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- PDB-3ksn: Crystal structure of the lipoprotein localization factor, LolA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ksn
タイトルCrystal structure of the lipoprotein localization factor, LolA
要素Outer-membrane lipoprotein carrier protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / lipoprotein carrier / Chaperone / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA, Proteobacteria / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / Clam / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer-membrane lipoprotein carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ahmadpour, F. / Gloyd, M. / Guarne, A. / Stewart, G. / Pathania, R. / Brown, E.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the lipoprotein localization factor, LolA
著者: Ahmadpour, F. / Gloyd, M. / Guarne, A. / Stewart, G. / Pathania, R. / Brown, E.D.
履歴
登録2009年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer-membrane lipoprotein carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4001
ポリマ－20,4001
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.357, 60.357, 79.251
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-210-

HOH

21A-217-

HOH

31A-249-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Outer-membrane lipoprotein carrier protein / P20


分子量: 20400.348 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 22-203 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0891, JW0874, lolA, lplA, yzzV / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61316
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 25% PEG 1000, 20% PEG 8000, 0.1 M sodium acetate, dehydrated over 1M ammonium sulfate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 20611 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 23.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 39.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 4.47 / Num. unique all: 2035 / Rsym value: 0.491 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_159)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AU8

1au8


解像度: 1.65→31.577 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2426 1052 5.12 %random
Rwork0.1936 ---
obs0.1961 20534 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.497 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6185 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.6185 Å2-0 Å2
3----1.2371 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→31.577 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1409 0 0 79 1488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0631955
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.946516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004260
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.65-1.72430.27141340.21362417255199
1.7243-1.81520.30841380.178123892527100
1.8152-1.92890.27761460.18992370251699
1.9289-2.07780.27041300.174124132543100
2.0778-2.28680.24461150.187324362551100
2.2868-2.61760.23751310.196524572588100
2.6176-3.29730.28031220.203724712593100
3.2973-31.58320.19671360.17832529266598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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