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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y01 | ||||||
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タイトル | The structure of the molybdenum cofactor binding protein from the phototrophic bacterium Rippkaea orientalis | ||||||
![]() | p450 cytochrome, putative | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / molybdenum cofactor / Moco / ligand binding / Rossmann fold | ||||||
機能・相同性 | Conserved hypothetical protein CHP00725 / SLOG cluster4 / SLOG cluster4 family / IMIDAZOLE / p450 cytochrome, putative![]() | ||||||
生物種 | Rippkaea orientalis | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krausze, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of the Moco carrier protein from Rippkaea orientalis. 著者: Krausze, J. / Hercher, T.W. / Archna, A. / Kruse, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 252.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2iz6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18893.697 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PCC8801_2644 / プラスミド: pQE80 / 細胞株 (発現宿主): RK5204 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 % / 解説: rod-like, monoclinic |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 15% (v/v) Pentaerythritol ethoxylate; 0.2 M potassium acetate; 3% (v/v) Jeffamine T-403; 0.1 M MES pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月17日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.23→64.52 Å / Num. obs: 181674 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 15.66 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05279 / Rpim(I) all: 0.02177 / Rrim(I) all: 0.05719 / Net I/σ(I): 16.35 |
反射 シェル | 解像度: 1.23→1.274 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 3.026 / Mean I/σ(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 18104 / CC1/2: 0.193 / CC star: 0.569 / Rpim(I) all: 1.297 / Rrim(I) all: 3.299 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2IZ6 解像度: 1.23→64.518 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 3.314 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.035 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. Paired refinement was carried out to evaluate the proper high-resolution limit.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.869 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.23→64.518 Å
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拘束条件 |
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