[日本語] English
万見
- PDB-4ki3: 1.70 Angstrom resolution crystal structure of outer-membrane lipo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ki3
タイトル1.70 Angstrom resolution crystal structure of outer-membrane lipoprotein carrier protein (lolA) from Yersinia pestis CO92
要素Outer-membrane lipoprotein carrier protein
キーワードCHAPERONE / IDP02066 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam / Mainly Beta / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :
機能・相同性情報
生物種Yersinia pestis biovar Medievalis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.70 Angstrom resolution crystal structure of outer-membrane lipoprotein carrier protein (lolA) from Yersinia pestis CO92
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
B: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
C: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
D: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
E: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
F: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
G: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
H: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
I: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
J: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
K: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
L: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,51624
ポリマ－244,60012
非ポリマー91612
水26,9681497
1
A: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
B: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
D: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6329
ポリマ－61,1503
非ポリマー4816
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
E: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
F: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2094
ポリマ－61,1503
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
H: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
I: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4197
ポリマ－61,1503
非ポリマー2694
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
K: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
L: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2564
ポリマ－61,1503
非ポリマー1061
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.201, 67.130, 132.563
Angle α, β, γ (deg.)94.30, 94.01, 120.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Outer-membrane lipoprotein carrier protein


分子量: 20383.354 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pestis biovar Medievalis (ペスト菌)
株: Harbin 35 / 遺伝子: lolA, YPC_2798 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: E8P443
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350 20% w/v NH4 dihydrogen Phosphate 0.2M, protein at 34 mg/mL, cryo- 20% glycerol+paratone, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月9日 / 詳細: Be-Lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.749
11-K, -H, -L20.251
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 207123 / Num. obs: 207123 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.22
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 10516 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KSN

3ksn


解像度: 1.7→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.607 / SU ML: 0.082 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23956 10490 5.1 %RANDOM
Rwork0.20355 ---
obs0.20539 196543 93.77 %-
all-196543 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.516 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.08 Å2-0.36 Å20.27 Å2
2---10.36 Å2-0.37 Å2
3---22.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16593 0 61 1497 18151
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02218241
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6571.93424977
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.841329677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.63752337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.93125.524869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.712152988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7361563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.22702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02121081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1731.511324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4051.54462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.863218555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.99536917
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3354.56422
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.738 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 720 -
Rwork0.222 12651 -
obs-12651 81.95 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る