.458	0.124	405	0.1	6762	0.101	7167	0.982	0.987	100	0.096
2.458-2.748	0.138	341	0.109	6152	0.111	6493	0.979	0.985	100	0.109
2.748-3.172	0.159	276	0.13	5467	0.132	5743	0.97	0.976	100	0.136
3.172-3.883	0.147	177	0.126	4694	0.127	4871	0.977	0.98	100	0.139
3.883-5.481	0.126	168	0.121	3621	0.122	3789	0.983	0.983	100	0.14
5.481-64.518	0.173	91	0.171	2048	0.171	2139	0.966	0.968	100	0.195

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